More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2954 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2954  hypothetical protein  100 
 
 		 444 aa  873    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2214  hypothetical protein  39.52 
 
 		 374 aa  239  5.999999999999999e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3144  hypothetical protein  34.64 
 
 		 393 aa  237  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0744058  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3845  hypothetical protein  36.53 
 
 		 406 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3116  membrane transporter  36.53 
 
 		 388 aa  230  4e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  33.16 
 
 		 385 aa  226  8e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2059  hypothetical protein  36.13 
 
 		 382 aa  216  7e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.295344  normal  0.388769 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5963  protein of unknown function UPF0118  34.3 
 
 		 353 aa  205  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.97133 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3520  hypothetical protein  34.74 
 
 		 434 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365519  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2158  hypothetical protein  29.55 
 
 		 387 aa  188  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1983  protein of unknown function UPF0118  31.38 
 
 		 408 aa  160  4e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8661  protein of unknown function UPF0118  33.82 
 
 		 386 aa  156  6e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2995  hypothetical protein  28.27 
 
 		 377 aa  155  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  28.76 
 
 		 420 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6996  putative permease  30.13 
 
 		 372 aa  133  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0257  response regulator receiver domain-containing protein  26.59 
 
 		 357 aa  133  7.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.492639 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3105  hypothetical protein  27.34 
 
 		 374 aa  132  7.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3452  hypothetical protein  27.37 
 
 		 394 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001931  putative permease protein  25.78 
 
 		 356 aa  131  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2253  putative permease  28.08 
 
 		 389 aa  130  7.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4702  protein of unknown function UPF0118  31.62 
 
 		 371 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.605317  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1260  hypothetical protein  27.81 
 
 		 366 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3095  hypothetical protein  27.73 
 
 		 393 aa  127  3e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1390  hypothetical protein  27.05 
 
 		 368 aa  126  9e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3464  hypothetical protein  24.52 
 
 		 406 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384592 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1370  hypothetical protein  28.54 
 
 		 367 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.635669 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  26.87 
 
 		 390 aa  123  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4026  hypothetical protein  28.13 
 
 		 374 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.23322 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0263  protein of unknown function UPF0118  26.3 
 
 		 369 aa  120  4.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.120153  normal  0.560864 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2927  transport protein  33.63 
 
 		 405 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.799818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  26.85 
 
 		 668 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  26.85 
 
 		 679 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0304  protein of unknown function UPF0118  27.66 
 
 		 650 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.10955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  25.19 
 
 		 359 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1725  protein of unknown function UPF0118  29.18 
 
 		 680 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1194  protein of unknown function UPF0118  25 
 
 		 359 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514771  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0413  hypothetical protein  26.93 
 
 		 679 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.169508 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01555  transport protein  29.32 
 
 		 296 aa  112  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1233  membrane transporter  25.36 
 
 		 650 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.375468 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02869  transport protein  24.17 
 
 		 338 aa  111  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4272  hypothetical protein  25.75 
 
 		 374 aa  111  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  24.11 
 
 		 359 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  26.03 
 
 		 649 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  27.44 
 
 		 652 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  27.44 
 
 		 652 aa  109  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3553  hypothetical protein  28.18 
 
 		 647 aa  109  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0625218 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2158  protein of unknown function UPF0118  26.07 
 
 		 653 aa  108  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2482  hypothetical protein  26.97 
 
 		 662 aa  108  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3566  hypothetical protein  26.77 
 
 		 657 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0446712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  25.86 
 
 		 675 aa  107  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0992  protein of unknown function UPF0118  27.25 
 
 		 396 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.537691  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  26.81 
 
 		 662 aa  107  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2143  hypothetical protein  25.27 
 
 		 366 aa  106  9e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  26.12 
 
 		 606 aa  105  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0864  protein of unknown function UPF0118  26.72 
 
 		 388 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.407336  normal  0.786267 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5379  protein of unknown function UPF0118  25.29 
 
 		 650 aa  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.613329  normal  0.237029 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  25.63 
 
 		 647 aa  103  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4370  protein of unknown function UPF0118  26.4 
 
 		 652 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6242  hypothetical protein  25.68 
 
 		 659 aa  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.253941  normal  0.568466 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2002  hypothetical protein  23.92 
 
 		 434 aa  101  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0749036  hitchhiker  0.0034214 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1324  hypothetical protein  30 
 
 		 408 aa  100  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0575147  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3196  hypothetical protein  27.06 
 
 		 660 aa  100  7e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3145  hypothetical protein  27.06 
 
 		 660 aa  100  7e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.44353  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1381  hypothetical protein  25.34 
 
 		 384 aa  99.8  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2140  hypothetical protein  25.86 
 
 		 700 aa  98.2  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.425167  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0484  hypothetical protein  31.61 
 
 		 406 aa  98.2  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0209  protein of unknown function UPF0118  26.35 
 
 		 651 aa  97.4  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3314  hypothetical protein  30.17 
 
 		 353 aa  97.4  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0246  transport protein  24.3 
 
 		 369 aa  97.1  6e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.33291  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3812  hypothetical protein  25.93 
 
 		 651 aa  97.1  6e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5287  protein of unknown function UPF0118  27.45 
 
 		 677 aa  97.1  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  30.59 
 
 		 345 aa  96.7  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2910  hypothetical protein  26.27 
 
 		 660 aa  95.1  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381639  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  26.18 
 
 		 644 aa  94.4  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  24.56 
 
 		 663 aa  94.7  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0216  hypothetical protein  24.3 
 
 		 369 aa  94.4  4e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3888  protein of unknown function UPF0118  26.72 
 
 		 439 aa  92.8  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3776  protein of unknown function UPF0118  26.72 
 
 		 439 aa  92.8  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.165443 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1060  hypothetical protein  25.51 
 
 		 645 aa  92  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2909  hypothetical protein  28.46 
 
 		 372 aa  90.9  4e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4116  protein of unknown function UPF0118  23.79 
 
 		 360 aa  88.6  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.614918  normal  0.119486 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1324  membrane transporter  26.54 
 
 		 680 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.542629  normal  0.0320057 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2954  hypothetical protein  29.05 
 
 		 386 aa  87.4  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  25.4 
 
 		 805 aa  87.4  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  24.25 
 
 		 830 aa  84.3  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4144  putative phytochrome sensor protein  24.28 
 
 		 821 aa  84.7  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0677009 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  24.87 
 
 		 824 aa  84.3  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1669  putative transport protein  28.64 
 
 		 352 aa  84  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1709  putative transport protein  28.64 
 
 		 352 aa  84  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0814358  hitchhiker  0.000224346 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1561  putative transport protein  28.64 
 
 		 352 aa  84  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421411  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  30.42 
 
 		 369 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0136  protein of unknown function UPF0118  24.8 
 
 		 387 aa  83.2  0.000000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.291617  normal  0.459798 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1700  hypothetical protein  29.46 
 
 		 359 aa  83.2  0.000000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.23154  normal  0.0296077 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1509  hypothetical protein  23.96 
 
 		 399 aa  82.4  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4175  hypothetical protein  33.96 
 
 		 339 aa  82.4  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0228535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0555  hypothetical protein  24.89 
 
 		 380 aa  82.4  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.11052 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2891  hypothetical protein  30.28 
 
 		 394 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0951393  hitchhiker  0.00000885055 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2065  protein of unknown function UPF0118  22.48 
 
 		 358 aa  82  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.742659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1866  hypothetical protein  24.68 
 
 		 689 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2702  hypothetical protein  31.09 
 
 		 369 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00759105  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>