251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2746 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_2746  putative GAF sensor protein  100 
 
 		 169 aa  347  3e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0642  putative GAF sensor protein  42.64 
 
 		 220 aa  91.7  4e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.344315  hitchhiker  0.000370263 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.15 
 
 		 878 aa  81.6  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.78 
 
 		 321 aa  68.6  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3382  putative phytochrome sensor protein  33.58 
 
 		 879 aa  66.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164288 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 343 aa  67  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.72 
 
 		 323 aa  67  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1789  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.81 
 
 		 487 aa  66.6  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  33.12 
 
 		 897 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  35.04 
 
 		 341 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2371  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.26 
 
 		 1171 aa  66.6  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2350  putative GAF sensor protein  28.75 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  32.91 
 
 		 1001 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.63 
 
 		 680 aa  66.2  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  32.52 
 
 		 332 aa  65.9  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  28.57 
 
 		 542 aa  65.5  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.37 
 
 		 727 aa  65.5  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.545647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.25 
 
 		 1114 aa  65.1  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 		 681 aa  64.7  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.65 
 
 		 326 aa  64.3  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  34.65 
 
 		 325 aa  64.3  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1687  putative GAF sensor protein  28.92 
 
 		 306 aa  63.9  0.000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663879 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.96 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  34.11 
 
 		 312 aa  63.5  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.35 
 
 		 321 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.37 
 
 		 743 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1118  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.38 
 
 		 437 aa  62.8  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  38.1 
 
 		 364 aa  63.2  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  36.04 
 
 		 514 aa  62.4  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.07 
 
 		 326 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.27 
 
 		 737 aa  61.6  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2829  GAF domain-containing protein  40.43 
 
 		 393 aa  62  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5440  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.65 
 
 		 407 aa  61.6  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.235159  normal  0.434516 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.43 
 
 		 506 aa  61.2  0.000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  30.07 
 
 		 584 aa  60.1  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.37 
 
 		 324 aa  60.5  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.5 
 
 		 326 aa  60.5  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  26.25 
 
 		 662 aa  60.1  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4144  putative GAF sensor protein  28.38 
 
 		 801 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0726  GGDEF family protein  37.18 
 
 		 627 aa  59.3  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0254772  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.14 
 
 		 465 aa  59.7  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  30.87 
 
 		 830 aa  59.7  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 		 1002 aa  58.9  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  27.97 
 
 		 743 aa  58.9  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.14 
 
 		 599 aa  58.9  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  30.07 
 
 		 805 aa  58.5  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1089  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.95 
 
 		 409 aa  58.5  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.396361  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.48 
 
 		 722 aa  58.2  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.66 
 
 		 722 aa  58.2  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  30.15 
 
 		 316 aa  58.2  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  30.2 
 
 		 824 aa  58.5  0.00000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3882  putative GAF sensor protein  27.7 
 
 		 782 aa  58.2  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  24.68 
 
 		 327 aa  58.2  0.00000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_44514  light histidine kinase  29.63 
 
 		 850 aa  57.8  0.00000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  42.37 
 
 		 323 aa  57  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.5 
 
 		 319 aa  57  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.71 
 
 		 531 aa  57.4  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.08 
 
 		 740 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2895  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 539 aa  57  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.939958  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2438  putative GAF sensor protein  31.58 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  30.19 
 
 		 321 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.66 
 
 		 722 aa  56.6  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.14 
 
 		 718 aa  56.6  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0475762  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.67 
 
 		 367 aa  55.8  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0192  serine/threonine protein kinase  28.48 
 
 		 471 aa  56.2  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0099  signal transduction histidine kinase-like protein  36.04 
 
 		 938 aa  56.2  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.878773 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  34.4 
 
 		 1041 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  27.72 
 
 		 401 aa  55.8  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  27.66 
 
 		 363 aa  55.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  28.05 
 
 		 1428 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3453  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.25 
 
 		 412 aa  55.8  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2267  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.59 
 
 		 403 aa  55.1  0.0000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0108452  hitchhiker  0.000000348318 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 		 1016 aa  55.1  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 334 aa  54.7  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.95 
 
 		 345 aa  54.3  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  27.59 
 
 		 874 aa  54.3  0.0000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.17 
 
 		 1423 aa  54.3  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  37.66 
 
 		 345 aa  54.3  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2664  cyclic diguanylate phosphodiesterase/diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 600 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  28.85 
 
 		 400 aa  53.9  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4535  putative GAF sensor protein  28.38 
 
 		 251 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05804  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.81 
 
 		 636 aa  53.5  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 323 aa  53.1  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4219  hypothetical protein  28.57 
 
 		 166 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.69 
 
 		 1550 aa  52.8  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4158  diguanylate phosphodiesterase  39.53 
 
 		 442 aa  53.1  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.876304 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3481  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  25.64 
 
 		 592 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1493  putative GAF sensor protein  36.46 
 
 		 233 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  32.61 
 
 		 344 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.3 
 
 		 624 aa  52  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.71 
 
 		 323 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 323 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_09048  conserved hypothetical protein  37.18 
 
 		 1109 aa  52  0.000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.19 
 
 		 327 aa  52  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3731  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.1 
 
 		 411 aa  52  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  27.74 
 
 		 607 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.77 
 
 		 348 aa  51.6  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.77 
 
 		 348 aa  51.6  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.11 
 
 		 921 aa  51.6  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  28.57 
 
 		 497 aa  51.6  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>