132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3976 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3976  GAF domain-containing protein  100 
 
 		 259 aa  542  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  88.21 
 
 		 646 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  86.18 
 
 		 644 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.793092  normal  0.542598 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  86.18 
 
 		 644 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0290676 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  75.3 
 
 		 646 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  74.9 
 
 		 646 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  75.3 
 
 		 650 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  75.3 
 
 		 646 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  67.67 
 
 		 645 aa  326  2.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000411961 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  58.47 
 
 		 643 aa  292  4e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3098  GGDEF family protein  49.8 
 
 		 638 aa  275  6e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0791415 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000170  GGDEF family protein  44.49 
 
 		 636 aa  235  7e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.580711  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05804  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.06 
 
 		 636 aa  231  7.000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0294  putative signaling protein  43.98 
 
 		 630 aa  213  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.106919  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3607  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.35 
 
 		 620 aa  211  1e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0726  GGDEF family protein  39.66 
 
 		 627 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0254772  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7668  GAF sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 571 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1259  putative sensor histidine kinase  40.78 
 
 		 401 aa  132  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.75 
 
 		 1000 aa  106  4e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.73 
 
 		 324 aa  99.4  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0768  signal transduction histidine kinase  35.51 
 
 		 383 aa  98.6  9e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  30.22 
 
 		 323 aa  98.6  9e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28070  hypothetical protein  34.25 
 
 		 155 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0353953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.57 
 
 		 326 aa  87.8  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4329  hypothetical protein  35.15 
 
 		 428 aa  85.9  6e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  27.97 
 
 		 324 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  25.15 
 
 		 328 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  27.74 
 
 		 332 aa  74.3  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1611  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.98 
 
 		 946 aa  70.1  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.319418  normal  0.0964053 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.3 
 
 		 827 aa  69.7  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2196  LPXTG-site transpeptidase family protein  90 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.71 
 
 		 874 aa  60.8  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.39 
 
 		 737 aa  58.9  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4275  hypothetical protein  83.33 
 
 		 82 aa  58.2  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.2 
 
 		 882 aa  57.8  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.212751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.78 
 
 		 882 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.78 
 
 		 882 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.29 
 
 		 873 aa  54.7  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0483164  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.78 
 
 		 882 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0746  diguanylate cyclase  26.88 
 
 		 314 aa  53.5  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.88 
 
 		 336 aa  53.1  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1854  GAF sensor hybrid histidine kinase  29.58 
 
 		 579 aa  53.1  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.46631 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 336 aa  53.1  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  29.66 
 
 		 873 aa  52  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.55 
 
 		 743 aa  52  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.93 
 
 		 875 aa  52  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00996719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.47 
 
 		 695 aa  51.2  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0377  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.36 
 
 		 876 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0140415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.36 
 
 		 876 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.02582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.36 
 
 		 876 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.413916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3598  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.36 
 
 		 877 aa  50.8  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3340  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.27 
 
 		 607 aa  51.2  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.87 
 
 		 874 aa  50.1  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4324  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 876 aa  50.1  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.09 
 
 		 722 aa  49.7  0.00004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.33 
 
 		 863 aa  50.1  0.00004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.213956  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  25.44 
 
 		 401 aa  49.3  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0612  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  30.2 
 
 		 440 aa  49.3  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0127194  normal  0.714429 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2518  GAF domain/diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  27.88 
 
 		 384 aa  48.9  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2371  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.06 
 
 		 1171 aa  49.3  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2895  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.1 
 
 		 539 aa  48.9  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.939958  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1880  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  27.88 
 
 		 384 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.66 
 
 		 617 aa  48.5  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01763  predicted diguanylate cyclase  27.88 
 
 		 341 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.623306  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1849  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.88 
 
 		 341 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01751  hypothetical protein  27.88 
 
 		 341 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479957  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2018  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  27.88 
 
 		 384 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000229251  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  23.81 
 
 		 312 aa  48.1  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1839  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.88 
 
 		 341 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730013  normal  0.326474 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1397  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  27.88 
 
 		 341 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.210623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1600  GGDEF family protein  23.98 
 
 		 594 aa  47.4  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723611  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.14 
 
 		 722 aa  48.1  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  30.14 
 
 		 334 aa  47.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2699  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  29.13 
 
 		 819 aa  47  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182626  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  25 
 
 		 542 aa  47  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  23.68 
 
 		 662 aa  47  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.11 
 
 		 611 aa  46.6  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1659  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.8 
 
 		 342 aa  46.6  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3599  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.88 
 
 		 944 aa  46.6  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.477673  normal  0.896375 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.51 
 
 		 549 aa  46.6  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1145  multi-sensor signal transduction multi-kinase  30.77 
 
 		 532 aa  46.2  0.0005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 		 1001 aa  46.2  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2432  GGDEF  27.74 
 
 		 969 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00712215 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  26.72 
 
 		 824 aa  46.2  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4060  GGDEF  38.16 
 
 		 705 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  25.66 
 
 		 514 aa  45.8  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1599  diguanylate cyclase with GAF sensor  25 
 
 		 343 aa  45.8  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  25.95 
 
 		 830 aa  44.7  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00077  Intracellular signaling protein (GAF,GGDEF,EAL domains)  29.66 
 
 		 866 aa  45.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2343  putative GAF sensor protein  32.14 
 
 		 165 aa  44.7  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.26 
 
 		 327 aa  45.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4084  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.74 
 
 		 441 aa  45.4  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.91 
 
 		 323 aa  44.3  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  20.63 
 
 		 727 aa  44.7  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.545647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  24.84 
 
 		 743 aa  44.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.68 
 
 		 681 aa  44.7  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.83 
 
 		 640 aa  43.9  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  24.81 
 
 		 364 aa  43.9  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.72 
 
 		 591 aa  43.9  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.456575  normal  0.950737 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0865  diguanylate cyclase  24.84 
 
 		 314 aa  43.9  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>