More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2829 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2829  GAF domain-containing protein  100 
 
 		 393 aa  776    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0393  putative GAF sensor protein  39.6 
 
 		 413 aa  246  6.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.667086  normal  0.648976 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0405  serine phosphatase  39.6 
 
 		 413 aa  246  6.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0414  putative GAF sensor protein  39.6 
 
 		 413 aa  246  6.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.479373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2748  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.01 
 
 		 399 aa  179  8e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3890  response regulator receiver protein  38.02 
 
 		 378 aa  149  8e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3449  response regulator receiver protein  37.22 
 
 		 371 aa  137  4e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3770  response regulator receiver protein  38.68 
 
 		 391 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000112062 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1114  response regulator receiver modulated serine phosphatase  36.48 
 
 		 391 aa  129  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3285  putative PAS/PAC sensor protein  36.17 
 
 		 516 aa  124  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 941 aa  125  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2673  response regulator receiver modulated serine phosphatase  36.91 
 
 		 389 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0975  putative PAS/PAC sensor protein  40.44 
 
 		 516 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.79 
 
 		 321 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  45 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4365  response regulator receiver protein  36.6 
 
 		 340 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0812  Stage II sporulation E family protein  28.42 
 
 		 422 aa  108  1e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.11 
 
 		 326 aa  109  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2209  GAF sensor signal transduction histidine kinase  43.41 
 
 		 399 aa  108  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  37.5 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  35.26 
 
 		 431 aa  106  6e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  35.9 
 
 		 441 aa  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  36.55 
 
 		 794 aa  105  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.42 
 
 		 348 aa  104  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.9 
 
 		 781 aa  104  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.42 
 
 		 348 aa  104  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.01 
 
 		 680 aa  103  4e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.03 
 
 		 323 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3974  stage II sporulation E family protein  37.45 
 
 		 661 aa  103  6e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.135452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3915  stage II sporulation E family protein  41.85 
 
 		 661 aa  102  9e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.688937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2062  serine phosphatase  28.49 
 
 		 366 aa  102  9e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.39738 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3900  serine phosphatase  37.45 
 
 		 642 aa  102  9e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  40.15 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  40.15 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.15 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  39.42 
 
 		 323 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 324 aa  100  5e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  35.29 
 
 		 595 aa  100  6e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0541  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.43 
 
 		 445 aa  99.8  8e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.74 
 
 		 323 aa  99.8  8e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  36.6 
 
 		 320 aa  99.4  9e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4396  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.57 
 
 		 594 aa  99  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.898588 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3234  serine phosphatase  31.27 
 
 		 631 aa  98.6  2e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  37.82 
 
 		 327 aa  98.6  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3533  putative PAS/PAC sensor protein  33.99 
 
 		 410 aa  98.2  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.54 
 
 		 327 aa  97.8  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.71 
 
 		 345 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.46 
 
 		 531 aa  97.1  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  29.63 
 
 		 684 aa  97.1  5e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.06 
 
 		 1550 aa  96.7  7e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2796  cyclic nucleotide-binding protein  37.11 
 
 		 453 aa  95.9  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.180681  normal  0.733886 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2979  PAS sensor, serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  29.96 
 
 		 754 aa  95.5  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.69 
 
 		 326 aa  95.9  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 325 aa  95.5  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.96 
 
 		 681 aa  94.7  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.97 
 
 		 323 aa  95.1  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2100  putative phytochrome sensor protein  29.43 
 
 		 1082 aa  94.7  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.758651  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1586  putative phytochrome sensor protein  28.08 
 
 		 1087 aa  94.7  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0975529 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.97 
 
 		 322 aa  94.4  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2618  putative PAS/PAC sensor protein  38.66 
 
 		 685 aa  94.4  4e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.86 
 
 		 740 aa  94  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1118  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.01 
 
 		 437 aa  92.8  9e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3932  response regulator receiver modulated serine phosphatase  32.6 
 
 		 388 aa  92.8  9e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.380742 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  33.11 
 
 		 238 aa  91.7  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2394  putative PAS/PAC sensor protein  30.74 
 
 		 642 aa  91.3  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0339768  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  34.71 
 
 		 363 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  35.76 
 
 		 341 aa  92  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.93 
 
 		 506 aa  90.9  3e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.6 
 
 		 1965 aa  90.9  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4210  protein serine/threonine phosphatase  29.88 
 
 		 361 aa  90.9  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.379426  normal  0.154823 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1230  serine phosphatase  34.62 
 
 		 1100 aa  90.5  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.081901 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08056  hypothetical protein  30.72 
 
 		 407 aa  90.1  6e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.19 
 
 		 624 aa  90.1  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 321 aa  89.7  7e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1683  sensory box protein  30.04 
 
 		 853 aa  89.7  8e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  34.62 
 
 		 542 aa  89.7  8e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.63 
 
 		 1114 aa  89.7  8e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  33.33 
 
 		 385 aa  89  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  36.81 
 
 		 267 aa  89  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0288  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.86 
 
 		 572 aa  89  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 343 aa  89.4  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 345 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  31.06 
 
 		 249 aa  89  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  36.81 
 
 		 276 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  33.82 
 
 		 314 aa  88.6  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.45 
 
 		 722 aa  88.2  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  40.94 
 
 		 514 aa  88.6  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  31.06 
 
 		 249 aa  88.2  2e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.31 
 
 		 878 aa  87.8  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0032  stage II sporulation E family protein  29.88 
 
 		 365 aa  87.8  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2648  putative phytochrome sensor protein  27.44 
 
 		 1087 aa  87.8  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  35.71 
 
 		 669 aa  87.8  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.39 
 
 		 318 aa  87.8  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2659  serine phosphatase  34.97 
 
 		 1083 aa  87.8  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.623664  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  31.29 
 
 		 323 aa  87.4  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1487  stage II sporulation E family protein  36.18 
 
 		 535 aa  87.4  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  34.44 
 
 		 345 aa  87  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1789  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.58 
 
 		 487 aa  86.7  6e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2551  ATP-binding region ATPase domain protein  34.27 
 
 		 398 aa  85.9  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 417 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>