More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4175 on replicon NC_009959
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009959  Dshi_4175  hypothetical protein  100 
 
 		 339 aa  642    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0228535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3105  hypothetical protein  35.76 
 
 		 374 aa  152  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2158  hypothetical protein  34.33 
 
 		 387 aa  130  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  32.14 
 
 		 385 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0257  response regulator receiver domain-containing protein  28.82 
 
 		 357 aa  119  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.492639 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3144  hypothetical protein  29.61 
 
 		 393 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0744058  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0263  protein of unknown function UPF0118  31.25 
 
 		 369 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.120153  normal  0.560864 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3464  hypothetical protein  29.97 
 
 		 406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384592 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6996  putative permease  29.25 
 
 		 372 aa  112  9e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4026  hypothetical protein  29.56 
 
 		 374 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.23322 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001931  putative permease protein  28.39 
 
 		 356 aa  107  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2995  hypothetical protein  26.83 
 
 		 377 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1390  hypothetical protein  28.7 
 
 		 368 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0484  hypothetical protein  29.52 
 
 		 406 aa  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4272  hypothetical protein  31.08 
 
 		 374 aa  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0992  protein of unknown function UPF0118  30.28 
 
 		 396 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.537691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02869  transport protein  29.27 
 
 		 338 aa  103  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1260  hypothetical protein  29.69 
 
 		 366 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5963  protein of unknown function UPF0118  28.75 
 
 		 353 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.97133 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3116  membrane transporter  28.48 
 
 		 388 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3845  hypothetical protein  28.48 
 
 		 406 aa  100  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  32.14 
 
 		 359 aa  99.8  7e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1370  hypothetical protein  28.98 
 
 		 367 aa  99.4  8e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.635669 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1324  hypothetical protein  34.19 
 
 		 408 aa  98.2  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0575147  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  32.14 
 
 		 359 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0864  protein of unknown function UPF0118  30.1 
 
 		 388 aa  97.4  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.407336  normal  0.786267 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1194  protein of unknown function UPF0118  31.55 
 
 		 359 aa  96.3  7e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514771  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3520  hypothetical protein  30.19 
 
 		 434 aa  94.4  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365519  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2059  hypothetical protein  28.44 
 
 		 382 aa  94.4  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.295344  normal  0.388769 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01555  transport protein  31.84 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4702  protein of unknown function UPF0118  29.17 
 
 		 371 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.605317  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1381  hypothetical protein  23.8 
 
 		 384 aa  90.9  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  27.22 
 
 		 662 aa  89.7  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1983  protein of unknown function UPF0118  31.82 
 
 		 408 aa  89  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3452  hypothetical protein  25.45 
 
 		 394 aa  88.6  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8661  protein of unknown function UPF0118  30.84 
 
 		 386 aa  86.7  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  25.07 
 
 		 390 aa  86.7  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1700  hypothetical protein  27.19 
 
 		 359 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.23154  normal  0.0296077 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2891  hypothetical protein  25.98 
 
 		 394 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0951393  hitchhiker  0.00000885055 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  26.35 
 
 		 420 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0336  hypothetical protein  36.23 
 
 		 376 aa  85.1  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.115948 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2143  hypothetical protein  34.64 
 
 		 366 aa  84  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1581  putative transport protein  27.22 
 
 		 344 aa  83.2  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.180816 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  26.87 
 
 		 663 aa  82.8  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2681  hypothetical protein  23.4 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.185142  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  23.4 
 
 		 369 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1860  putative transport protein  26.9 
 
 		 344 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2702  hypothetical protein  23.4 
 
 		 369 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00759105  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1685  protein of unknown function UPF0118  23.4 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0357703  normal  0.026776 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0246  transport protein  28.48 
 
 		 369 aa  81.3  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.33291  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1649  putative transport protein  26.9 
 
 		 344 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1693  putative transport protein  26.9 
 
 		 344 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.31551  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2927  transport protein  24.4 
 
 		 405 aa  81.6  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.799818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1590  putative transport protein  26.9 
 
 		 344 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2214  hypothetical protein  26.87 
 
 		 374 aa  80.9  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1490  hypothetical protein  24.14 
 
 		 358 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00480126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2065  protein of unknown function UPF0118  26.36 
 
 		 358 aa  80.5  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.742659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2360  hypothetical protein  25.08 
 
 		 406 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0492  hypothetical protein  30.21 
 
 		 374 aa  79.7  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2920  hypothetical protein  23.4 
 
 		 368 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2253  putative permease  26.77 
 
 		 389 aa  79.3  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  27.4 
 
 		 830 aa  79  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2954  hypothetical protein  37.91 
 
 		 444 aa  79  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  27.4 
 
 		 824 aa  79  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2311  hypothetical protein  21.34 
 
 		 354 aa  78.2  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1509  hypothetical protein  27.61 
 
 		 399 aa  77.8  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1544  hypothetical protein  23.08 
 
 		 368 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173707  normal  0.127911 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1669  putative transport protein  25.08 
 
 		 352 aa  77  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1561  putative transport protein  25.08 
 
 		 352 aa  77  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421411  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  23.92 
 
 		 345 aa  77  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2482  hypothetical protein  26.59 
 
 		 662 aa  77  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1709  putative transport protein  25.08 
 
 		 352 aa  77  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0814358  hitchhiker  0.000224346 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1233  membrane transporter  26.69 
 
 		 650 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.375468 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1485  hypothetical protein  23.08 
 
 		 368 aa  77  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00467252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1550  hypothetical protein  23.08 
 
 		 368 aa  77  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0232271  normal  0.172747 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  22.08 
 
 		 404 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0216  hypothetical protein  28.48 
 
 		 369 aa  77  0.0000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  27.62 
 
 		 606 aa  77  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1324  membrane transporter  25.65 
 
 		 680 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.542629  normal  0.0320057 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2386  hypothetical protein  22.76 
 
 		 368 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0461614  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2158  protein of unknown function UPF0118  26.27 
 
 		 653 aa  76.3  0.0000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1665  hypothetical protein  23.42 
 
 		 382 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108955  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2398  hypothetical protein  24.92 
 
 		 389 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.17382  normal  0.699282 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1910  putative transport protein  26.96 
 
 		 344 aa  74.3  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2311  putative transport protein  25.81 
 
 		 344 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1675  putative transport protein  25.81 
 
 		 344 aa  74.3  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2954  hypothetical protein  23.77 
 
 		 386 aa  74.3  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01570  predicted inner membrane protein  25.81 
 
 		 344 aa  73.6  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2042  protein of unknown function UPF0118  25.81 
 
 		 344 aa  73.6  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.230614  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2111  hypothetical protein  26.76 
 
 		 363 aa  73.6  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1787  putative transport protein  25.81 
 
 		 344 aa  73.6  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.619529  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01560  hypothetical protein  25.81 
 
 		 344 aa  73.6  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2029  putative transport protein  25.81 
 
 		 344 aa  73.6  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.854402  normal  0.642454 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1808  putative transport protein  25.81 
 
 		 344 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.791182  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0555  hypothetical protein  24.86 
 
 		 380 aa  73.2  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.11052 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4370  protein of unknown function UPF0118  25.22 
 
 		 652 aa  73.2  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1598  putative transport protein  25.81 
 
 		 344 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5287  protein of unknown function UPF0118  25.71 
 
 		 677 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1889  putative transport protein  25 
 
 		 350 aa  72.4  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000651778 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5379  protein of unknown function UPF0118  26.02 
 
 		 650 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.613329  normal  0.237029 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>