268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0642 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_0642  putative GAF sensor protein  100 
 
 		 220 aa  433  1e-121  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.344315  hitchhiker  0.000370263 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2746  putative GAF sensor protein  42.64 
 
 		 169 aa  91.7  7e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2438  putative GAF sensor protein  40 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  40.44 
 
 		 1002 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.25 
 
 		 946 aa  75.5  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.21 
 
 		 727 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.545647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  36.42 
 
 		 897 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  33.12 
 
 		 363 aa  72  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4535  putative GAF sensor protein  36.23 
 
 		 251 aa  71.6  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.4 
 
 		 1550 aa  71.6  0.000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.91 
 
 		 878 aa  71.2  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 		 1001 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  38.27 
 
 		 316 aa  69.3  0.00000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2371  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 		 1171 aa  69.3  0.00000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  30.93 
 
 		 830 aa  68.9  0.00000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5440  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.32 
 
 		 407 aa  68.2  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.235159  normal  0.434516 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  32.23 
 
 		 824 aa  68.2  0.00000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  37.82 
 
 		 1041 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1789  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.61 
 
 		 487 aa  67  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.93 
 
 		 722 aa  66.6  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  41.18 
 
 		 1016 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2072  signal transduction histidine kinase  31.85 
 
 		 829 aa  65.5  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2081  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.88 
 
 		 899 aa  65.5  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.92 
 
 		 367 aa  65.1  0.0000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  34.15 
 
 		 401 aa  65.1  0.0000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  32 
 
 		 837 aa  64.7  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  34 
 
 		 326 aa  65.1  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  32.35 
 
 		 607 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5599  signal transduction histidine kinase  39.1 
 
 		 389 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02127  sensor histidine kinase  32.14 
 
 		 398 aa  64.3  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147572  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.57 
 
 		 722 aa  63.9  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.67 
 
 		 321 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5219  signal transduction histidine kinase  31.78 
 
 		 512 aa  63.2  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.673975 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2895  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.72 
 
 		 539 aa  63.2  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.939958  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3382  putative phytochrome sensor protein  41.67 
 
 		 879 aa  63.2  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164288 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.1 
 
 		 681 aa  63.5  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10742  predicted protein  31.85 
 
 		 153 aa  63.2  0.000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.182467  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5539  signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 		 677 aa  62  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0192  serine/threonine protein kinase  41.56 
 
 		 471 aa  62  0.000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 		 929 aa  62  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  30 
 
 		 321 aa  62  0.000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.6 
 
 		 576 aa  62  0.000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4221  EAL:GAF  32.35 
 
 		 607 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  33.79 
 
 		 312 aa  62  0.000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2209  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.51 
 
 		 399 aa  61.6  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  38.24 
 
 		 934 aa  61.6  0.000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4144  putative phytochrome sensor protein  33.57 
 
 		 821 aa  60.8  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0677009 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.65 
 
 		 781 aa  61.2  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  33.33 
 
 		 500 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4311  putative GAF sensor protein  27.38 
 
 		 238 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3974  signal transduction histidine kinase  33.82 
 
 		 635 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0272817 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7959  signal transduction histidine kinase  39.09 
 
 		 416 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0118  HWE histidine kinase  35.71 
 
 		 538 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.85 
 
 		 1224 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.96 
 
 		 327 aa  60.5  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  40.91 
 
 		 805 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.29 
 
 		 318 aa  60.5  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  27.08 
 
 		 323 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.86 
 
 		 680 aa  60.1  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  27.61 
 
 		 542 aa  60.8  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  29.75 
 
 		 253 aa  59.7  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0318  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.79 
 
 		 601 aa  60.1  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.899318  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  26.51 
 
 		 249 aa  59.7  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  29.75 
 
 		 253 aa  59.7  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.57 
 
 		 864 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  37.14 
 
 		 930 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  32.67 
 
 		 249 aa  59.3  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  36.84 
 
 		 930 aa  59.3  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.23 
 
 		 740 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  37.14 
 
 		 930 aa  58.9  0.00000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  28.1 
 
 		 238 aa  58.9  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 325 aa  58.9  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.08 
 
 		 624 aa  58.5  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.93 
 
 		 326 aa  58.5  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 943 aa  58.5  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  31.9 
 
 		 276 aa  58.5  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  31.9 
 
 		 267 aa  58.2  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.57 
 
 		 722 aa  58.2  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  32.48 
 
 		 500 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_44514  light histidine kinase  31.16 
 
 		 850 aa  58.2  0.0000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1118  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 		 437 aa  58.2  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  30.16 
 
 		 343 aa  57.8  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4396  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.71 
 
 		 594 aa  58.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.898588 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.5 
 
 		 323 aa  57  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2455  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 699 aa  57.4  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.93 
 
 		 1423 aa  57  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1854  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.71 
 
 		 579 aa  57  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.46631 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  31.09 
 
 		 514 aa  57  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2267  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.52 
 
 		 403 aa  57  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0108452  hitchhiker  0.000000348318 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2863  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25.17 
 
 		 422 aa  57  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2343  putative GAF sensor protein  28.47 
 
 		 165 aa  56.6  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 584 aa  56.2  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5220  putative GAF sensor protein  34.55 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.583285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  28.99 
 
 		 874 aa  56.2  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.86 
 
 		 1309 aa  56.2  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5586  signal transduction histidine kinase  37.04 
 
 		 390 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1089  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.05 
 
 		 409 aa  56.2  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.396361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  29.5 
 
 		 327 aa  55.8  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01725  two-component hybrid sensor and regulator  36.78 
 
 		 100 aa  56.2  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4958  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.08 
 
 		 517 aa  55.8  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>