More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1866 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2482  hypothetical protein  56.2 
 
 		 662 aa  656    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1866  hypothetical protein  100 
 
 		 689 aa  1364    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2910  hypothetical protein  57.74 
 
 		 660 aa  659    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381639  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4370  protein of unknown function UPF0118  66.77 
 
 		 652 aa  821    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0304  protein of unknown function UPF0118  49.68 
 
 		 650 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.10955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3566  hypothetical protein  50.31 
 
 		 657 aa  559  1e-158  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0446712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1060  hypothetical protein  50.25 
 
 		 645 aa  558  1e-157  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2158  protein of unknown function UPF0118  46.49 
 
 		 653 aa  535  1e-151  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  48.58 
 
 		 652 aa  536  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6242  hypothetical protein  46.55 
 
 		 659 aa  534  1e-150  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.253941  normal  0.568466 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  48.58 
 
 		 652 aa  535  1e-150  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1725  protein of unknown function UPF0118  48.66 
 
 		 680 aa  530  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3812  hypothetical protein  49.05 
 
 		 651 aa  529  1e-149  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  48.27 
 
 		 649 aa  531  1e-149  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0209  protein of unknown function UPF0118  48.67 
 
 		 651 aa  528  1e-148  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0413  hypothetical protein  48.41 
 
 		 679 aa  523  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.169508 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3553  hypothetical protein  49.12 
 
 		 647 aa  519  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0625218 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  49.4 
 
 		 606 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  44.44 
 
 		 679 aa  497  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  44.44 
 
 		 668 aa  496  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  44.96 
 
 		 805 aa  491  1e-137  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  45.19 
 
 		 675 aa  490  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3196  hypothetical protein  44.22 
 
 		 660 aa  488  1e-136  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3145  hypothetical protein  44.22 
 
 		 660 aa  488  1e-136  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.44353  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5287  protein of unknown function UPF0118  43.15 
 
 		 677 aa  475  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1324  membrane transporter  43.18 
 
 		 680 aa  472  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.542629  normal  0.0320057 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2140  hypothetical protein  46.84 
 
 		 700 aa  458  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.425167  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  44.03 
 
 		 663 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  42.36 
 
 		 644 aa  448  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  41.97 
 
 		 647 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1233  membrane transporter  40.44 
 
 		 650 aa  423  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.375468 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5379  protein of unknown function UPF0118  40.13 
 
 		 650 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.613329  normal  0.237029 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  40.68 
 
 		 662 aa  419  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1704  hypothetical protein  40.32 
 
 		 650 aa  393  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.61682 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4144  putative GAF sensor protein  37.56 
 
 		 801 aa  382  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3882  putative GAF sensor protein  37.4 
 
 		 782 aa  384  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  38.11 
 
 		 830 aa  377  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  37.64 
 
 		 824 aa  372  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4144  putative phytochrome sensor protein  38.38 
 
 		 821 aa  361  3e-98  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0677009 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3382  putative phytochrome sensor protein  40.17 
 
 		 879 aa  253  8.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164288 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  27.99 
 
 		 385 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  30.35 
 
 		 359 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3144  hypothetical protein  29.41 
 
 		 393 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0744058  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  28.65 
 
 		 420 aa  120  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1194  protein of unknown function UPF0118  29.81 
 
 		 359 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.514771  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3520  hypothetical protein  30.68 
 
 		 434 aa  119  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365519  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  29.48 
 
 		 359 aa  117  8.999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1665  hypothetical protein  25.54 
 
 		 382 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108955  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  29.91 
 
 		 345 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6996  putative permease  29.53 
 
 		 372 aa  112  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2891  hypothetical protein  25.68 
 
 		 394 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0951393  hitchhiker  0.00000885055 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3095  hypothetical protein  29.12 
 
 		 393 aa  110  6e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2253  putative permease  27.12 
 
 		 389 aa  108  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3452  hypothetical protein  28.49 
 
 		 394 aa  109  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5963  protein of unknown function UPF0118  28.3 
 
