80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_4329 on replicon NC_008573
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008573  Shewana3_4329  hypothetical protein  100 
 
 		 428 aa  880    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000170  GGDEF family protein  35.67 
 
 		 636 aa  100  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.580711  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05804  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.12 
 
 		 636 aa  100  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3607  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.71 
 
 		 620 aa  97.8  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3976  GAF domain-containing protein  35.15 
 
 		 259 aa  94  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.27 
 
 		 644 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0290676 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.27 
 
 		 644 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.793092  normal  0.542598 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.78 
 
 		 646 aa  89.4  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7668  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.76 
 
 		 571 aa  87  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.77 
 
 		 645 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000411961 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0294  putative signaling protein  32.1 
 
 		 630 aa  85.5  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.106919  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.05 
 
 		 646 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.05 
 
 		 650 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0726  GGDEF family protein  34.23 
 
 		 627 aa  84  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0254772  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.05 
 
 		 646 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.05 
 
 		 646 aa  83.6  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.46 
 
 		 643 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3098  GGDEF family protein  32.42 
 
 		 638 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0791415 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  31.03 
 
 		 323 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1259  putative sensor histidine kinase  30.72 
 
 		 401 aa  77.8  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.57 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.66 
 
 		 326 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  29.25 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  26.71 
 
 		 328 aa  70.1  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  30.13 
 
 		 1000 aa  68.2  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0768  signal transduction histidine kinase  32.67 
 
 		 383 aa  67  0.0000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28070  hypothetical protein  26.06 
 
 		 155 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0353953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3583  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 397 aa  53.9  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  22.22 
 
 		 332 aa  53.1  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2174  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.68 
 
 		 413 aa  50.4  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.534906 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.13 
 
 		 737 aa  50.4  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  28.42 
 
 		 238 aa  50.4  0.00006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.31 
 
 		 321 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  27.66 
 
 		 249 aa  49.3  0.0001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.71 
 
 		 878 aa  49.3  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  27.66 
 
 		 249 aa  49.3  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  27.66 
 
 		 249 aa  49.3  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.42 
 
 		 722 aa  49.3  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.42 
 
 		 722 aa  49.3  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  25 
 
 		 318 aa  49.7  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.85 
 
 		 680 aa  48.9  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.87 
 
 		 827 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  33 
 
 		 542 aa  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.63 
 
 		 837 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.2 
 
 		 323 aa  47.8  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0812  Stage II sporulation E family protein  24.72 
 
 		 422 aa  47.4  0.0005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1854  GAF sensor hybrid histidine kinase  24.42 
 
 		 579 aa  47  0.0007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.46631 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.2 
 
 		 1114 aa  46.6  0.0008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.67 
 
 		 531 aa  46.6  0.0008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  24.51 
 
 		 364 aa  46.6  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  33.33 
 
 		 253 aa  46.2  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4219  hypothetical protein  31.31 
 
 		 166 aa  46.2  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2036  putative GAF sensor protein  28.26 
 
 		 234 aa  46.2  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.497262 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  33.33 
 
 		 253 aa  46.2  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  22.61 
 
 		 316 aa  45.1  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  25 
 
 		 401 aa  45.4  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.84 
 
 		 326 aa  45.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0791  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.62 
 
 		 415 aa  45.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0990099 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  24.49 
 
 		 514 aa  45.1  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  25.84 
 
 		 325 aa  45.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2371  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.17 
 
 		 1171 aa  45.8  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6718  signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 387 aa  44.3  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0742813  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32327  predicted protein  22.16 
 
 		 467 aa  44.3  0.004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.120458  normal  0.290512 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.26 
 
 		 727 aa  44.3  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.545647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1600  GGDEF family protein  32.73 
 
 		 594 aa  44.3  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723611  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5747  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.24 
 
 		 417 aa  43.9  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00131351  normal  0.492609 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  33.33 
 
 		 363 aa  43.9  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3773  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  23.64 
 
 		 394 aa  43.9  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.719874  normal  0.310272 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2107  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  30.26 
 
 		 617 aa  43.9  0.006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00105125  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4542  GAF domain protein  35.59 
 
 		 166 aa  43.5  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.592539  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  35 
 
 		 321 aa  43.9  0.006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1789  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.71 
 
 		 487 aa  43.9  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.94 
 
 		 327 aa  43.9  0.006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  26.04 
 
 		 344 aa  43.5  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.12 
 
 		 722 aa  43.1  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.51 
 
 		 326 aa  43.1  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.78 
 
 		 684 aa  43.1  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.62869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2863  GAF sensor signal transduction histidine kinase  23.6 
 
 		 422 aa  43.1  0.01  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0747  GGDEF domain-containing protein  31.33 
 
 		 318 aa  43.1  0.01  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  32.2 
 
 		 341 aa  43.1  0.01  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>