More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2360 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2360  hypothetical protein  100 
 
 		 406 aa  807    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  75 
 
 		 404 aa  593  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1485  hypothetical protein  76.36 
 
 		 368 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00467252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1550  hypothetical protein  76.36 
 
 		 368 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0232271  normal  0.172747 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  77.69 
 
 		 369 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2702  hypothetical protein  77.15 
 
 		 369 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00759105  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1685  protein of unknown function UPF0118  82.22 
 
 		 369 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0357703  normal  0.026776 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1544  hypothetical protein  76.36 
 
 		 368 aa  570  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173707  normal  0.127911 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2681  hypothetical protein  82.22 
 
 		 369 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.185142  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2920  hypothetical protein  80.76 
 
 		 368 aa  566  1e-160  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2386  hypothetical protein  80.76 
 
 		 368 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0461614  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1490  hypothetical protein  78.69 
 
 		 358 aa  557  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00480126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2891  hypothetical protein  70.41 
 
 		 394 aa  553  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0951393  hitchhiker  0.00000885055 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1700  hypothetical protein  75.92 
 
 		 359 aa  542  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.23154  normal  0.0296077 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1665  hypothetical protein  70.42 
 
 		 382 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108955  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2398  hypothetical protein  68.29 
 
 		 389 aa  526  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.17382  normal  0.699282 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2909  hypothetical protein  56.66 
 
 		 372 aa  421  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2311  hypothetical protein  59.41 
 
 		 354 aa  396  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02299  hypothetical protein  56.33 
 
 		 345 aa  382  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.622561  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3314  hypothetical protein  50.29 
 
 		 353 aa  352  5.9999999999999994e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  45.59 
 
 		 345 aa  305  9.000000000000001e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1669  putative transport protein  47.81 
 
 		 352 aa  302  6.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1709  putative transport protein  47.81 
 
 		 352 aa  302  6.000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0814358  hitchhiker  0.000224346 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1561  putative transport protein  47.81 
 
 		 352 aa  302  6.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421411  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1889  putative transport protein  47.35 
 
 		 350 aa  296  3e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000651778 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1590  putative transport protein  46.67 
 
 		 344 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1693  putative transport protein  46.67 
 
 		 344 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.31551  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1649  putative transport protein  46.67 
 
 		 344 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1860  putative transport protein  46.67 
 
 		 344 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1581  putative transport protein  46.67 
 
 		 344 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.180816 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1910  putative transport protein  45.35 
 
 		 344 aa  279  7e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3090  putative transport protein  47.63 
 
 		 350 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1354  permease  43.67 
 
 		 350 aa  267  2.9999999999999995e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3758  hypothetical protein  43.69 
 
 		 349 aa  264  2e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3848  hypothetical protein  43.69 
 
 		 349 aa  264  2e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03323  predicted inner membrane protein  43.69 
 
 		 349 aa  264  3e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0241  protein of unknown function UPF0118  43.69 
 
 		 349 aa  264  3e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3956  hypothetical protein  43.56 
 
 		 349 aa  263  3e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0242  hypothetical protein  43.56 
 
 		 349 aa  263  3e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03276  hypothetical protein  43.69 
 
 		 349 aa  264  3e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3673  hypothetical protein  43.69 
 
 		 349 aa  264  3e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4794  inner membrane protein YhhT  43.69 
 
 		 349 aa  264  3e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3881  hypothetical protein  42.68 
 
 		 349 aa  261  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.198688 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3851  inner membrane protein YhhT  42.41 
 
 		 349 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3784  inner membrane protein YhhT  42.11 
 
 		 349 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3894  hypothetical protein  42.11 
 
 		 349 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3774  inner membrane protein YhhT  42.11 
 
 		 349 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.505829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2517  hypothetical protein  43.71 
 
 		 361 aa  256  6e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3954  inner membrane protein YhhT  42.11 
 
 		 349 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.835894  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01570  predicted inner membrane protein  45.15 
 
 		 344 aa  251  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2042  protein of unknown function UPF0118  45.15 
 
