More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4272 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4272  hypothetical protein  100 
 
 		 374 aa  740    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01555  transport protein  45.97 
 
 		 296 aa  259  6e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0257  response regulator receiver domain-containing protein  37.43 
 
 		 357 aa  244  1.9999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.492639 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0263  protein of unknown function UPF0118  37.04 
 
 		 369 aa  221  9.999999999999999e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.120153  normal  0.560864 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02869  transport protein  34.56 
 
 		 338 aa  213  4.9999999999999996e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001931  putative permease protein  33.63 
 
 		 356 aa  207  3e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2158  hypothetical protein  33.99 
 
 		 387 aa  202  6e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  33.05 
 
 		 385 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0246  transport protein  33.69 
 
 		 369 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.33291  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0216  hypothetical protein  33.69 
 
 		 369 aa  182  6e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3116  membrane transporter  32.74 
 
 		 388 aa  179  7e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3845  hypothetical protein  32.64 
 
 		 406 aa  179  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3144  hypothetical protein  31.78 
 
 		 393 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0744058  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3520  hypothetical protein  31.76 
 
 		 434 aa  166  8e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365519  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2995  hypothetical protein  28.73 
 
 		 377 aa  165  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1983  protein of unknown function UPF0118  31.99 
 
 		 408 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2143  hypothetical protein  30.45 
 
 		 366 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8661  protein of unknown function UPF0118  29.66 
 
 		 386 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5963  protein of unknown function UPF0118  30.14 
 
 		 353 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.97133 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2253  putative permease  28.37 
 
 		 389 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2214  hypothetical protein  26.93 
 
 		 374 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2059  hypothetical protein  27.54 
 
 		 382 aa  130  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.295344  normal  0.388769 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3452  hypothetical protein  27.37 
 
 		 394 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3105  hypothetical protein  30.37 
 
 		 374 aa  129  7.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3464  hypothetical protein  25.74 
 
 		 406 aa  129  8.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384592 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  26.26 
 
 		 390 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  26.55 
 
 		 420 aa  123  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4026  hypothetical protein  28.45 
 
 		 374 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.23322 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  28.33 
 
 		 359 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1381  hypothetical protein  28.36 
 
 		 384 aa  120  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2954  hypothetical protein  25.46 
 
 		 444 aa  120  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1390  hypothetical protein  28.45 
 
 		 368 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  28.12 
 
 		 647 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  28.69 
 
 		 359 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1370  hypothetical protein  26.89 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.635669 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1194  protein of unknown function UPF0118  28.41 
 
 		 359 aa  115  8.999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514771  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3095  hypothetical protein  26.94 
 
 		 393 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6996  putative permease  24.55 
 
 		 372 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1233  membrane transporter  28.22 
 
 		 650 aa  113  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.375468 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2386  hypothetical protein  25.82 
 
 		 368 aa  113  6e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0461614  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1260  hypothetical protein  26.92 
 
 		 366 aa  112  9e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1485  hypothetical protein  26.59 
 
 		 368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00467252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1550  hypothetical protein  26.59 
 
 		 368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0232271  normal  0.172747 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2891  hypothetical protein  25.59 
 
 		 394 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0951393  hitchhiker  0.00000885055 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2002  hypothetical protein  26.18 
 
 		 434 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0749036  hitchhiker  0.0034214 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2681  hypothetical protein  25.33 
 
 		 369 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.185142  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1685  protein of unknown function UPF0118  25.33 
 
 		 369 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0357703  normal  0.026776 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  25.33 
 
 		 369 aa  110  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2702  hypothetical protein  25.33 
 
 		 369 aa  110  5e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00759105  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1544  hypothetical protein  26.65 
 
 		 368 aa  110  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173707  normal  0.127911 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0992  protein of unknown function UPF0118  25.51 
 
 		 396 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.537691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0864  protein of unknown function UPF0118  25.37 
 
 		 388 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.407336  normal  0.786267 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  27.92 
 
 		 663 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2920  hypothetical protein  25.48 
 
 		 368 aa  108  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1324  hypothetical protein  25.62 
 
 		 408 aa  107  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0575147  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1665  hypothetical protein  25 
 
 		 382 aa  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108955  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  34.31 
 
 		 345 aa  107  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5379  protein of unknown function UPF0118  27.42 
 
 		 650 aa  107  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.613329  normal  0.237029 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4702  protein of unknown function UPF0118  23.82 
 
 		 371 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.605317  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2927  transport protein  26.51 
 
 		 405 aa  106  6e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.799818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  27.12 
 
 		 679 aa  106  7e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  27.12 
 
 		 668 aa  106  8e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2644  hypothetical protein  25.67 
 
 		 393 aa  105  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2360  hypothetical protein  26.42 
 
 		 406 aa  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1700  hypothetical protein  25.36 
 
 		 359 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.23154  normal  0.0296077 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  25.63 
 
 		 675 aa  103  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2954  hypothetical protein  27.56 
 
 		 386 aa  103  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1490  hypothetical protein  25.57 
 
 		 358 aa  102  8e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00480126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  24.33 
 
 		 404 aa  102  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2158  protein of unknown function UPF0118  27.76 
 
 		 653 aa  101  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  26.14 
 
 		 644 aa  99.8  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  27.37 
 
 		 652 aa  100  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2909  hypothetical protein  24.51 
 
 		 372 aa  99.4  9e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  27.37 
 
 		 652 aa  99  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  26.11 
 
 		 649 aa  99  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2140  hypothetical protein  27.98 
 
 		 700 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.425167  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  24.93 
 
 		 805 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2482  hypothetical protein  27.91 
 
 		 662 aa  97.8  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2398  hypothetical protein  24.92 
 
 		 389 aa  97.8  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.17382  normal  0.699282 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2070  hypothetical protein  31.82 
 
 		 348 aa  97.8  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1669  putative transport protein  27.05 
 
 		 352 aa  96.7  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1709  putative transport protein  27.05 
 
 		 352 aa  96.7  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0814358  hitchhiker  0.000224346 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1561  putative transport protein  27.05 
 
 		 352 aa  96.7  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421411  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  26.02 
 
 		 606 aa  97.1  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1694  hypothetical protein  33.85 
 
 		 360 aa  96.7  6e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.258631  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4013  protein of unknown function UPF0118  24.26 
 
 		 389 aa  95.9  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00579473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1693  putative transport protein  26.92 
 
 		 344 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.31551  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1354  permease  24.77 
 
 		 350 aa  95.9  1e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1910  putative transport protein  28.11 
 
 		 344 aa  95.1  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1649  putative transport protein  26.92 
 
 		 344 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1590  putative transport protein  26.92 
 
 		 344 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  27 
 
 		 662 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1860  putative transport protein  26.92 
 
 		 344 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5287  protein of unknown function UPF0118  24.93 
 
 		 677 aa  94.4  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1581  putative transport protein  26.63 
 
 		 344 aa  94  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.180816 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3314  hypothetical protein  36.96 
 
 		 353 aa  93.6  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1324  membrane transporter  25.94 
 
 		 680 aa  92.8  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.542629  normal  0.0320057 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4175  hypothetical protein  44.27 
 
 		 339 aa  92.8  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0228535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1704  hypothetical protein  29.28 
 
 		 650 aa  92  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.61682 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1134  hypothetical protein  36.91 
 
 		 361 aa  92.4  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.504348  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>