More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0257 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0257  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 357 aa  716    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.492639 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001931  putative permease protein  47.48 
 
 		 356 aa  309  4e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4272  hypothetical protein  37.43 
 
 		 374 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2158  hypothetical protein  34.33 
 
 		 387 aa  194  3e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02869  transport protein  32.54 
 
 		 338 aa  193  5e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0263  protein of unknown function UPF0118  32.05 
 
 		 369 aa  187  3e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.120153  normal  0.560864 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  28.99 
 
 		 385 aa  170  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2995  hypothetical protein  30.86 
 
 		 377 aa  170  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3144  hypothetical protein  27.98 
 
 		 393 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0744058  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0246  transport protein  29.67 
 
 		 369 aa  166  5e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.33291  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01555  transport protein  36.06 
 
 		 296 aa  166  6.9999999999999995e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1983  protein of unknown function UPF0118  30.22 
 
 		 408 aa  164  3e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8661  protein of unknown function UPF0118  33.53 
 
 		 386 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0216  hypothetical protein  29.67 
 
 		 369 aa  163  5.0000000000000005e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3095  hypothetical protein  32.18 
 
 		 393 aa  162  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3116  membrane transporter  27.94 
 
 		 388 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5963  protein of unknown function UPF0118  33.75 
 
 		 353 aa  162  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.97133 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3845  hypothetical protein  27.94 
 
 		 406 aa  161  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521345  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  29.31 
 
 		 420 aa  159  8e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3520  hypothetical protein  29.14 
 
 		 434 aa  159  8e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365519  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  30.7 
 
 		 390 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3452  hypothetical protein  28.45 
 
 		 394 aa  152  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3464  hypothetical protein  28.7 
 
 		 406 aa  150  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384592 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3105  hypothetical protein  30.57 
 
 		 374 aa  149  6e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2002  hypothetical protein  29.55 
 
 		 434 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0749036  hitchhiker  0.0034214 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2253  putative permease  26.18 
 
 		 389 aa  138  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6996  putative permease  26.24 
 
 		 372 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2927  transport protein  27.76 
 
 		 405 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.799818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2214  hypothetical protein  29.71 
 
 		 374 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1381  hypothetical protein  27.3 
 
 		 384 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1370  hypothetical protein  27.19 
 
 		 367 aa  126  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.635669 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2059  hypothetical protein  29.15 
 
 		 382 aa  125  8.000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.295344  normal  0.388769 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4026  hypothetical protein  28.29 
 
 		 374 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.23322 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1390  hypothetical protein  27.33 
 
 		 368 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2644  hypothetical protein  29.97 
 
 		 393 aa  123  5e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2143  hypothetical protein  26.65 
 
 		 366 aa  123  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0484  hypothetical protein  26.33 
 
 		 406 aa  119  6e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2954  hypothetical protein  25.94 
 
 		 386 aa  116  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1324  hypothetical protein  28.33 
 
 		 408 aa  116  6e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0575147  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4702  protein of unknown function UPF0118  26.95 
 
 		 371 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.605317  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2954  hypothetical protein  26.88 
 
 		 444 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  25.23 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  24.41 
 
 		 662 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  26.42 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  26.2 
 
 		 644 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2891  hypothetical protein  26.52 
 
 		 394 aa  110  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0951393  hitchhiker  0.00000885055 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1194  protein of unknown function UPF0118  26.07 
 
 		 359 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514771  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1700  hypothetical protein  26.83 
 
 		 359 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.23154  normal  0.0296077 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  25.7 
 
 		 649 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  23.81 
 
 		 663 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1590  putative transport protein  28.21 
 
 		 344 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1649  putative transport protein  28.21 
 
 		 344 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1860  putative transport protein  28.21 
 
 		 344 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1910  putative transport protein  28.48 
 
 		 344 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1693  putative transport protein  27.3 
 
 		 344 aa  106  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.31551  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1581  putative transport protein  27.9 
 
 		 344 aa  106  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.180816 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02299  hypothetical protein  26.05 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.622561  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  25.77 
 
 		 824 aa  105  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  25.54 
 
 		 830 aa  104  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3566  hypothetical protein  26.78 
 
 		 657 aa  104  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0446712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  24.57 
 
 		 359 aa  104  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  27.37 
 
 		 404 aa  104  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3553  hypothetical protein  25.7 
 
 		 647 aa  103  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0625218 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  24.62 
 
 		 652 aa  103  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1889  putative transport protein  28.11 
 
 		 350 aa  103  5e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000651778 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1544  hypothetical protein  27.13 
 
 		 368 aa  103  5e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173707  normal  0.127911 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1561  putative transport protein  26.98 
 
 		 352 aa  102  8e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421411  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1669  putative transport protein  26.98 
 
 		 352 aa  102  8e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1709  putative transport protein  26.98 
 
 		 352 aa  102  8e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0814358  hitchhiker  0.000224346 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  24.37 
 
 		 652 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1485  hypothetical protein  26.57 
 
 		 368 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00467252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1550  hypothetical protein  26.57 
 
 		 368 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0232271  normal  0.172747 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2065  protein of unknown function UPF0118  24.4 
 
 		 358 aa  102  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.742659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1490  hypothetical protein  25.68 
 
 		 358 aa  101  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00480126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3310  protein of unknown function UPF0118  22.75 
 
 		 354 aa  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2070  hypothetical protein  25.73 
 
 		 348 aa  101  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1509  hypothetical protein  28.48 
 
 		 399 aa  100  4e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2386  hypothetical protein  25.45 
 
 		 368 aa  100  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0461614  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3888  protein of unknown function UPF0118  24.61 
 
 		 439 aa  100  5e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1354  permease  24.15 
 
 		 350 aa  100  5e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3776  protein of unknown function UPF0118  24.61 
 
 		 439 aa  100  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.165443 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  26.33 
 
 		 679 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  26.33 
 
 		 668 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  26.83 
 
 		 369 aa  99.4  8e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2920  hypothetical protein  25.62 
 
 		 368 aa  99.4  9e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01570  predicted inner membrane protein  28.21 
 
 		 344 aa  99  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2042  protein of unknown function UPF0118  28.21 
 
 		 344 aa  99  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.230614  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2029  putative transport protein  28.21 
 
 		 344 aa  99  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.854402  normal  0.642454 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1598  putative transport protein  28.21 
 
 		 344 aa  99  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2702  hypothetical protein  26.83 
 
 		 369 aa  99  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00759105  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2681  hypothetical protein  26.83 
 
 		 369 aa  99  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.185142  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2311  putative transport protein  28.21 
 
 		 344 aa  99  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1685  protein of unknown function UPF0118  26.83 
 
 		 369 aa  99  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0357703  normal  0.026776 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01560  hypothetical protein  28.21 
 
 		 344 aa  99  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1808  putative transport protein  28.21 
 
 		 344 aa  99  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1787  putative transport protein  28.21 
 
 		 344 aa  99  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.619529  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  24.71 
 
 		 606 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1118  transport protein  24.76 
 
 		 339 aa  97.8  2e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2360  hypothetical protein  26.9 
 
 		 406 aa  97.1  5e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1665  hypothetical protein  24.55 
 
 		 382 aa  97.1  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108955  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>