 		 353 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.97133 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4013  protein of unknown function UPF0118  28.79 
 
 		 389 aa  105  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00579473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  28.89 
 
 		 390 aa  104  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3845  hypothetical protein  25.56 
 
 		 406 aa  104  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3116  membrane transporter  25.56 
 
 		 388 aa  104  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2158  hypothetical protein  30.22 
 
 		 387 aa  104  6e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1700  hypothetical protein  27.15 
 
 		 359 aa  103  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.23154  normal  0.0296077 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3105  hypothetical protein  29.65 
 
 		 374 aa  102  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1490  hypothetical protein  26.18 
 
 		 358 aa  100  7e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00480126  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2920  hypothetical protein  24.87 
 
 		 368 aa  99.4  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2909  hypothetical protein  27.01 
 
 		 372 aa  99.8  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  22.74 
 
 		 404 aa  99  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1485  hypothetical protein  25.13 
 
 		 368 aa  99  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00467252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1550  hypothetical protein  25.13 
 
 		 368 aa  99  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0232271  normal  0.172747 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0719  protein of unknown function UPF0118  26.72 
 
 		 370 aa  98.2  4e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000137163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1544  hypothetical protein  24.87 
 
 		 368 aa  98.6  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173707  normal  0.127911 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3464  hypothetical protein  27.91 
 
 		 406 aa  97.8  5e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384592 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2430  hypothetical protein  25.85 
 
 		 360 aa  97.8  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  25.91 
 
 		 369 aa  97.4  7e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2702  hypothetical protein  25.91 
 
 		 369 aa  97.4  7e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00759105  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2681  hypothetical protein  25.91 
 
 		 369 aa  97.4  8e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.185142  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1685  protein of unknown function UPF0118  25.91 
 
 		 369 aa  97.4  8e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0357703  normal  0.026776 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2386  hypothetical protein  24.6 
 
 		 368 aa  97.1  9e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0461614  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2927  transport protein  27.89 
 
 		 405 aa  97.1  9e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.799818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2360  hypothetical protein  24.74 
 
 		 406 aa  96.7  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3881  hypothetical protein  25.59 
 
 		 349 aa  97.1  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.198688 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001931  putative permease protein  25.91 
 
 		 356 aa  94.4  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4059  protein of unknown function UPF0118  25.28 
 
 		 409 aa  94  8e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.793351  normal  0.664479 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0663  protein of unknown function UPF0118  24.25 
 
 		 373 aa  92.4  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.177633 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02299  hypothetical protein  25.45 
 
 		 345 aa  92.4  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.622561  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1889  putative transport protein  28.33 
 
 		 350 aa  92  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000651778 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2002  hypothetical protein  25.28 
 
 		 434 aa  92  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0749036  hitchhiker  0.0034214 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1381  hypothetical protein  27.52 
 
 		 384 aa  91.7  5e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3851  inner membrane protein YhhT  26.47 
 
 		 349 aa  91.3  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2398  hypothetical protein  25.14 
 
 		 389 aa  91.7  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.17382  normal  0.699282 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1669  putative transport protein  25.72 
 
 		 352 aa  91.3  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1561  putative transport protein  25.72 
 
 		 352 aa  91.3  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421411  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1709  putative transport protein  25.72 
 
 		 352 aa  91.3  6e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0814358  hitchhiker  0.000224346 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3090  putative transport protein  27.94 
 
 		 350 aa  90.9  7e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2644  hypothetical protein  26.53 
 
 		 393 aa  90.1  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1390  hypothetical protein  25.92 
 
 		 368 aa  90.5  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2143  hypothetical protein  27.35 
 
 		 366 aa  90.1  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4026  hypothetical protein  25.55 
 
 		 374 aa  89.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.23322 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0263  protein of unknown function UPF0118  29.09 
 
 		 369 aa  89.4  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.120153  normal  0.560864 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2065  protein of unknown function UPF0118  26.32 
 
 		 358 aa  89  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.742659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3314  hypothetical protein  25.84 
 
 		 353 aa  89  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>