More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4370 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2482  hypothetical protein  53.75 
 
 		 662 aa  645    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4370  protein of unknown function UPF0118  100 
 
 		 652 aa  1300    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1866  hypothetical protein  67.86 
 
 		 689 aa  782    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2910  hypothetical protein  54.13 
 
 		 660 aa  630  1e-179  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381639  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1060  hypothetical protein  51.16 
 
 		 645 aa  568  1e-160  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0304  protein of unknown function UPF0118  49.52 
 
 		 650 aa  567  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.10955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3566  hypothetical protein  50.84 
 
 		 657 aa  554  1e-156  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0446712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  49.92 
 
 		 649 aa  551  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  49.92 
 
 		 652 aa  546  1e-154  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  49.76 
 
 		 652 aa  545  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6242  hypothetical protein  46.58 
 
 		 659 aa  542  1e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.253941  normal  0.568466 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2158  protein of unknown function UPF0118  47.89 
 
 		 653 aa  543  1e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1725  protein of unknown function UPF0118  47.57 
 
 		 680 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3812  hypothetical protein  48.58 
 
 		 651 aa  537  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0209  protein of unknown function UPF0118  48.74 
 
 		 651 aa  538  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0413  hypothetical protein  48.96 
 
 		 679 aa  530  1e-149  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.169508 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  51.2 
 
 		 606 aa  529  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  45.92 
 
 		 679 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  46.45 
 
 		 675 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  45.92 
 
 		 668 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3553  hypothetical protein  47.66 
 
 		 647 aa  509  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0625218 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3145  hypothetical protein  43.19 
 
 		 660 aa  486  1e-136  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.44353  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3196  hypothetical protein  43.19 
 
 		 660 aa  486  1e-136  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5287  protein of unknown function UPF0118  44.39 
 
 		 677 aa  474  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  41.57 
 
 		 805 aa  465  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1324  membrane transporter  42.16 
 
 		 680 aa  464  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.542629  normal  0.0320057 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2140  hypothetical protein  45 
 
 		 700 aa  449  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.425167  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  41.08 
 
 		 663 aa  448  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  40.71 
 
 		 644 aa  436  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  40.16 
 
 		 647 aa  428  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1233  membrane transporter  39.81 
 
 		 650 aa  422  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.375468 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  40.22 
 
 		 662 aa  422  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5379  protein of unknown function UPF0118  39.77 
 
 		 650 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.613329  normal  0.237029 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1704  hypothetical protein  40.65 
 
 		 650 aa  383  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.61682 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4144  putative GAF sensor protein  36.28 
 
 		 801 aa  384  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  38.31 
 
 		 830 aa  380  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  38.21 
 
 		 824 aa  380  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3882  putative GAF sensor protein  36.69 
 
 		 782 aa  379  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4144  putative phytochrome sensor protein  39.02 
 
 		 821 aa  358  9.999999999999999e-98  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0677009 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3382  putative phytochrome sensor protein  33.65 
 
 		 879 aa  253  6e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164288 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  27.82 
 
 		 385 aa  133  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6996  putative permease  28.61 
 
 		 372 aa  123  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  27.69 
 
 		 420 aa  120  7e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  27.55 
 
 		 359 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3144  hypothetical protein  27.11 
 
 		 393 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0744058  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3095  hypothetical protein  27.53 
 
 		 393 aa  113  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1194  protein of unknown function UPF0118  27.07 
 
 		 359 aa  112  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514771  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1390  hypothetical protein  28.13 
 
 		 368 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3452  hypothetical protein  27.2 
 
 		 394 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  28.61 
 
 		 390 aa  110  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  27.42 
 
 		 359 aa  110  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2891  hypothetical protein  24.32 
 
 		 394 aa  108  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0951393  hitchhiker  0.00000885055 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001931  putative permease protein  25.86 
 
 		 356 aa  107  6e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2143  hypothetical protein  29.53 
 
 		 366 aa  106  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1370  hypothetical protein  26.54 
 