 		 344 aa  251  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.230614  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1787  putative transport protein  45.15 
 
 		 344 aa  251  2e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.619529  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2029  putative transport protein  45.15 
 
 		 344 aa  251  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.854402  normal  0.642454 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1598  putative transport protein  45.45 
 
 		 344 aa  251  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01560  hypothetical protein  45.15 
 
 		 344 aa  251  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2311  putative transport protein  45.15 
 
 		 344 aa  250  3e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1808  putative transport protein  44.85 
 
 		 344 aa  248  1e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1675  putative transport protein  44.85 
 
 		 344 aa  247  2e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1694  hypothetical protein  44.11 
 
 		 360 aa  239  8e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.258631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2430  hypothetical protein  40.11 
 
 		 360 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1640  transport protein  40.66 
 
 		 336 aa  232  1e-59  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2065  protein of unknown function UPF0118  40.36 
 
 		 358 aa  231  2e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.742659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2070  hypothetical protein  38.67 
 
 		 348 aa  212  1e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1118  transport protein  32.56 
 
 		 339 aa  198  2.0000000000000003e-49  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0719  protein of unknown function UPF0118  34.4 
 
 		 370 aa  192  6e-48  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000137163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0123  hypothetical protein  37.57 
 
 		 338 aa  188  1e-46  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0266583  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1134  hypothetical protein  40.12 
 
 		 361 aa  185  1.0000000000000001e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.504348  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2437  hypothetical protein  34.94 
 
 		 341 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.705178  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4853  protein of unknown function UPF0118  33.73 
 
 		 359 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3065  hypothetical protein  33.33 
 
 		 342 aa  179  7e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.499692  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3035  hypothetical protein  33.54 
 
 		 349 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.124885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4059  protein of unknown function UPF0118  32.55 
 
 		 409 aa  164  3e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.793351  normal  0.664479 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1524  protein of unknown function UPF0118  32.54 
 
 		 354 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.740315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0907  hypothetical protein  30 
 
 		 362 aa  140  3e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0785187  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3067  hypothetical protein  30.98 
 
 		 354 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0722131  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23200  predicted permease  28.14 
 
 		 398 aa  138  2e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1025  hypothetical protein  30.06 
 
 		 406 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.297957 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3357  protein of unknown function UPF0118  31.8 
 
 		 358 aa  129  7.000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.53694  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0359  hypothetical protein  30.65 
 
 		 350 aa  127  3e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.17593  normal  0.0847494 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19450  predicted permease  27.59 
 
 		 438 aa  124  4e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7304  hypothetical protein  30.51 
 
 		 351 aa  124  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  27.93 
 
 		 663 aa  123  7e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0006  membrane protein  30.61 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4918  protein of unknown function UPF0118  28.88 
 
 		 364 aa  121  3e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1291  hypothetical protein  30 
 
 		 351 aa  120  3.9999999999999996e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0482108  normal  0.0196495 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1937  permease-like protein  27.95 
 
 		 350 aa  120  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  26.12 
 
 		 644 aa  113  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3908  hypothetical protein  30.95 
 
 		 383 aa  111  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1150  hypothetical membrane spanning protein  32.58 
 
 		 376 aa  110  6e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1020  hypothetical protein  32.08 
 
 		 344 aa  108  1e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  25.34 
 
 		 647 aa  108  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2014  hypothetical protein  29.12 
 
 		 352 aa  106  7e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2009  hypothetical protein  29.12 
 
 		 352 aa  106  7e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3864  hypothetical protein  28.71 
 
 		 356 aa  105  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285096  normal  0.3601 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  26.63 
 
 		 805 aa  103  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  24.27 
 
 		 675 aa  103  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001931  putative permease protein  23.62 
 
 		 356 aa  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2482  hypothetical protein  25.91 
 
 		 662 aa  103  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1233  membrane transporter  25.07 
 
 		 650 aa  103  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.375468 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4788  hypothetical protein  29.23 
 
 		 373 aa  103  7e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>