171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_28070 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_28070  hypothetical protein  100 
 
 		 155 aa  313  5e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0353953  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3976  GAF domain-containing protein  34.25 
 
 		 259 aa  94.7  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.41 
 
 		 646 aa  87.8  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0294  putative signaling protein  31.39 
 
 		 630 aa  87.4  7e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.106919  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05804  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.97 
 
 		 636 aa  87.4  7e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7668  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 		 571 aa  86.7  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.72 
 
 		 644 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.793092  normal  0.542598 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.72 
 
 		 644 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0290676 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.79 
 
 		 643 aa  85.9  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3607  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.62 
 
 		 620 aa  84  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000170  GGDEF family protein  32.87 
 
 		 636 aa  84.3  6e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.580711  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.25 
 
 		 645 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000411961 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.3 
 
 		 326 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.87 
 
 		 650 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.87 
 
 		 646 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.87 
 
 		 646 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.87 
 
 		 646 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3098  GGDEF family protein  32.35 
 
 		 638 aa  73.9  0.0000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0791415 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1854  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.35 
 
 		 579 aa  72  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.46631 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  27.42 
 
 		 323 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1259  putative sensor histidine kinase  26.53 
 
 		 401 aa  70.9  0.000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.97 
 
 		 324 aa  70.9  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  30.66 
 
 		 1000 aa  65.9  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2895  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.33 
 
 		 539 aa  63.2  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.939958  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0726  GGDEF family protein  28.68 
 
 		 627 aa  60.8  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0254772  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0192  serine/threonine protein kinase  38.1 
 
 		 471 aa  57.4  0.00000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.17 
 
 		 321 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4144  putative GAF sensor protein  30.82 
 
 		 801 aa  55.8  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4158  diguanylate phosphodiesterase  42.67 
 
 		 442 aa  56.2  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.876304 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.3 
 
 		 1965 aa  55.1  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4329  hypothetical protein  26.06 
 
 		 428 aa  55.1  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  26.44 
 
 		 249 aa  53.9  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2594  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 1359 aa  53.9  0.0000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1898  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 		 1042 aa  54.3  0.0000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.755924 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 417 aa  53.9  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.8 
 
 		 1114 aa  53.9  0.0000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.77 
 
 		 336 aa  53.9  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 336 aa  53.9  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  38.55 
 
 		 897 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0768  signal transduction histidine kinase  27.74 
 
 		 383 aa  53.5  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 417 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  33.33 
 
 		 332 aa  52.4  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  36.17 
 
 		 1016 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3882  putative GAF sensor protein  32.1 
 
 		 782 aa  52.8  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 334 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  36.17 
 
 		 1041 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1080  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.09 
 
 		 1128 aa  52.4  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 324 aa  52  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  37.35 
 
 		 1001 aa  52.4  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 		 1002 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  25.29 
 
 		 238 aa  51.6  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.63 
 
 		 878 aa  51.6  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  24.14 
 
 		 249 aa  51.2  0.000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  24.14 
 
 		 249 aa  51.2  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  31.03 
 
 		 401 aa  50.4  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.76 
 
 		 327 aa  50.4  0.000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.95 
 
 		 318 aa  50.4  0.000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6718  signal transduction histidine kinase  36.59 
 
 		 387 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0742813  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2267  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 403 aa  49.3  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0108452  hitchhiker  0.000000348318 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3188  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.19 
 
 		 810 aa  49.3  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 343 aa  49.3  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.63 
 
 		 348 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.63 
 
 		 348 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1728  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.18 
 
 		 1120 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.405777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.12 
 
 		 837 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  33.33 
 
 		 364 aa  48.9  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2209  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.44 
 
 		 399 aa  48.5  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  27.5 
 
 		 320 aa  48.1  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.68 
 
 		 319 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2371  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.58 
 
 		 1171 aa  48.1  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  29.7 
 
 		 824 aa  47.8  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  29.7 
 
 		 830 aa  48.1  0.00005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.14 
 
 		 326 aa  48.1  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02127  sensor histidine kinase  39.24 
 
 		 398 aa  48.1  0.00005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147572  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  28.4 
 
 		 344 aa  47.8  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  31.33 
 
 		 253 aa  47.4  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.78 
 
 		 323 aa  47.4  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  31.33 
 
 		 253 aa  47.4  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.03 
 
 		 604 aa  47.4  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00702406  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  24.43 
 
 		 328 aa  47  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.65 
 
 		 727 aa  46.6  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.545647  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4084  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.08 
 
 		 441 aa  46.6  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.97 
 
 		 946 aa  47  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4958  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 		 517 aa  47  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  32.38 
 
 		 930 aa  47  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  26.44 
 
 		 643 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1849  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.73 
 
 		 341 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.94 
 
 		 943 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  23.24 
 
 		 431 aa  45.8  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1566  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.2 
 
 		 483 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0367  putative GAF sensor protein  30.77 
 
 		 322 aa  46.2  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2746  putative GAF sensor protein  29.49 
 
 		 169 aa  46.2  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2118  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.76 
 
 		 1125 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2518  GAF domain/diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  29.73 
 
 		 384 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1880  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  29.73 
 
 		 384 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2018  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  29.73 
 
 		 384 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000229251  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35 
 
 		 475 aa  46.2  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  31.08 
 
 		 312 aa  45.8  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1839  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.73 
 
 		 341 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730013  normal  0.326474 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1397  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  29.73 
 
 		 341 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.210623  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>