More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3776 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_3776  protein of unknown function UPF0118  100 
 
 		 439 aa  853    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.165443 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3888  protein of unknown function UPF0118  100 
 
 		 439 aa  853    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3095  hypothetical protein  37.73 
 
 		 393 aa  253  5.000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  35.77 
 
 		 420 aa  250  4e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2002  hypothetical protein  40.35 
 
 		 434 aa  249  8e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0749036  hitchhiker  0.0034214 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  36.86 
 
 		 390 aa  246  6e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2927  transport protein  36.68 
 
 		 405 aa  246  6e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.799818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3452  hypothetical protein  34.81 
 
 		 394 aa  244  3e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2253  putative permease  33.62 
 
 		 389 aa  213  7.999999999999999e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1509  hypothetical protein  36.67 
 
 		 399 aa  207  4e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1381  hypothetical protein  35.98 
 
 		 384 aa  199  6e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2954  hypothetical protein  33.25 
 
 		 386 aa  199  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2644  hypothetical protein  36.77 
 
 		 393 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  29.13 
 
 		 663 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  29.56 
 
 		 359 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1194  protein of unknown function UPF0118  29.02 
 
 		 359 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514771  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  29.02 
 
 		 359 aa  133  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0257  response regulator receiver domain-containing protein  25.64 
 
 		 357 aa  127  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.492639 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  27.95 
 
 		 385 aa  127  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  27.82 
 
 		 644 aa  121  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3845  hypothetical protein  28.12 
 
 		 406 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3116  membrane transporter  28.12 
 
 		 388 aa  117  5e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3144  hypothetical protein  27.62 
 
 		 393 aa  117  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0744058  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2158  hypothetical protein  25.34 
 
 		 387 aa  115  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2482  hypothetical protein  29.07 
 
 		 662 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3520  hypothetical protein  29.84 
 
 		 434 aa  113  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365519  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2995  hypothetical protein  27 
 
 		 377 aa  109  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5963  protein of unknown function UPF0118  27.86 
 
 		 353 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.97133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  28.61 
 
 		 679 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  28.26 
 
 		 675 aa  107  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  28.5 
 
 		 668 aa  108  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1983  protein of unknown function UPF0118  29.15 
 
 		 408 aa  107  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8661  protein of unknown function UPF0118  28.31 
 
 		 386 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001931  putative permease protein  24.63 
 
 		 356 aa  107  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  28.21 
 
 		 805 aa  105  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2954  hypothetical protein  26.67 
 
 		 444 aa  103  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2059  hypothetical protein  27.73 
 
 		 382 aa  103  8e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.295344  normal  0.388769 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1725  protein of unknown function UPF0118  27.14 
 
 		 680 aa  103  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  25.7 
 
 		 662 aa  101  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4013  protein of unknown function UPF0118  24.13 
 
 		 389 aa  100  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00579473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3882  putative GAF sensor protein  27.27 
 
 		 782 aa  100  6e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  27.41 
 
 		 606 aa  98.2  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2910  hypothetical protein  26.61 
 
 		 660 aa  98.2  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381639  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1060  hypothetical protein  28.39 
 
 		 645 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4144  putative GAF sensor protein  27.11 
 
 		 801 aa  97.1  6e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  27.37 
 
 		 824 aa  97.1  6e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2143  hypothetical protein  31.25 
 
 		 366 aa  97.1  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  27.78 
 
 		 647 aa  96.7  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  27.4 
 
 		 830 aa  96.7  8e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0413  hypothetical protein  26.35 
 
 		 679 aa  96.3  9e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.169508 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2140  hypothetical protein  26.45 
 
 		 700 aa  96.3  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.425167  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1233  membrane transporter  27.2 
 
 		 650 aa  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.375468 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4144  putative phytochrome sensor protein  23.78 
 
 		 821 aa  92  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0677009 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3196  hypothetical protein  27.75 
 
 		 660 aa  90.9  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3145  hypothetical protein  27.75 
 
 		 660 aa  90.9  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.44353  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5379  protein of unknown function UPF0118  26.47 
 
 		 650 aa  90.5  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.613329  normal  0.237029 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0136  protein of unknown function UPF0118  22.22 
 
 		 387 aa  90.1  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.291617  normal  0.459798 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3566  hypothetical protein  25.71 
 
 		 657 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0446712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2065  protein of unknown function UPF0118  30.39 
 
 		 358 aa  89.7  9e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.742659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3553  hypothetical protein  26.42 
 
 		 647 aa  89  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0625218 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6242  hypothetical protein  26.85 
 
 		 659 aa  89  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.253941  normal  0.568466 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2214  hypothetical protein  30.14 
 
 		 374 aa  86.3  9e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3464  hypothetical protein  24.47 
 
 		 406 aa  85.9  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384592 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  25.07 
 
 		 649 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01555  transport protein  28.17 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0304  protein of unknown function UPF0118  25 
 
 		 650 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.10955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0263  protein of unknown function UPF0118  24.51 
 
 		 369 aa  83.2  0.000000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.120153  normal  0.560864 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02869  transport protein  24.93 
 
 		 338 aa  82.8  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5287  protein of unknown function UPF0118  25.81 
 
 		 677 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4370  protein of unknown function UPF0118  26.1 
 
 		 652 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2891  hypothetical protein  21.12 
 
 		 394 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0951393  hitchhiker  0.00000885055 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  24.87 
 
 		 652 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  24.86 
 
 		 652 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2158  protein of unknown function UPF0118  30.56 
 
 		 653 aa  80.1  0.00000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3314  hypothetical protein  25.73 
 
 		 353 aa  79.3  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1889  putative transport protein  25.67 
 
 		 350 aa  79.7  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000651778 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1324  membrane transporter  25.25 
 
 		 680 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.542629  normal  0.0320057 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  21.52 
 
 		 404 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4272  hypothetical protein  25.21 
 
 		 374 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1704  hypothetical protein  26.6 
 
 		 650 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.61682 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1665  hypothetical protein  23.85 
 
 		 382 aa  77  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108955  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0246  transport protein  25.26 
 
 		 369 aa  77  0.0000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.33291  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  27.55 
 
 		 345 aa  76.3  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0768  hypothetical protein  24.11 
 
 		 343 aa  75.9  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.011294  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5612  protein of unknown function UPF0118  27.59 
 
 		 383 aa  76.3  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0216  hypothetical protein  24.49 
 
 		 369 aa  75.5  0.000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1390  hypothetical protein  25.39 
 
 		 368 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1866  hypothetical protein  25.9 
 
 		 689 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4788  hypothetical protein  25 
 
 		 373 aa  75.1  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0555  hypothetical protein  25 
 
 		 380 aa  74.7  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.11052 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2070  hypothetical protein  25.85 
 
 		 348 aa  74.3  0.000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1700  hypothetical protein  21.22 
 
 		 359 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.23154  normal  0.0296077 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2360  hypothetical protein  22.19 
 
 		 406 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1998  transporter, putative  25.94 
 
 		 370 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000649848  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1694  hypothetical protein  28.25 
 
 		 360 aa  72.8  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.258631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1544  hypothetical protein  21.41 
 
 		 368 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173707  normal  0.127911 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  21.74 
 
 		 369 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1485  hypothetical protein  21.35 
 
 		 368 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00467252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1550  hypothetical protein  21.35 
 
 		 368 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0232271  normal  0.172747 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0120  protein of unknown function UPF0118  24.37 
 
 		 436 aa  72.4  0.00000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>