More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4560 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  89.84 
 
 		 675 aa  1169    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2140  hypothetical protein  59.66 
 
 		 700 aa  720    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.425167  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  100 
 
 		 668 aa  1316    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  99.85 
 
 		 679 aa  1314    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0413  hypothetical protein  61.43 
 
 		 679 aa  711    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.169508 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1725  protein of unknown function UPF0118  59.76 
 
 		 680 aa  721    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0304  protein of unknown function UPF0118  51.72 
 
 		 650 aa  631  1e-179  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.10955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6242  hypothetical protein  50.76 
 
 		 659 aa  622  1e-177  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.253941  normal  0.568466 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1060  hypothetical protein  53.19 
 
 		 645 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0209  protein of unknown function UPF0118  52.12 
 
 		 651 aa  598  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3812  hypothetical protein  52.16 
 
 		 651 aa  592  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3145  hypothetical protein  47.35 
 
 		 660 aa  523  1e-147  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.44353  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3196  hypothetical protein  47.35 
 
 		 660 aa  523  1e-147  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5287  protein of unknown function UPF0118  47.45 
 
 		 677 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1324  membrane transporter  45.44 
 
 		 680 aa  499  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.542629  normal  0.0320057 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4370  protein of unknown function UPF0118  45.96 
 
 		 652 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  44.63 
 
 		 647 aa  491  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  45.83 
 
 		 649 aa  477  1e-133  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1233  membrane transporter  43.32 
 
 		 650 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.375468 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2910  hypothetical protein  43.97 
 
 		 660 aa  468  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381639  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  45.2 
 
 		 652 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  45.2 
 
 		 652 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2482  hypothetical protein  44.93 
 
 		 662 aa  463  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5379  protein of unknown function UPF0118  42.55 
 
 		 650 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.613329  normal  0.237029 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2158  protein of unknown function UPF0118  43.63 
 
 		 653 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1704  hypothetical protein  44.12 
 
 		 650 aa  442  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.61682 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1866  hypothetical protein  44.44 
 
 		 689 aa  438  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  43.91 
 
 		 606 aa  427  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3566  hypothetical protein  42.31 
 
 		 657 aa  427  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0446712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3553  hypothetical protein  43.65 
 
 		 647 aa  422  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0625218 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  42.7 
 
 		 644 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  39.19 
 
 		 805 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  38.92 
 
 		 662 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  42.4 
 
 		 663 aa  382  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4144  putative phytochrome sensor protein  42.05 
 
 		 821 aa  329  1.0000000000000001e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0677009 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  36.87 
 
 		 824 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  36.12 
 
 		 830 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4144  putative GAF sensor protein  33.19 
 
 		 801 aa  321  3e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3882  putative GAF sensor protein  38.25 
 
 		 782 aa  319  1e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3382  putative phytochrome sensor protein  39.66 
 
 		 879 aa  256  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164288 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  30.14 
 
 		 385 aa  147  7.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3144  hypothetical protein  28.27 
 
 		 393 aa  137  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0744058  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3845  hypothetical protein  27.25 
 
 		 406 aa  127  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1194  protein of unknown function UPF0118  28.72 
 
 		 359 aa  127  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514771  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3116  membrane transporter  27.25 
 
 		 388 aa  127  9e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  29.12 
 
 		 359 aa  125  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  28.72 
 
 		 359 aa  125  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5963  protein of unknown function UPF0118  30.19 
 
 		 353 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.97133 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2143  hypothetical protein  31.11 
 
 		 366 aa  119  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3881  hypothetical protein  27.53 
 
 		 349 aa  118  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.198688 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3520  hypothetical protein  27.73 
 
 		 434 aa  118  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365519  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  28.76 
 
 		 420 aa  118  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3095  hypothetical protein  28.22 
 
 		 393 aa  117  5e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2891  hypothetical protein  25.07 
 
 		 394 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0951393  hitchhiker  0.00000885055 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  26.9 
 
 		 345 aa  114  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3105  hypothetical protein  27.4 
 
 		 374 aa  114  7.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02869  transport protein  27.42 
 
 		 338 aa  112  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1694  hypothetical protein  29.24 
 
 		 360 aa  112  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.258631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1700  hypothetical protein  25.66 
 
 		 359 aa  110  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.23154  normal  0.0296077 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2158  hypothetical protein  27.84 
 
 		 387 aa  108  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001931  putative permease protein  26.5 
 
 		 356 aa  107  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3851  inner membrane protein YhhT  26.99 
 
 		 349 aa  107  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  24.4 
 
 		 369 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2702  hypothetical protein  24.15 
 
 		 369 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00759105  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1665  hypothetical protein  24.79 
 
 		 382 aa  105  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108955  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  25.92 
 
 		 404 aa  105  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2681  hypothetical protein  24.15 
 
 		 369 aa  105  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.185142  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1685  protein of unknown function UPF0118  24.15 
 
 		 369 aa  105  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0357703  normal  0.026776 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2065  protein of unknown function UPF0118  25.9 
 
 		 358 aa  105  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.742659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0263  protein of unknown function UPF0118  26.56 
 
 		 369 aa  104  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.120153  normal  0.560864 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3774  inner membrane protein YhhT  26.7 
 
 		 349 aa  104  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.505829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3784  inner membrane protein YhhT  26.7 
 
 		 349 aa  104  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3894  hypothetical protein  26.7 
 
 		 349 aa  104  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1561  putative transport protein  24.86 
 
 		 352 aa  104  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421411  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1669  putative transport protein  24.86 
 
 		 352 aa  104  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3758  hypothetical protein  25.28 
 
 		 349 aa  104  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1709  putative transport protein  24.86 
 
 		 352 aa  104  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0814358  hitchhiker  0.000224346 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1118  transport protein  24.32 
 
 		 339 aa  103  7e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3954  inner membrane protein YhhT  27.14 
 
 		 349 aa  103  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.835894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3464  hypothetical protein  25.6 
 
 		 406 aa  103  9e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384592 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03323  predicted inner membrane protein  25.28 
 
 		 349 aa  103  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0241  protein of unknown function UPF0118  25.28 
 
 		 349 aa  103  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4794  inner membrane protein YhhT  25.28 
 
 		 349 aa  103  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3673  hypothetical protein  25.28 
 
 		 349 aa  103  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3956  hypothetical protein  25.28 
 
 		 349 aa  103  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0242  hypothetical protein  25.28 
 
 		 349 aa  103  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3848  hypothetical protein  25.28 
 
 		 349 aa  103  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03276  hypothetical protein  25.28 
 
 		 349 aa  103  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2360  hypothetical protein  23.78 
 
 		 406 aa  102  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2927  transport protein  25.2 
 
 		 405 aa  101  4e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.799818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0663  protein of unknown function UPF0118  22.38 
 
 		 373 aa  101  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.177633 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2253  putative permease  25.96 
 
 		 389 aa  101  5e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0555  hypothetical protein  23.16 
 
 		 380 aa  101  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.11052 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1490  hypothetical protein  23.62 
 
 		 358 aa  100  7e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00480126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0257  response regulator receiver domain-containing protein  26.33 
 
 		 357 aa  99.8  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.492639 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2311  hypothetical protein  23.82 
 
 		 354 aa  99  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2430  hypothetical protein  25.28 
 
 		 360 aa  99.4  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2909  hypothetical protein  23.31 
 
 		 372 aa  99.8  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2386  hypothetical protein  24.04 
 
 		 368 aa  99.8  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0461614  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  25.89 
 
 		 390 aa  98.6  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>