More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1789 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1789  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 487 aa  946    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.71 
 
 		 531 aa  209  8e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 343 aa  134  3.9999999999999996e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.71 
 
 		 680 aa  132  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  45 
 
 		 321 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.25 
 
 		 326 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.85 
 
 		 781 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  41.76 
 
 		 743 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.79 
 
 		 1965 aa  123  8e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.57 
 
 		 681 aa  123  8e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.87 
 
 		 326 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 325 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 		 743 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  39.75 
 
 		 441 aa  119  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2209  GAF sensor signal transduction histidine kinase  45.62 
 
 		 399 aa  119  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.97 
 
 		 890 aa  119  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.3 
 
 		 323 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  40.46 
 
 		 401 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.69 
 
 		 1114 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  38.51 
 
 		 431 aa  118  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  27.96 
 
 		 794 aa  119  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.22 
 
 		 319 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0192  serine/threonine protein kinase  41.57 
 
 		 471 aa  118  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  38.2 
 
 		 929 aa  118  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1118  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.5 
 
 		 437 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  39.88 
 
 		 363 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.78 
 
 		 1423 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.51 
 
 		 506 aa  116  8.999999999999998e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  38.59 
 
 		 316 aa  116  8.999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 417 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  36.25 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  37.71 
 
 		 542 aa  114  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.97 
 
 		 345 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.04 
 
 		 722 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.12 
 
 		 465 aa  113  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  39.49 
 
 		 327 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  43.02 
 
 		 897 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  42 
 
 		 348 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  36.46 
 
 		 238 aa  112  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  42 
 
 		 348 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  37.02 
 
 		 240 aa  111  3e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.88 
 
 		 727 aa  110  5e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.545647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  22.45 
 
 		 732 aa  110  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.28 
 
 		 946 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.47 
 
 		 662 aa  110  7.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  36.55 
 
 		 694 aa  110  7.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.32 
 
 		 722 aa  109  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  40.12 
 
 		 341 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  40 
 
 		 595 aa  108  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.46 
 
 		 878 aa  108  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.1 
 
 		 1550 aa  107  4e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  38.04 
 
 		 321 aa  106  8e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2551  ATP-binding region ATPase domain protein  39.64 
 
 		 398 aa  106  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  35.91 
 
 		 249 aa  106  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 356 aa  106  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5220  putative GAF sensor protein  43.68 
 
 		 182 aa  106  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.583285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.37 
 
 		 603 aa  105  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0118  HWE histidine kinase  39.02 
 
 		 538 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 417 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  35.91 
 
 		 249 aa  105  2e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2072  signal transduction histidine kinase  36.4 
 
 		 829 aa  105  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  35.36 
 
 		 249 aa  105  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.16 
 
 		 336 aa  104  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 336 aa  104  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  35.62 
 
 		 276 aa  104  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 267 aa  104  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  41.18 
 
 		 1002 aa  103  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  38.12 
 
 		 324 aa  103  6e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  37.87 
 
 		 320 aa  103  6e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  37.58 
 
 		 514 aa  103  7e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.9 
 
 		 327 aa  103  9e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.25 
 
 		 837 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3776  hypothetical protein  41.98 
 
 		 347 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306006 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  36.63 
 
 		 245 aa  103  1e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.51 
 
 		 737 aa  102  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  42.24 
 
 		 1191 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  35.63 
 
 		 344 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1600  GGDEF family protein  34.86 
 
 		 594 aa  102  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723611  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 334 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.38 
 
 		 323 aa  102  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.87 
 
 		 599 aa  102  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.03 
 
 		 943 aa  102  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  40.35 
 
 		 1001 aa  102  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 		 1309 aa  101  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  35.12 
 
 		 253 aa  101  3e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  35.12 
 
 		 253 aa  101  3e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4535  putative GAF sensor protein  40.91 
 
 		 251 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.14 
 
 		 367 aa  101  4e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5599  signal transduction histidine kinase  40.23 
 
 		 389 aa  101  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  37.18 
 
 		 321 aa  100  6e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  37.91 
 
 		 1041 aa  100  7e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  34.47 
 
 		 669 aa  100  8e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 323 aa  100  8e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.1 
 
 		 640 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 323 aa  99.4  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5539  signal transduction histidine kinase  40.76 
 
 		 677 aa  99.4  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 323 aa  99.8  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.12 
 
 		 323 aa  99.4  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  37.44 
 
 		 1016 aa  99  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 323 aa  98.6  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>