More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5154 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  67.59 
 
 		 644 aa  822    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  62.13 
 
 		 662 aa  706    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  100 
 
 		 663 aa  1324    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  46.48 
 
 		 805 aa  504  1e-141  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2482  hypothetical protein  42.6 
 
 		 662 aa  459  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4370  protein of unknown function UPF0118  41.56 
 
 		 652 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2910  hypothetical protein  41.59 
 
 		 660 aa  439  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381639  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  43.37 
 
 		 606 aa  430  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0304  protein of unknown function UPF0118  41.2 
 
 		 650 aa  422  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.10955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  41.69 
 
 		 824 aa  419  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  41.69 
 
 		 830 aa  421  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1725  protein of unknown function UPF0118  42.57 
 
 		 680 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1060  hypothetical protein  39.83 
 
 		 645 aa  410  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1866  hypothetical protein  44.48 
 
 		 689 aa  412  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3196  hypothetical protein  39.28 
 
 		 660 aa  405  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4144  putative GAF sensor protein  39.47 
 
 		 801 aa  404  1e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3145  hypothetical protein  39.28 
 
 		 660 aa  405  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.44353  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3882  putative GAF sensor protein  39.4 
 
 		 782 aa  403  1e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  42.88 
 
 		 668 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0413  hypothetical protein  41.77 
 
 		 679 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.169508 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2158  protein of unknown function UPF0118  38.47 
 
 		 653 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  42.88 
 
 		 679 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  43.58 
 
 		 675 aa  397  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  37.99 
 
 		 647 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6242  hypothetical protein  40.03 
 
 		 659 aa  398  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.253941  normal  0.568466 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  38.75 
 
 		 649 aa  391  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3566  hypothetical protein  40.51 
 
 		 657 aa  389  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0446712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3812  hypothetical protein  41.07 
 
 		 651 aa  390  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4144  putative phytochrome sensor protein  38.87 
 
 		 821 aa  388  1e-106  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0677009 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  39.46 
 
 		 652 aa  387  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  39 
 
 		 652 aa  387  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0209  protein of unknown function UPF0118  41.07 
 
 		 651 aa  389  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2140  hypothetical protein  43.16 
 
 		 700 aa  383  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.425167  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5287  protein of unknown function UPF0118  37.04 
 
 		 677 aa  376  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1233  membrane transporter  38.86 
 
 		 650 aa  379  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.375468 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1324  membrane transporter  38.45 
 
 		 680 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.542629  normal  0.0320057 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5379  protein of unknown function UPF0118  39.85 
 
 		 650 aa  369  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.613329  normal  0.237029 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3553  hypothetical protein  39.18 
 
 		 647 aa  362  1e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0625218 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1704  hypothetical protein  37.8 
 
 		 650 aa  348  2e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.61682 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3382  putative phytochrome sensor protein  39.07 
 
 		 879 aa  305  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164288 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3881  hypothetical protein  28.98 
 
 		 349 aa  138  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.198688 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1194  protein of unknown function UPF0118  27.99 
 
 		 359 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514771  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1669  putative transport protein  30.79 
 
 		 352 aa  132  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1709  putative transport protein  30.79 
 
 		 352 aa  132  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0814358  hitchhiker  0.000224346 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1561  putative transport protein  30.79 
 
 		 352 aa  132  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421411  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  27.99 
 
 		 359 aa  131  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  27.54 
 
 		 359 aa  127  7e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3956  hypothetical protein  29.05 
 
 		 349 aa  125  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3758  hypothetical protein  29.75 
 
 		 349 aa  125  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0242  hypothetical protein  29.05 
 
 		 349 aa  125  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3848  hypothetical protein  29.48 
 
 		 349 aa  125  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03323  predicted inner membrane protein  29.48 
 
 		 349 aa  125  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0241  protein of unknown function UPF0118  29.48 
 
 		 349 aa  125  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3851  inner membrane protein YhhT  30.3 
 
 		 349 aa  125  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3673  hypothetical protein  29.48 
 
 		 349 aa  125  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03276  hypothetical protein  29.48 
 
 		 349 aa  125  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4794  inner membrane protein YhhT  29.48 
 
 		 349 aa  125  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2909  hypothetical protein  27.69 
 
 		 372 aa  124  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1685  protein of unknown function UPF0118  25.13 
 
 		 369 aa  124  7e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0357703  normal  0.026776 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2702  hypothetical protein  25.13 
 
 		 369 aa  124  7e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00759105  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2681  hypothetical protein  25.13 
 
 		 369 aa  124  7e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.185142  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  25.13 
 
 		 369 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2360  hypothetical protein  27.54 
 
 		 406 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1665  hypothetical protein  24.81 
 
 		 382 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108955  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  26.37 
 
 		 345 aa  123  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3894  hypothetical protein  30 
 
 		 349 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3784  inner membrane protein YhhT  30 
 
 		 349 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3774  inner membrane protein YhhT  30 
 
 		 349 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.505829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2398  hypothetical protein  27.43 
 
 		 389 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.17382  normal  0.699282 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2891  hypothetical protein  26.35 
 
 		 394 aa  121  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0951393  hitchhiker  0.00000885055 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  25.27 
 
 		 404 aa  122  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2386  hypothetical protein  25.87 
 
 		 368 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0461614  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2920  hypothetical protein  26.46 
 
 		 368 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  28.7 
 
 		 385 aa  120  7.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  26.65 
 
 		 420 aa  119  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1889  putative transport protein  31.9 
 
 		 350 aa  120  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000651778 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1544  hypothetical protein  25.46 
 
 		 368 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173707  normal  0.127911 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1485  hypothetical protein  25.72 
 
 		 368 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00467252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1550  hypothetical protein  25.72 
 
 		 368 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0232271  normal  0.172747 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1700  hypothetical protein  27.02 
 
 		 359 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.23154  normal  0.0296077 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2002  hypothetical protein  27.2 
 
 		 434 aa  118  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0749036  hitchhiker  0.0034214 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02299  hypothetical protein  26.74 
 
 		 345 aa  118  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.622561  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001931  putative permease protein  27.16 
 
 		 356 aa  117  6e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3954  inner membrane protein YhhT  29.39 
 
 		 349 aa  117  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.835894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2065  protein of unknown function UPF0118  27.27 
 
 		 358 aa  115  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.742659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3452  hypothetical protein  26.91 
 
 		 394 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4013  protein of unknown function UPF0118  31.18 
 
 		 389 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00579473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1490  hypothetical protein  25.28 
 
 		 358 aa  115  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00480126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3095  hypothetical protein  27.87 
 
 		 393 aa  114  5e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2253  putative permease  27.93 
 
 		 389 aa  114  6e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1693  putative transport protein  27.52 
 
 		 344 aa  113  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.31551  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1649  putative transport protein  27.52 
 
 		 344 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1590  putative transport protein  27.52 
 
 		 344 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1860  putative transport protein  27.52 
 
 		 344 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  27.64 
 
 		 390 aa  112  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0555  hypothetical protein  25.95 
 
 		 380 aa  112  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.11052 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1910  putative transport protein  27.05 
 
 		 344 aa  111  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1581  putative transport protein  27.22 
 
 		 344 aa  111  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.180816 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3090  putative transport protein  29.71 
 
 		 350 aa  110  7.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3144  hypothetical protein  27.67 
 
 		 393 aa  110  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0744058  normal  0.288256 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>