More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2025 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  53.23 
 
 
730 aa  650    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  63.08 
 
 
932 aa  1043    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  53.45 
 
 
956 aa  822    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
930 aa  1809    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  55.17 
 
 
866 aa  864    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  56.79 
 
 
865 aa  851    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  51.62 
 
 
685 aa  628  1e-178  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  43.18 
 
 
607 aa  412  1e-113  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  42.68 
 
 
547 aa  362  2e-98  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  43.4 
 
 
572 aa  351  5e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  39.38 
 
 
562 aa  311  2.9999999999999997e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.84 
 
 
553 aa  303  1e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  45.13 
 
 
427 aa  259  1e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  38.22 
 
 
723 aa  251  7e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  48.19 
 
 
576 aa  247  9e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  46.77 
 
 
627 aa  235  3e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  32.59 
 
 
607 aa  223  9.999999999999999e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  30.45 
 
 
574 aa  216  9.999999999999999e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  35.08 
 
 
544 aa  212  3e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  46.57 
 
 
770 aa  208  4e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  48.01 
 
 
652 aa  206  1e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  41.29 
 
 
618 aa  206  2e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  45.25 
 
 
614 aa  205  4e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  32.09 
 
 
760 aa  189  2e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  29.33 
 
 
585 aa  188  3e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  43.71 
 
 
546 aa  184  4.0000000000000006e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  36.42 
 
 
583 aa  178  5e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  44.35 
 
 
567 aa  177  9.999999999999999e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  39.42 
 
 
308 aa  176  1.9999999999999998e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  41.53 
 
 
450 aa  176  1.9999999999999998e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  33.33 
 
 
670 aa  165  4.0000000000000004e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  31.54 
 
 
580 aa  165  4.0000000000000004e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.73 
 
 
989 aa  164  7e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  38.27 
 
 
716 aa  162  2e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  42.07 
 
 
692 aa  162  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  37.5 
 
 
570 aa  162  2e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  27.61 
 
 
688 aa  160  7e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.6 
 
 
775 aa  160  1e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  28.7 
 
 
817 aa  153  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.19 
 
 
576 aa  154  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  38.36 
 
 
745 aa  148  4.0000000000000006e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.42 
 
 
1711 aa  147  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  35.18 
 
 
573 aa  144  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  32.56 
 
 
1039 aa  144  7e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2839  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.41 
 
 
1478 aa  144  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95588 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  36.36 
 
 
828 aa  144  7e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  50.7 
 
 
767 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  31.17 
 
 
753 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  31.46 
 
 
700 aa  142  3.9999999999999997e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.89 
 
 
1054 aa  140  8.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.43 
 
 
1248 aa  139  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.56 
 
 
1045 aa  139  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  34.95 
 
 
692 aa  136  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  36.63 
 
 
746 aa  135  3e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  36.89 
 
 
693 aa  134  7.999999999999999e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.8 
 
 
560 aa  133  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 
1385 aa  134  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  33.26 
 
 
757 aa  133  2.0000000000000002e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.86 
 
 
1390 aa  132  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.86 
 
 
1390 aa  132  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.86 
 
 
1390 aa  132  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  32.04 
 
 
697 aa  131  5.0000000000000004e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  35.54 
 
 
851 aa  131  6e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.1 
 
 
579 aa  131  7.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1643  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
633 aa  130  8.000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.231435  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  27.91 
 
 
591 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  31.29 
 
 
697 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.52 
 
 
1361 aa  130  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  29.95 
 
 
750 aa  130  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  36.1 
 
 
693 aa  130  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  33.33 
 
 
688 aa  129  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 
1807 aa  128  6e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.869779  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  27.82 
 
 
581 aa  128  6e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.89 
 
 
616 aa  127  8.000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.12 
 
 
583 aa  127  8.000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2725  diguanylate cyclase  49.6 
 
 
479 aa  127  8.000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.443683  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  35.81 
 
 
1432 aa  127  9e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 
1370 aa  125  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  32.62 
 
 
453 aa  125  4e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  33.52 
 
 
537 aa  125  5e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.16 
 
 
952 aa  122  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  29.17 
 
 
713 aa  122  3e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  30.89 
 
 
721 aa  122  3e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  38.44 
 
 
930 aa  122  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.99 
 
 
613 aa  122  3e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  33.33 
 
 
771 aa  122  3.9999999999999996e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4921  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.45 
 
 
549 aa  122  4.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.923256  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4276  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 
779 aa  121  6e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  28.12 
 
 
743 aa  121  7e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  38.1 
 
 
930 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2911  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38 
 
 
642 aa  119  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  26.89 
 
 
744 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  35.82 
 
 
702 aa  119  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3007  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  47.93 
 
 
507 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.738719  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  35.98 
 
 
709 aa  119  3e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0186  protein serine/threonine phosphatase  32.91 
 
 
512 aa  119  3e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2643  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.6 
 
 
688 aa  119  3e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000425716  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1716  PAS sensor protein  30.88 
 
 
327 aa  118  5e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00344833  decreased coverage  0.0000813906 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35020  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  29.45 
 
 
437 aa  117  7.999999999999999e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0287  protein phosphatase 2C-like protein  29.3 
 
 
743 aa  117  8.999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.575817  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>