More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3882 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007959  Nham_4144  putative GAF sensor protein  92.57 
 
 		 801 aa  1425    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3882  putative GAF sensor protein  100 
 
 		 782 aa  1560    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  46.94 
 
 		 830 aa  691    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  46.94 
 
 		 824 aa  691    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  38.94 
 
 		 805 aa  513  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3382  putative phytochrome sensor protein  41.69 
 
 		 879 aa  513  1e-144  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164288 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  39.09 
 
 		 663 aa  405  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2482  hypothetical protein  38.58 
 
 		 662 aa  394  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  38.56 
 
 		 644 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4370  protein of unknown function UPF0118  36.69 
 
 		 652 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2910  hypothetical protein  36.68 
 
 		 660 aa  372  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381639  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  38.4 
 
 		 662 aa  372  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4144  putative phytochrome sensor protein  33.2 
 
 		 821 aa  362  2e-98  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0677009 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0304  protein of unknown function UPF0118  35.43 
 
 		 650 aa  360  5e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.10955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2158  protein of unknown function UPF0118  37.15 
 
 		 653 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1866  hypothetical protein  37.4 
 
 		 689 aa  343  5.999999999999999e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1725  protein of unknown function UPF0118  37.18 
 
 		 680 aa  343  7e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  37.39 
 
 		 606 aa  343  9e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6242  hypothetical protein  35.5 
 
 		 659 aa  340  4e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.253941  normal  0.568466 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0413  hypothetical protein  37.36 
 
 		 679 aa  340  8e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.169508 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1060  hypothetical protein  36.67 
 
 		 645 aa  336  1e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3812  hypothetical protein  36.36 
 
 		 651 aa  330  9e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  33.28 
 
 		 679 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0209  protein of unknown function UPF0118  36.22 
 
 		 651 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  33.33 
 
 		 668 aa  325  2e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  32.67 
 
 		 675 aa  321  3e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  34.17 
 
 		 647 aa  311  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3566  hypothetical protein  34.89 
 
 		 657 aa  310  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0446712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  33.28 
 
 		 649 aa  306  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1233  membrane transporter  33.06 
 
 		 650 aa  303  7.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.375468 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5287  protein of unknown function UPF0118  33.23 
 
 		 677 aa  303  7.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3553  hypothetical protein  33.88 
 
 		 647 aa  301  2e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0625218 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  33.76 
 
 		 652 aa  298  2e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3196  hypothetical protein  32.97 
 
 		 660 aa  298  3e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5379  protein of unknown function UPF0118  32.54 
 
 		 650 aa  298  3e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.613329  normal  0.237029 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3145  hypothetical protein  32.97 
 
 		 660 aa  298  3e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.44353  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1324  membrane transporter  33.54 
 
 		 680 aa  297  4e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.542629  normal  0.0320057 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  33.6 
 
 		 652 aa  295  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1704  hypothetical protein  34.75 
 
 		 650 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.61682 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2140  hypothetical protein  33.62 
 
 		 700 aa  282  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.425167  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  26.86 
 
 		 385 aa  112  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1665  hypothetical protein  25.77 
 
 		 382 aa  105  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108955  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1194  protein of unknown function UPF0118  24.32 
 
 		 359 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514771  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  23.76 
 
 		 359 aa  102  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  24.32 
 
 		 359 aa  101  5e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0663  protein of unknown function UPF0118  26.65 
 
 		 373 aa  101  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.177633 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3464  hypothetical protein  27.78 
 
 		 406 aa  101  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384592 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3881  hypothetical protein  25.38 
 
 		 349 aa  99.8  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.198688 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.13 
 
 		 878 aa  99  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4013  protein of unknown function UPF0118  28.3 
 
 		 389 aa  99  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00579473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1693  putative transport protein  25.66 
 
 		 344 aa  97.8  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.31551  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1649  putative transport protein  25.66 
 
