More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3452 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3452  hypothetical protein  100 
 
 		 394 aa  780    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3095  hypothetical protein  59.79 
 
 		 393 aa  477  1e-133  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  61.58 
 
 		 390 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2927  transport protein  60.45 
 
 		 405 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.799818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  57.45 
 
 		 420 aa  436  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2002  hypothetical protein  55.77 
 
 		 434 aa  385  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0749036  hitchhiker  0.0034214 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2253  putative permease  53.06 
 
 		 389 aa  373  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1381  hypothetical protein  41.44 
 
 		 384 aa  294  2e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1509  hypothetical protein  41.47 
 
 		 399 aa  256  6e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2954  hypothetical protein  36.77 
 
 		 386 aa  254  1.0000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2644  hypothetical protein  41.47 
 
 		 393 aa  241  1e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3888  protein of unknown function UPF0118  34.81 
 
 		 439 aa  197  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3776  protein of unknown function UPF0118  34.81 
 
 		 439 aa  197  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.165443 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  31.58 
 
 		 385 aa  175  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3144  hypothetical protein  31.23 
 
 		 393 aa  164  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0744058  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3116  membrane transporter  32.94 
 
 		 388 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3845  hypothetical protein  32.94 
 
 		 406 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0257  response regulator receiver domain-containing protein  28.45 
 
 		 357 aa  152  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.492639 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1983  protein of unknown function UPF0118  29.23 
 
 		 408 aa  148  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8661  protein of unknown function UPF0118  30.98 
 
 		 386 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2158  hypothetical protein  26.84 
 
 		 387 aa  144  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3520  hypothetical protein  31.59 
 
 		 434 aa  142  9e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365519  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  28.12 
 
 		 359 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02869  transport protein  30.2 
 
 		 338 aa  138  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  27.3 
 
 		 359 aa  135  9e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2995  hypothetical protein  29.92 
 
 		 377 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1194  protein of unknown function UPF0118  27.53 
 
 		 359 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514771  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0246  transport protein  29.16 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.33291  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0263  protein of unknown function UPF0118  32.02 
 
 		 369 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.120153  normal  0.560864 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0216  hypothetical protein  30.86 
 
 		 369 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  27.82 
 
 		 805 aa  124  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001931  putative permease protein  25.98 
 
 		 356 aa  120  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2059  hypothetical protein  27.99 
 
 		 382 aa  119  7e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.295344  normal  0.388769 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  26.46 
 
 		 649 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  25.86 
 
 		 652 aa  117  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  24.23 
 
 		 830 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  26.76 
 
 		 663 aa  117  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2954  hypothetical protein  26.84 
 
 		 444 aa  116  7.999999999999999e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  25.59 
 
 		 652 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  25.15 
 
 		 824 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2214  hypothetical protein  26.52 
 
 		 374 aa  115  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2143  hypothetical protein  30.43 
 
 		 366 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4013  protein of unknown function UPF0118  26.59 
 
 		 389 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00579473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3464  hypothetical protein  26.92 
 
 		 406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384592 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  25.45 
 
 		 644 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  27.1 
 
 		 662 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1998  transporter, putative  26.22 
 
 		 370 aa  110  6e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000649848  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  25.71 
 
 		 606 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5963  protein of unknown function UPF0118  23.01 
 
 		 353 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.97133 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4272  hypothetical protein  27.62 
 
 		 374 aa  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1973  hypothetical protein  25.21 
 
 		 369 aa  103  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0953876  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4370  protein of unknown function UPF0118  27.2 
 
 		 652 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3553  hypothetical protein  23.3 
 
 		 647 aa  103  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0625218 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2482  hypothetical protein  24.87 
 
 		 662 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01555  transport protein  28.4 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2087  hypothetical protein  25.98 
 
 		 353 aa  100  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.257402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0768  hypothetical protein  25.88 
 
 		 343 aa  99  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.011294  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2927  hypothetical protein  23.68 
 
 		 361 aa  99  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2316  hypothetical protein  23.68 
 
 		 361 aa  99  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.582551  hitchhiker  0.00000126508 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0555  hypothetical protein  21.47 
 
 		 380 aa  98.2  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.11052 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1742  putative permease PerM  23.05 
 
 		 354 aa  97.8  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0304  protein of unknown function UPF0118  27.67 
 
 		 650 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.10955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1725  protein of unknown function UPF0118  24.61 
 
 		 680 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2916  hypothetical protein  23.68 
 
 		 348 aa  97.1  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2955  hypothetical protein  23.68 
 
 		 373 aa  97.1  5e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0331656  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2709  hypothetical protein  23.68 
 
 		 361 aa  97.1  5e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000235293  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2916  hypothetical protein  23.68 
 
 		 361 aa  97.1  5e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000469324 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2660  permease  23.68 
 
 		 361 aa  97.1  5e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00181766  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2637  permease  23.68 
 
 		 348 aa  97.1  6e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.386693  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2961  hypothetical protein  23.68 
 
 		 361 aa  96.3  8e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0186622  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  25.56 
 
 		 679 aa  96.3  9e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  25.56 
 
 		 668 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6996  putative permease  26.51 
 
 		 372 aa  95.5  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4144  putative phytochrome sensor protein  24.14 
 
 		 821 aa  94.7  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0677009 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2345  hypothetical protein  27.1 
 
 		 366 aa  95.1  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000997744 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2417  hypothetical protein  27.1 
 
 		 366 aa  95.1  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.798484  hitchhiker  0.00111788 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1651  hypothetical protein  27.1 
 
 		 366 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  25.31 
 
 		 675 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1697  hypothetical protein  26.01 
 
 		 360 aa  94.4  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.588209  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2050  hypothetical protein  24.93 
 
 		 368 aa  94.4  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116574  hitchhiker  0.00000000347502 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002790  permease PerM  24.86 
 
 		 357 aa  94  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2752  permease PerM  25.21 
 
 		 362 aa  93.6  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2688  permease PerM  25.21 
 
 		 355 aa  93.6  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2730  permease PerM  25.21 
 
 		 362 aa  93.2  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3566  hypothetical protein  25.33 
 
 		 657 aa  93.2  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0446712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2640  permease PerM  25.21 
 
 		 355 aa  93.2  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.419277  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2861  permease PerM  25.21 
 
 		 362 aa  93.2  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1488  hypothetical protein  24.31 
 
 		 341 aa  93.2  7e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137756  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3881  hypothetical protein  25.78 
 
 		 349 aa  93.2  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.198688 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3105  hypothetical protein  22.55 
 
 		 374 aa  93.2  8e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2977  hypothetical protein  25.18 
 
 		 353 aa  92.8  9e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.283703 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1792  hypothetical protein  25.28 
 
 		 360 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1785  hypothetical protein  25.28 
 
 		 360 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.539102  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1829  hypothetical protein  25.28 
 
 		 360 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.2453  normal  0.256539 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2493  protein of unknown function UPF0118  25.28 
 
 		 360 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.544644  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0929  hypothetical protein  23.84 
 
 		 405 aa  91.3  2e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3345  hypothetical protein  32.46 
 
 		 432 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2909  hypothetical protein  24.5 
 
 		 372 aa  92  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3310  protein of unknown function UPF0118  29.85 
 
 		 354 aa  92  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2721  hypothetical protein  22.81 
 
 		 361 aa  91.3  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00186421  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>