More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1700 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2891  hypothetical protein  91.43 
 
 		 394 aa  646    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0951393  hitchhiker  0.00000885055 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1700  hypothetical protein  100 
 
 		 359 aa  713    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.23154  normal  0.0296077 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1485  hypothetical protein  80.06 
 
 		 368 aa  580  1e-164  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00467252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1550  hypothetical protein  80.06 
 
 		 368 aa  580  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0232271  normal  0.172747 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1544  hypothetical protein  80.06 
 
 		 368 aa  580  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173707  normal  0.127911 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1490  hypothetical protein  79.83 
 
 		 358 aa  577  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00480126  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2920  hypothetical protein  78.77 
 
 		 368 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2398  hypothetical protein  84.88 
 
 		 389 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.17382  normal  0.699282 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1665  hypothetical protein  82.56 
 
 		 382 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108955  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2681  hypothetical protein  77.31 
 
 		 369 aa  569  1e-161  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.185142  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1685  protein of unknown function UPF0118  77.31 
 
 		 369 aa  569  1e-161  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0357703  normal  0.026776 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  77.09 
 
 		 369 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2702  hypothetical protein  76.75 
 
 		 369 aa  566  1e-160  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00759105  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2386  hypothetical protein  79.36 
 
 		 368 aa  567  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0461614  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2360  hypothetical protein  75.92 
 
 		 406 aa  542  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  72.09 
 
 		 404 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2909  hypothetical protein  60.51 
 
 		 372 aa  418  1e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2311  hypothetical protein  58.96 
 
 		 354 aa  401  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02299  hypothetical protein  56.01 
 
 		 345 aa  382  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.622561  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3314  hypothetical protein  50.15 
 
 		 353 aa  344  1e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  48.2 
 
 		 345 aa  308  9e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1889  putative transport protein  49.4 
 
 		 350 aa  304  1.0000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000651778 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1709  putative transport protein  47.21 
 
 		 352 aa  300  3e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0814358  hitchhiker  0.000224346 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1561  putative transport protein  47.21 
 
 		 352 aa  300  3e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421411  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1669  putative transport protein  47.21 
 
 		 352 aa  300  3e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1693  putative transport protein  47.38 
 
 		 344 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.31551  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1860  putative transport protein  47.38 
 
 		 344 aa  289  5.0000000000000004e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1590  putative transport protein  47.38 
 
 		 344 aa  289  5.0000000000000004e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1649  putative transport protein  47.38 
 
 		 344 aa  289  5.0000000000000004e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1581  putative transport protein  47.38 
 
 		 344 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.180816 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1910  putative transport protein  46.77 
 
 		 344 aa  280  2e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3881  hypothetical protein  41.92 
 
 		 349 aa  266  5.999999999999999e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.198688 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3851  inner membrane protein YhhT  43.07 
 
 		 349 aa  262  8e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1354  permease  44.48 
 
 		 350 aa  262  8e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3848  hypothetical protein  41.57 
 
 		 349 aa  261  2e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3758  hypothetical protein  41.57 
 
 		 349 aa  260  2e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03323  predicted inner membrane protein  41.27 
 
 		 349 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0241  protein of unknown function UPF0118  41.27 
 
 		 349 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3673  hypothetical protein  41.27 
 
 		 349 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3090  putative transport protein  46.18 
 
 		 350 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3784  inner membrane protein YhhT  42.77 
 
 		 349 aa  259  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3774  inner membrane protein YhhT  42.77 
 
 		 349 aa  259  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.505829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4794  inner membrane protein YhhT  41.27 
 
 		 349 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03276  hypothetical protein  41.27 
 
 		 349 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3894  hypothetical protein  42.77 
 
 		 349 aa  259  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3956  hypothetical protein  41.27 
 
 		 349 aa  259  6e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0242  hypothetical protein  41.27 
 
 		 349 aa  259  6e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3954  inner membrane protein YhhT  42.77 
 
 		 349 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.835894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1598  putative transport protein  46.2 
 