 		 344 aa  97.4  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1860  putative transport protein  25.66 
 
 		 344 aa  97.4  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1590  putative transport protein  25.66 
 
 		 344 aa  97.4  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  23.41 
 
 		 420 aa  97.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1700  hypothetical protein  27.84 
 
 		 359 aa  97.4  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.23154  normal  0.0296077 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2891  hypothetical protein  25.53 
 
 		 394 aa  97.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0951393  hitchhiker  0.00000885055 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.26 
 
 		 319 aa  96.3  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1581  putative transport protein  25.36 
 
 		 344 aa  95.9  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.180816 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1561  putative transport protein  25.5 
 
 		 352 aa  95.5  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421411  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1669  putative transport protein  25.5 
 
 		 352 aa  95.5  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1709  putative transport protein  25.5 
 
 		 352 aa  95.5  3e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0814358  hitchhiker  0.000224346 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0257  response regulator receiver domain-containing protein  24.4 
 
 		 357 aa  95.1  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.492639 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1910  putative transport protein  26.82 
 
 		 344 aa  95.5  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2517  hypothetical protein  24.17 
 
 		 361 aa  94.4  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  25.43 
 
 		 345 aa  92.8  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  29.94 
 
 		 320 aa  92.4  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.54 
 
 		 327 aa  92.4  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3095  hypothetical protein  25 
 
 		 393 aa  92.4  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3144  hypothetical protein  27.35 
 
 		 393 aa  92  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0744058  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3105  hypothetical protein  27.3 
 
 		 374 aa  92  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3758  hypothetical protein  25 
 
 		 349 aa  91.3  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2143  hypothetical protein  27.09 
 
 		 366 aa  91.3  6e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03323  predicted inner membrane protein  25 
 
 		 349 aa  91.3  7e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0241  protein of unknown function UPF0118  25 
 
 		 349 aa  91.3  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03276  hypothetical protein  25 
 
 		 349 aa  91.3  7e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.08 
 
 		 348 aa  91.3  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3673  hypothetical protein  25 
 
 		 349 aa  91.3  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3956  hypothetical protein  25 
 
 		 349 aa  90.9  7e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4794  inner membrane protein YhhT  25 
 
 		 349 aa  91.3  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.08 
 
 		 348 aa  91.3  7e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1490  hypothetical protein  25.15 
 
 		 358 aa  90.9  7e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00480126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0242  hypothetical protein  25 
 
 		 349 aa  90.9  7e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1675  putative transport protein  25.95 
 
 		 344 aa  90.9  8e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3848  hypothetical protein  25 
 
 		 349 aa  90.9  8e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01570  predicted inner membrane protein  25.95 
 
 		 344 aa  90.5  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2042  protein of unknown function UPF0118  25.95 
 
 		 344 aa  90.5  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.230614  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2311  putative transport protein  25.95 
 
 		 344 aa  90.5  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2029  putative transport protein  25.95 
 
 		 344 aa  90.5  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.854402  normal  0.642454 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01560  hypothetical protein  25.95 
 
 		 344 aa  90.5  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2386  hypothetical protein  24.04 
 
 		 368 aa  90.1  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0461614  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1808  putative transport protein  26.02 
 
 		 344 aa  90.1  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  23.12 
 
 		 404 aa  90.5  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1787  putative transport protein  25.95 
 
 		 344 aa  90.5  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.619529  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  23.72 
 
 		 369 aa  89.4  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2430  hypothetical protein  25.97 
 
 		 360 aa  90.1  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2398  hypothetical protein  26.36 
 
 		 389 aa  89.7  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.17382  normal  0.699282 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5963  protein of unknown function UPF0118  26.36 
 
 		 353 aa  89.7  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.97133 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2920  hypothetical protein  23.63 
 
 		 368 aa  89.4  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1694  hypothetical protein  27.65 
 
 		 360 aa  89  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.258631  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>