 		 367 aa  105  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.635669 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3520  hypothetical protein  26.27 
 
 		 434 aa  105  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365519  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3105  hypothetical protein  27.73 
 
 		 374 aa  104  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1665  hypothetical protein  23.68 
 
 		 382 aa  104  5e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108955  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  26.46 
 
 		 345 aa  103  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4026  hypothetical protein  25.98 
 
 		 374 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.23322 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1700  hypothetical protein  25 
 
 		 359 aa  101  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.23154  normal  0.0296077 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2430  hypothetical protein  26.61 
 
 		 360 aa  100  9e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2920  hypothetical protein  25 
 
 		 368 aa  99.8  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3845  hypothetical protein  25.98 
 
 		 406 aa  100  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1485  hypothetical protein  25.27 
 
 		 368 aa  100  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00467252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1550  hypothetical protein  25.27 
 
 		 368 aa  100  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0232271  normal  0.172747 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1544  hypothetical protein  25 
 
 		 368 aa  99.8  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173707  normal  0.127911 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2158  hypothetical protein  29.23 
 
 		 387 aa  99.8  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2065  protein of unknown function UPF0118  25.49 
 
 		 358 aa  99  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.742659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3116  membrane transporter  25.98 
 
 		 388 aa  99.8  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0719  protein of unknown function UPF0118  28.03 
 
 		 370 aa  99.4  2e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000137163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2253  putative permease  24.13 
 
 		 389 aa  98.6  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3090  putative transport protein  28.86 
 
 		 350 aa  98.6  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2909  hypothetical protein  25.29 
 
 		 372 aa  98.6  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2386  hypothetical protein  24.47 
 
 		 368 aa  97.4  7e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0461614  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4702  protein of unknown function UPF0118  25.74 
 
 		 371 aa  97.4  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.605317  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1685  protein of unknown function UPF0118  25.49 
 
 		 369 aa  95.9  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0357703  normal  0.026776 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  25.49 
 
 		 369 aa  95.9  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4059  protein of unknown function UPF0118  24.15 
 
 		 409 aa  96.3  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.793351  normal  0.664479 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2702  hypothetical protein  25.49 
 
 		 369 aa  95.5  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00759105  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2681  hypothetical protein  25.49 
 
 		 369 aa  95.9  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.185142  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5963  protein of unknown function UPF0118  25.99 
 
 		 353 aa  95.5  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.97133 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4013  protein of unknown function UPF0118  25.5 
 
 		 389 aa  95.1  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00579473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2398  hypothetical protein  24.66 
 
 		 389 aa  94.4  7e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.17382  normal  0.699282 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3464  hypothetical protein  25.35 
 
 		 406 aa  94  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384592 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2644  hypothetical protein  26.39 
 
 		 393 aa  93.2  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1490  hypothetical protein  23.6 
 
 		 358 aa  92.4  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00480126  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2311  hypothetical protein  24.76 
 
 		 354 aa  92  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1889  putative transport protein  26.6 
 
 		 350 aa  91.7  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000651778 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2927  transport protein  25.74 
 
 		 405 aa  91.3  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.799818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3881  hypothetical protein  26.22 
 
 		 349 aa  90.9  6e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.198688 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1381  hypothetical protein  27.65 
 
 		 384 aa  90.9  7e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0663  protein of unknown function UPF0118  23.89 
 
 		 373 aa  90.9  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.177633 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3832  protein of unknown function UPF0118  24.71 
 
 		 372 aa  89.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2360  hypothetical protein  23.92 
 
 		 406 aa  90.1  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  23.08 
 
 		 404 aa  90.1  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1134  hypothetical protein  29.34 
 
 		 361 aa  90.1  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.504348  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1640  transport protein  24.45 
 
 		 336 aa  89  2e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2954  hypothetical protein  24.57 
 
 		 444 aa  89.4  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2002  hypothetical protein  25.42 
 
 		 434 aa  88.6  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0749036  hitchhiker  0.0034214 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>