More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0378 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  100 
 
 
475 aa  926    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  43.13 
 
 
447 aa  274  3e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  38.1 
 
 
403 aa  272  1e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  40.43 
 
 
411 aa  268  2e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  40.49 
 
 
432 aa  267  2.9999999999999995e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  42.52 
 
 
442 aa  256  4e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  35.41 
 
 
425 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  33.8 
 
 
413 aa  234  2.0000000000000002e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.66 
 
 
703 aa  233  5e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.01 
 
 
710 aa  230  4e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  35 
 
 
454 aa  224  2e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.39 
 
 
750 aa  225  2e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.71 
 
 
407 aa  214  3.9999999999999995e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  30.58 
 
 
429 aa  212  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  31.82 
 
 
409 aa  209  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  31.07 
 
 
419 aa  206  1e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  30.83 
 
 
419 aa  202  9e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.33 
 
 
422 aa  173  7.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  36.14 
 
 
402 aa  169  9e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  33.49 
 
 
385 aa  156  9e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  33.46 
 
 
485 aa  143  8e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  30.62 
 
 
447 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  33.96 
 
 
475 aa  138  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  33.46 
 
 
410 aa  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  34.07 
 
 
352 aa  129  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  32.73 
 
 
375 aa  123  8e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.52 
 
 
753 aa  111  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3642  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.5 
 
 
526 aa  108  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.7 
 
 
786 aa  105  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  30.4 
 
 
453 aa  105  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.71 
 
 
536 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.155784  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  32 
 
 
456 aa  103  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  33.64 
 
 
475 aa  101  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  32 
 
 
378 aa  100  5e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.48 
 
 
616 aa  99.4  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  32.27 
 
 
378 aa  99.4  1e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.62 
 
 
616 aa  98.6  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  33.47 
 
 
443 aa  98.2  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.55 
 
 
613 aa  97.4  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4412  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.78 
 
 
726 aa  97.1  6e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0426067 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.71 
 
 
632 aa  97.1  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.04 
 
 
898 aa  97.1  7e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4158  diguanylate phosphodiesterase  26.92 
 
 
442 aa  96.7  8e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.876304 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.51 
 
 
612 aa  96.3  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.51 
 
 
612 aa  95.1  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.43 
 
 
726 aa  95.9  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  33.49 
 
 
366 aa  95.5  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.1 
 
 
743 aa  94.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.98 
 
 
883 aa  94  5e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.83 
 
 
773 aa  94  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.03 
 
 
754 aa  93.6  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.35 
 
 
797 aa  93.6  8e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  28.83 
 
 
592 aa  93.2  9e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  27.88 
 
 
372 aa  93.2  9e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.22 
 
 
541 aa  93.2  9e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.56 
 
 
736 aa  92.4  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1731  diguanylate phosphodiesterase  31.42 
 
 
378 aa  92.8  1e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  27.4 
 
 
590 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.17 
 
 
596 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2593  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.99 
 
 
608 aa  92.4  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0703266 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  28.68 
 
 
582 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4149  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.83 
 
 
680 aa  92.8  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.498458 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  27.59 
 
 
601 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.62 
 
 
515 aa  92.4  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.907666  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.96 
 
 
612 aa  92  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.17 
 
 
667 aa  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000118993  normal  0.446718 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  32.35 
 
 
382 aa  92  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.85 
 
 
754 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.92 
 
 
535 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.45 
 
 
611 aa  90.5  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.09 
 
 
723 aa  90.9  5e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.48099  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2503  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.47 
 
 
805 aa  90.1  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.080516  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.63 
 
 
652 aa  90.1  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.3 
 
 
829 aa  90.1  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0074  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.81 
 
 
857 aa  90.1  8e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.102755  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.63 
 
 
652 aa  90.1  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0317  GGDEF family protein  26.77 
 
 
481 aa  90.1  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  26.89 
 
 
754 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2227  diguanylate cyclase  26.1 
 
 
803 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.37 
 
 
613 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.1 
 
 
615 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.37 
 
 
613 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4101  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.23 
 
 
794 aa  88.6  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0886  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.35 
 
 
685 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  25.94 
 
 
828 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.41 
 
 
943 aa  89  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0503799  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6840  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.95 
 
 
902 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.96 
 
 
598 aa  88.6  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3955  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.5 
 
 
895 aa  89  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1204  sensor histidine kinase PAS domain-containing protein  24.5 
 
 
931 aa  88.6  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.271509 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1429  GGDEF domain-containing protein  30.46 
 
 
894 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0869668  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1894  GGDEF domain-containing protein  30.3 
 
 
801 aa  89  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.261021  normal  0.664917 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.03 
 
 
754 aa  89  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1320  diguanylate phosphodiesterase  30.92 
 
 
430 aa  89  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.463856 
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  25.81 
 
 
578 aa  88.2  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  27.21 
 
 
590 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  29.59 
 
 
743 aa  87.8  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2247  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.83 
 
 
873 aa  87.8  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0449323  normal  0.368764 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1452  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.96 
 
 
894 aa  87.4  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.957264  normal  0.595774 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.41 
 
 
613 aa  87.4  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>