118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4219 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_4219  hypothetical protein  100 
 
 		 166 aa  345  2e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4542  GAF domain protein  92.12 
 
 		 166 aa  318  3e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.592539  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5747  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.38 
 
 		 417 aa  156  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00131351  normal  0.492609 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0791  ATP-binding region ATPase domain protein  47.4 
 
 		 396 aa  155  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3622  PAS sensor protein  46.67 
 
 		 684 aa  152  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.67 
 
 		 684 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.62869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2762  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  49.28 
 
 		 373 aa  150  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3773  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  44.59 
 
 		 394 aa  149  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.719874  normal  0.310272 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1606  sensor histidine kinase  44.87 
 
 		 403 aa  145  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2355  hypothetical protein  44.37 
 
 		 168 aa  144  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0467445  normal  0.190321 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5176  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.94 
 
 		 570 aa  141  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2615  GAF domain protein  40.91 
 
 		 165 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0311513  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03623  sensor histidine kinase  39.87 
 
 		 414 aa  137  4.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3583  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.67 
 
 		 397 aa  137  7.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2158  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.96 
 
 		 414 aa  136  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000731035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03779  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  39.87 
 
 		 410 aa  134  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.601764  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1170  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.12 
 
 		 405 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.364137  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2174  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.38 
 
 		 413 aa  131  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.534906 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0791  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.43 
 
 		 415 aa  127  5.0000000000000004e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0990099 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2321  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.67 
 
 		 396 aa  123  9e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.988363 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  38.41 
 
 		 643 aa  117  9e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5362  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.09 
 
 		 643 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5418  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.1 
 
 		 774 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1789  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.63 
 
 		 487 aa  60.1  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  30.91 
 
 		 750 aa  58.2  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.22 
 
 		 314 aa  54.3  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2746  putative GAF sensor protein  28.57 
 
 		 169 aa  52.8  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.89 
 
 		 827 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.8 
 
 		 475 aa  53.1  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  27.66 
 
 		 325 aa  51.6  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000170  GGDEF family protein  29.79 
 
 		 636 aa  51.6  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.580711  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.77 
 
 		 743 aa  51.6  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2371  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.15 
 
 		 1171 aa  51.6  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.09 
 
 		 326 aa  51.2  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  30.53 
 
 		 743 aa  50.8  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  24.17 
 
 		 514 aa  50.8  0.000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.12 
 
 		 531 aa  50.4  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  30 
 
 		 326 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.67 
 
 		 1000 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2922  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.6 
 
 		 415 aa  50.1  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  26.17 
 
 		 343 aa  49.7  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 584 aa  49.3  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  30.77 
 
 		 323 aa  50.1  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 417 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  30 
 
 		 319 aa  48.9  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  36.36 
 
 		 401 aa  48.1  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  24.59 
 
 		 411 aa  48.1  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0642  putative GAF sensor protein  29.11 
 
 		 220 aa  47.8  0.00006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.344315  hitchhiker  0.000370263 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  24.09 
 
 		 454 aa  47.8  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  23.6 
 
 		 425 aa  47.8  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  39.73 
 
 		 934 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.26 
 
 		 737 aa  47  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2829  GAF domain-containing protein  27.93 
 
 		 393 aa  46.6  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.82 
 
 		 324 aa  46.2  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  25.74 
 
 		 409 aa  46.6  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.27 
 
 		 878 aa  46.6  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.93 
 
 		 323 aa  45.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  26.6 
 
 		 363 aa  45.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4329  hypothetical protein  36.21 
 
 		 428 aa  45.8  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1118  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.71 
 
 		 437 aa  45.8  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3607  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.29 
 
 		 620 aa  45.4  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.82 
 
 		 326 aa  45.4  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.18 
 
 		 321 aa  45.1  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4396  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.26 
 
 		 594 aa  45.1  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.898588 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.71 
 
 		 740 aa  45.4  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.48 
 
 		 336 aa  45.1  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 336 aa  45.1  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0294  putative signaling protein  25.81 
 
 		 630 aa  45.1  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.106919  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  32.86 
 
 		 1002 aa  44.7  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4084  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.29 
 
 		 441 aa  44.7  0.0006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3590  putative GAF sensor protein  27.94 
 
 		 231 aa  44.3  0.0007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.443077 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0726  GGDEF family protein  25 
 
 		 627 aa  44.3  0.0007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0254772  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  23.94 
 
 		 364 aa  44.3  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.14 
 
 		 890 aa  44.3  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05804  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.43 
 
 		 636 aa  44.3  0.0008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  26.42 
 
 		 542 aa  44.3  0.0008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.33 
 
 		 680 aa  43.5  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  22.43 
 
 		 429 aa  43.5  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1231  histidine kinase  27.5 
 
 		 376 aa  43.5  0.001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000541094 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.49 
 
 		 321 aa  43.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3585  putative GAF sensor protein  26.47 
 
 		 231 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.555714  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2218  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 1070 aa  43.1  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0765203 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  37.78 
 
 		 324 aa  42.7  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3098  GGDEF family protein  32.43 
 
 		 638 aa  42.7  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0791415 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3658  putative GAF sensor protein  26.47 
 
 		 231 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.565782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  25.66 
 
 		 316 aa  43.1  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  23.68 
 
 		 824 aa  43.1  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  35.82 
 
 		 930 aa  42.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3991  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.29 
 
 		 441 aa  43.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  34.25 
 
 		 930 aa  42.7  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  28 
 
 		 830 aa  42.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4144  putative GAF sensor protein  25.3 
 
 		 801 aa  42.4  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  27.27 
 
 		 1317 aa  42.4  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.57 
 
 		 318 aa  42  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2455  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 699 aa  42.4  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.52 
 
 		 624 aa  42.4  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03456  11-domain light and oxygen sensing his kinase  25.86 
 
 		 271 aa  42.4  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000206574  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4958  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25.81 
 
 		 517 aa  42.4  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0367  putative GAF sensor protein  24.71 
 
 		 322 aa  42.4  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1600  GGDEF family protein  25.21 
 
 		 594 aa  42.4  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723611  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>