More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2455 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_2455  diguanylate cyclase  100 
 
 		 699 aa  1388    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0350  diguanylate cyclase  53.66 
 
 		 776 aa  422  1e-117  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  55.29 
 
 		 584 aa  341  2e-92  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1671  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.72 
 
 		 620 aa  224  4e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3413  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.85 
 
 		 342 aa  178  3e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  38.38 
 
 		 692 aa  168  4e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.85 
 
 		 921 aa  161  3e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  34.64 
 
 		 874 aa  155  2e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2458  diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 351 aa  149  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0038225 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.64 
 
 		 704 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.67 
 
 		 841 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.36 
 
 		 713 aa  135  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  37.61 
 
 		 792 aa  133  1.0000000000000001e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  36.77 
 
 		 836 aa  133  1.0000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0247  diguanylate cyclase  49.39 
 
 		 513 aa  131  5.0000000000000004e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0161345  hitchhiker  0.00488955 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.68 
 
 		 302 aa  130  9.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.07 
 
 		 696 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 387 aa  130  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  41.4 
 
 		 688 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.37 
 
 		 599 aa  129  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  29.06 
 
 		 681 aa  128  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 427 aa  129  3e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  43.37 
 
 		 565 aa  127  8.000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  41.38 
 
 		 400 aa  126  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4161  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 490 aa  126  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.704055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  42.37 
 
 		 448 aa  125  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.6 
 
 		 603 aa  124  5e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 380 aa  124  5e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.88 
 
 		 448 aa  124  5e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 491 aa  124  5e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.78 
 
 		 686 aa  124  6e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 1037 aa  124  6e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 388 aa  123  9e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  44.03 
 
 		 493 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 405 aa  123  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 493 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.29 
 
 		 325 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 493 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 373 aa  121  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 659 aa  122  3e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 456 aa  122  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  27.73 
 
 		 374 aa  121  3.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 758 aa  121  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 572 aa  120  7.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 753 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 438 aa  120  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 471 aa  119  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 342 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 308 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  32.83 
 
 		 487 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 357 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  32.41 
 
 		 513 aa  119  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.33 
 
 		 531 aa  119  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  40.12 
 
 		 425 aa  119  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  38.19 
 
 		 642 aa  119  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  36.7 
 
 		 339 aa  118  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 578 aa  118  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  38.41 
 
 		 301 aa  118  3e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 736 aa  118  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 614 aa  117  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  38.22 
 
 		 378 aa  117  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 314 aa  117  6e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.5 
 
 		 353 aa  117  6e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 578 aa  117  6e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 321 aa  117  6e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 775 aa  117  6.9999999999999995e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.43 
 
 		 564 aa  117  7.999999999999999e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 314 aa  117  7.999999999999999e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 313 aa  117  7.999999999999999e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  38.19 
 
 		 653 aa  117  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  34.29 
 
 		 428 aa  117  8.999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  40.49 
 
 		 474 aa  117  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 377 aa  117  8.999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  37.36 
 
 		 422 aa  117  8.999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 464 aa  117  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 508 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.05 
 
 		 710 aa  116  1.0000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 638 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 454 aa  116  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  36.28 
 
 		 414 aa  116  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  33.02 
 
 		 388 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 768 aa  116  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 482 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 485 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 717 aa  116  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  40 
 
 		 401 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 437 aa  116  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 382 aa  116  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.6 
 
 		 505 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 503 aa  115  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 372 aa  115  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 369 aa  115  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 521 aa  115  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 402 aa  115  3e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.96 
 
 		 791 aa  115  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 502 aa  115  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 501 aa  115  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 256 aa  115  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  37.43 
 
 		 346 aa  114  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 372 aa  115  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>