More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2253 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2253  putative permease  100 
 
 		 389 aa  768    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3095  hypothetical protein  53.35 
 
 		 393 aa  378  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3452  hypothetical protein  52.1 
 
 		 394 aa  380  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  52.09 
 
 		 390 aa  372  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2927  transport protein  48.72 
 
 		 405 aa  363  4e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.799818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  50 
 
 		 420 aa  351  1e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1381  hypothetical protein  46.15 
 
 		 384 aa  330  4e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2002  hypothetical protein  49.27 
 
 		 434 aa  325  1e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0749036  hitchhiker  0.0034214 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2954  hypothetical protein  41.9 
 
 		 386 aa  273  4.0000000000000004e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2644  hypothetical protein  38.98 
 
 		 393 aa  210  3e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1509  hypothetical protein  35.2 
 
 		 399 aa  209  7e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  33.7 
 
 		 385 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3888  protein of unknown function UPF0118  32.78 
 
 		 439 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3776  protein of unknown function UPF0118  32.78 
 
 		 439 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.165443 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3144  hypothetical protein  30.35 
 
 		 393 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0744058  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0257  response regulator receiver domain-containing protein  26.36 
 
 		 357 aa  147  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.492639 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3116  membrane transporter  28.78 
 
 		 388 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3845  hypothetical protein  28.78 
 
 		 406 aa  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  28.16 
 
 		 359 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  30.88 
 
 		 359 aa  139  7e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001931  putative permease protein  29.76 
 
 		 356 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1194  protein of unknown function UPF0118  26.67 
 
 		 359 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514771  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0263  protein of unknown function UPF0118  28.97 
 
 		 369 aa  137  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.120153  normal  0.560864 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5963  protein of unknown function UPF0118  25.36 
 
 		 353 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.97133 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1983  protein of unknown function UPF0118  30.25 
 
 		 408 aa  137  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2995  hypothetical protein  27.59 
 
 		 377 aa  133  6.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0246  transport protein  31.07 
 
 		 369 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.33291  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2158  hypothetical protein  27.84 
 
 		 387 aa  130  6e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3520  hypothetical protein  30.99 
 
 		 434 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365519  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0216  hypothetical protein  31.07 
 
 		 369 aa  127  4.0000000000000003e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02869  transport protein  25.14 
 
 		 338 aa  124  3e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8661  protein of unknown function UPF0118  27.99 
 
 		 386 aa  123  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2059  hypothetical protein  29.53 
 
 		 382 aa  121  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.295344  normal  0.388769 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  28.18 
 
 		 663 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2143  hypothetical protein  27.41 
 
 		 366 aa  116  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  25.71 
 
 		 606 aa  114  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  23.84 
 
 		 652 aa  114  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  23.84 
 
 		 652 aa  114  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  25.07 
 
 		 649 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  25.61 
 
 		 805 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1725  protein of unknown function UPF0118  25.99 
 
 		 680 aa  112  9e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2214  hypothetical protein  27.63 
 
 		 374 aa  112  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1640  transport protein  25.14 
 
 		 336 aa  110  5e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4272  hypothetical protein  28.37 
 
 		 374 aa  110  6e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0304  protein of unknown function UPF0118  28.53 
 
 		 650 aa  109  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.10955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3553  hypothetical protein  25.14 
 
 		 647 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0625218 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3464  hypothetical protein  26.76 
 
 		 406 aa  107  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384592 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0209  protein of unknown function UPF0118  27.25 
 
 		 651 aa  106  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2065  protein of unknown function UPF0118  29.77 
 
 		 358 aa  106  7e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.742659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2954  hypothetical protein  27.55 
 
 		 444 aa  106  7e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3812  hypothetical protein  27.25 
 
 		 651 aa  106  7e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01555  transport protein  32.22 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  25.83 
 
 		 644 aa  105  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6996  putative permease  27.3 
 
 		 372 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1060  hypothetical protein  27.42 
 
 		 645 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6242  hypothetical protein  26.16 
 
 		 659 aa  104  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.253941  normal  0.568466 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1693  putative transport protein  28.65 
 
 		 344 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.31551  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4144  putative phytochrome sensor protein  22.67 
 
 		 821 aa  103  4e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0677009 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1649  putative transport protein  27.57 
 
 		 344 aa  103  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1860  putative transport protein  27.57 
 
 		 344 aa  103  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1590  putative transport protein  27.57 
 
 		 344 aa  103  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  25.96 
 
 		 668 aa  103  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3196  hypothetical protein  25.51 
 
 		 660 aa  102  8e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3145  hypothetical protein  25.51 
 
 		 660 aa  102  8e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.44353  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  25.96 
 
 		 679 aa  103  8e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0555  hypothetical protein  25 
 
 		 380 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.11052 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1581  putative transport protein  27.57 
 
 		 344 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.180816 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2482  hypothetical protein  24.72 
 
 		 662 aa  101  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1910  putative transport protein  27.33 
 
 		 344 aa  102  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  22.91 
 
 		 662 aa  101  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3345  hypothetical protein  30.99 
 
 		 432 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2909  hypothetical protein  24.85 
 
 		 372 aa  100  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1233  membrane transporter  24.73 
 
 		 650 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.375468 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5379  protein of unknown function UPF0118  24.27 
 
 		 650 aa  99.8  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.613329  normal  0.237029 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02299  hypothetical protein  25.66 
 
 		 345 aa  98.6  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.622561  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_2996  hypothetical protein  30.99 
 
 		 414 aa  99  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.229433 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  24.87 
 
 		 647 aa  98.6  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0413  hypothetical protein  24.94 
 
 		 679 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.169508 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2158  protein of unknown function UPF0118  23.44 
 
 		 653 aa  97.8  3e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2927  permease  25.79 
 
 		 365 aa  97.4  4e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.0000000241708  normal  0.258096 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2430  hypothetical protein  30 
 
 		 360 aa  97.1  5e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  27.38 
 
 		 345 aa  96.3  9e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  25 
 
 		 675 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0136  protein of unknown function UPF0118  22.84 
 
 		 387 aa  95.1  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.291617  normal  0.459798 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5287  protein of unknown function UPF0118  26.18 
 
 		 677 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3566  hypothetical protein  23.9 
 
 		 657 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0446712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2517  hypothetical protein  30.54 
 
 		 361 aa  95.1  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1354  permease  24.63 
 
 		 350 aa  94  4e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0123  hypothetical protein  25.15 
 
 		 338 aa  93.6  5e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0266583  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2640  permease PerM  27.43 
 
 		 355 aa  93.6  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.419277  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2752  permease PerM  27.43 
 
 		 362 aa  93.6  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2688  permease PerM  27.43 
 
 		 355 aa  93.6  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2730  permease PerM  27.43 
 
 		 362 aa  93.6  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  23.14 
 
 		 830 aa  93.6  6e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2861  permease PerM  27.43 
 
 		 362 aa  93.6  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2891  hypothetical protein  23.71 
 
 		 394 aa  93.6  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0951393  hitchhiker  0.00000885055 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0719  protein of unknown function UPF0118  28.85 
 
 		 370 aa  93.2  7e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000137163  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2920  hypothetical protein  23.69 
 
 		 368 aa  93.2  7e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2775  PerM family permease  26.84 
 
 		 353 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0215248  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1183  hypothetical protein  26.84 
 
 		 353 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0538168 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>