 		 344 aa  255  7e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01570  predicted inner membrane protein  45.9 
 
 		 344 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2042  protein of unknown function UPF0118  45.9 
 
 		 344 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.230614  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01560  hypothetical protein  45.9 
 
 		 344 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2029  putative transport protein  45.9 
 
 		 344 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.854402  normal  0.642454 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2311  putative transport protein  45.9 
 
 		 344 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1787  putative transport protein  45.9 
 
 		 344 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.619529  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1808  putative transport protein  45.59 
 
 		 344 aa  253  3e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1675  putative transport protein  45.59 
 
 		 344 aa  252  6e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2517  hypothetical protein  43.92 
 
 		 361 aa  251  2e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1694  hypothetical protein  42.25 
 
 		 360 aa  246  4e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.258631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1640  transport protein  39.88 
 
 		 336 aa  228  9e-59  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2430  hypothetical protein  39.41 
 
 		 360 aa  225  1e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2065  protein of unknown function UPF0118  39.56 
 
 		 358 aa  224  2e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.742659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1118  transport protein  35.31 
 
 		 339 aa  213  2.9999999999999995e-54  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2070  hypothetical protein  38.07 
 
 		 348 aa  205  8e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1134  hypothetical protein  40.96 
 
 		 361 aa  200  3e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.504348  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0123  hypothetical protein  39.82 
 
 		 338 aa  198  9e-50  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0266583  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3065  hypothetical protein  32.04 
 
 		 342 aa  178  2e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.499692  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0719  protein of unknown function UPF0118  33.91 
 
 		 370 aa  177  4e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000137163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4853  protein of unknown function UPF0118  34.21 
 
 		 359 aa  176  6e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2437  hypothetical protein  33.85 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.705178  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1524  protein of unknown function UPF0118  32.65 
 
 		 354 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.740315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3035  hypothetical protein  30.98 
 
 		 349 aa  157  3e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.124885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4059  protein of unknown function UPF0118  30.37 
 
 		 409 aa  155  1e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.793351  normal  0.664479 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3067  hypothetical protein  29.05 
 
 		 354 aa  143  4e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0722131  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3357  protein of unknown function UPF0118  28.7 
 
 		 358 aa  130  4.0000000000000003e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.53694  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0907  hypothetical protein  26.71 
 
 		 362 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0785187  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23200  predicted permease  26.43 
 
 		 398 aa  128  2.0000000000000002e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1025  hypothetical protein  28.19 
 
 		 406 aa  126  6e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.297957 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1291  hypothetical protein  28.45 
 
 		 351 aa  125  8.000000000000001e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0482108  normal  0.0196495 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0359  hypothetical protein  31 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.17593  normal  0.0847494 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0006  membrane protein  27.95 
 
 		 362 aa  121  1.9999999999999998e-26  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4918  protein of unknown function UPF0118  27.06 
 
 		 364 aa  120  3e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19450  predicted permease  27.69 
 
 		 438 aa  120  3.9999999999999996e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  27.02 
 
 		 663 aa  119  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1937  permease-like protein  27.43 
 
 		 350 aa  117  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  26.32 
 
 		 647 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  26.07 
 
 		 675 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7304  hypothetical protein  28.97 
 
 		 351 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0257  response regulator receiver domain-containing protein  26.83 
 
 		 357 aa  110  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.492639 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001931  putative permease protein  25.48 
 
 		 356 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  25.66 
 
 		 668 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  25.66 
 
 		 679 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3908  hypothetical protein  28.92 
 
 		 383 aa  110  5e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0172  hypothetical protein  28.3 
 
 		 347 aa  109  7.000000000000001e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000263309  normal  0.0370984 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1233  membrane transporter  26.65 
 
 		 650 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.375468 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  28.13 
 
 		 359 aa  109  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3659  hypothetical protein  36 
 
 		 390 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0638108 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  27.48 
 
 		 824 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  28 
 
 		 359 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  28.53 
 
 		 805 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>