More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3116 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3116  membrane transporter  100 
 
 		 388 aa  762    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3845  hypothetical protein  100 
 
 		 406 aa  761    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3144  hypothetical protein  81.93 
 
 		 393 aa  631  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0744058  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  47.12 
 
 		 385 aa  342  5e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3520  hypothetical protein  45.38 
 
 		 434 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365519  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2158  hypothetical protein  37.93 
 
 		 387 aa  246  4.9999999999999997e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5963  protein of unknown function UPF0118  41.05 
 
 		 353 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.97133 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2954  hypothetical protein  34.22 
 
 		 444 aa  219  5e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2059  hypothetical protein  38.08 
 
 		 382 aa  216  7e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.295344  normal  0.388769 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2214  hypothetical protein  35.07 
 
 		 374 aa  210  3e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2995  hypothetical protein  34.5 
 
 		 377 aa  204  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8661  protein of unknown function UPF0118  35.36 
 
 		 386 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1983  protein of unknown function UPF0118  32.71 
 
 		 408 aa  188  2e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  31.58 
 
 		 420 aa  171  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0263  protein of unknown function UPF0118  32.37 
 
 		 369 aa  169  6e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.120153  normal  0.560864 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0257  response regulator receiver domain-containing protein  27.41 
 
 		 357 aa  169  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.492639 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001931  putative permease protein  29.09 
 
 		 356 aa  166  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3452  hypothetical protein  32.76 
 
 		 394 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4272  hypothetical protein  32.65 
 
 		 374 aa  164  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02869  transport protein  31.13 
 
 		 338 aa  155  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  29.74 
 
 		 390 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3095  hypothetical protein  30.1 
 
 		 393 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4026  hypothetical protein  30.12 
 
 		 374 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.23322 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2253  putative permease  28.78 
 
 		 389 aa  152  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6996  putative permease  29.94 
 
 		 372 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0246  transport protein  29.59 
 
 		 369 aa  146  5e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.33291  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3464  hypothetical protein  27.63 
 
 		 406 aa  145  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384592 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2927  transport protein  29.18 
 
 		 405 aa  144  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.799818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0216  hypothetical protein  30.89 
 
 		 369 aa  144  3e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  31.02 
 
 		 359 aa  143  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1194  protein of unknown function UPF0118  30.77 
 
 		 359 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514771  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  31.27 
 
 		 359 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1381  hypothetical protein  31.1 
 
 		 384 aa  140  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0304  protein of unknown function UPF0118  30.85 
 
 		 650 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.10955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2002  hypothetical protein  30.81 
 
 		 434 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0749036  hitchhiker  0.0034214 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2143  hypothetical protein  30.18 
 
 		 366 aa  139  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1390  hypothetical protein  31.93 
 
 		 368 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2644  hypothetical protein  32.19 
 
 		 393 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3105  hypothetical protein  28.22 
 
 		 374 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1370  hypothetical protein  30.56 
 
 		 367 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.635669 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6242  hypothetical protein  29.4 
 
 		 659 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.253941  normal  0.568466 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  27.91 
 
 		 668 aa  134  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  27.91 
 
 		 679 aa  134  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  28.34 
 
 		 606 aa  132  9e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1260  hypothetical protein  28.35 
 
 		 366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0484  hypothetical protein  26.42 
 
 		 406 aa  130  6e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4702  protein of unknown function UPF0118  28.71 
 
 		 371 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.605317  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1060  hypothetical protein  28.81 
 
 		 645 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2158  protein of unknown function UPF0118  27.55 
 
 		 653 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0209  protein of unknown function UPF0118  28.57 
 
 		 651 aa  127  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01555  transport protein  35.48 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3812  hypothetical protein  28.04 
 
 		 651 aa  122  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  26.29 
 
 		 649 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  27.62 
 
 		 675 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  25.61 
 
 		 652 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1509  hypothetical protein  29.89 
 
 		 399 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2909  hypothetical protein  25.95 
 
 		 372 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  26.42 
 
 		 652 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2140  hypothetical protein  27.01 
 
 		 700 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.425167  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1324  hypothetical protein  25.94 
 
 		 408 aa  116  6e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0575147  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3196  hypothetical protein  26.3 
 
 		 660 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3145  hypothetical protein  26.3 
 
 		 660 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.44353  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0413  hypothetical protein  28.35 
 
 		 679 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.169508 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4144  putative phytochrome sensor protein  26.86 
 
 		 821 aa  113  5e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0677009 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0242  hypothetical protein  24.86 
 
 		 349 aa  113  6e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3956  hypothetical protein  24.86 
 
 		 349 aa  113  6e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  24.8 
 
 		 824 aa  113  6e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03323  predicted inner membrane protein  24.86 
 
 		 349 aa  113  7.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0241  protein of unknown function UPF0118  24.86 
 
 		 349 aa  113  7.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4794  inner membrane protein YhhT  24.86 
 
 		 349 aa  113  7.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1725  protein of unknown function UPF0118  26.53 
 
 		 680 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03276  hypothetical protein  24.86 
 
 		 349 aa  113  7.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3673  hypothetical protein  24.86 
 
 		 349 aa  113  7.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3848  hypothetical protein  24.86 
 
 		 349 aa  112  8.000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  29.12 
 
 		 647 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  24.56 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3758  hypothetical protein  24.57 
 
 		 349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  25.27 
 
 		 805 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3345  hypothetical protein  31.38 
 
 		 432 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2065  protein of unknown function UPF0118  28.36 
 
 		 358 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.742659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3881  hypothetical protein  25.43 
 
 		 349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.198688 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2954  hypothetical protein  29.55 
 
 		 386 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_2996  hypothetical protein  30.96 
 
 		 414 aa  111  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.229433 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  24.53 
 
 		 830 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5287  protein of unknown function UPF0118  27.11 
 
 		 677 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1324  membrane transporter  27.85 
 
 		 680 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.542629  normal  0.0320057 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0864  protein of unknown function UPF0118  25 
 
 		 388 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.407336  normal  0.786267 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1561  putative transport protein  27.44 
 
 		 352 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421411  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1709  putative transport protein  27.44 
 
 		 352 aa  107  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0814358  hitchhiker  0.000224346 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1669  putative transport protein  27.44 
 
 		 352 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  26.7 
 
 		 663 aa  106  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3659  hypothetical protein  31.33 
 
 		 390 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0638108 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0992  protein of unknown function UPF0118  25.21 
 
 		 396 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.537691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02299  hypothetical protein  27.88 
 
 		 345 aa  105  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.622561  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3553  hypothetical protein  26.01 
 
 		 647 aa  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0625218 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  26.8 
 
 		 644 aa  105  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1233  membrane transporter  27.4 
 
 		 650 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.375468 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  25 
 
 		 662 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1889  putative transport protein  24.51 
 
 		 350 aa  103  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000651778 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  27.54 
 
 		 404 aa  103  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>