More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3310 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3310  protein of unknown function UPF0118  100 
 
 		 354 aa  703    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0663  protein of unknown function UPF0118  67.82 
 
 		 373 aa  496  1e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.177633 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0136  protein of unknown function UPF0118  45.03 
 
 		 387 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.291617  normal  0.459798 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2927  permease  43.47 
 
 		 365 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.0000000241708  normal  0.258096 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4116  protein of unknown function UPF0118  47.34 
 
 		 360 aa  271  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.614918  normal  0.119486 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2317  protein of unknown function UPF0118  35.69 
 
 		 377 aa  228  9e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.255461 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2957  hypothetical protein  38.97 
 
 		 366 aa  221  1.9999999999999999e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1233  protein of unknown function UPF0118  39.04 
 
 		 370 aa  211  2e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0667714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4013  protein of unknown function UPF0118  35.42 
 
 		 389 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00579473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3362  protein of unknown function UPF0118  33.54 
 
 		 367 aa  179  5.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0425381  normal  0.231326 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6357  protein of unknown function UPF0118  30.67 
 
 		 363 aa  172  6.999999999999999e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2697  transport protein  30.75 
 
 		 371 aa  169  7e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0215163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5612  protein of unknown function UPF0118  31.43 
 
 		 383 aa  153  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  27.01 
 
 		 663 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  28.23 
 
 		 824 aa  115  7.999999999999999e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  27.93 
 
 		 830 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0555  hypothetical protein  26.61 
 
 		 380 aa  110  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.11052 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3380  hypothetical protein  27.07 
 
 		 376 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.300528  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3083  hypothetical protein  28.8 
 
 		 373 aa  110  5e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000376158  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3355  hypothetical protein  27.07 
 
 		 373 aa  109  6e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3055  permease  27.07 
 
 		 376 aa  109  6e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0055436  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3161  hypothetical protein  27.07 
 
 		 376 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000118258  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3381  membrane protein YubA  26.75 
 
 		 373 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00559166  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3145  permease  27.07 
 
 		 376 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000188051  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3410  hypothetical protein  27.07 
 
 		 376 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.38657  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3380  hypothetical protein  27.07 
 
 		 373 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1871  membrane protein YubA  26.75 
 
 		 373 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0257  response regulator receiver domain-containing protein  22.75 
 
 		 357 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.492639 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2002  hypothetical protein  26.67 
 
 		 434 aa  107  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0749036  hitchhiker  0.0034214 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  25.94 
 
 		 644 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  26.4 
 
 		 662 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2927  transport protein  24.72 
 
 		 405 aa  105  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.799818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0304  protein of unknown function UPF0118  24.34 
 
 		 650 aa  103  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.10955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  24.66 
 
 		 805 aa  102  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3095  hypothetical protein  27.11 
 
 		 393 aa  100  5e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  24.93 
 
 		 420 aa  99.8  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  25.41 
 
 		 606 aa  99.4  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2253  putative permease  25.36 
 
 		 389 aa  98.6  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2050  hypothetical protein  24.92 
 
 		 368 aa  99  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116574  hitchhiker  0.00000000347502 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1194  hypothetical protein  25.94 
 
 		 396 aa  98.2  2e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1196  protein of unknown function UPF0118  26.42 
 
 		 349 aa  97.4  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4144  putative phytochrome sensor protein  25.72 
 
 		 821 aa  97.4  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0677009 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3144  hypothetical protein  24.05 
 
 		 393 aa  97.4  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0744058  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1773  hypothetical protein  26.01 
 
 		 357 aa  97.4  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000027115  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  26.8 
 
 		 404 aa  96.7  5e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0263  protein of unknown function UPF0118  23.08 
 
 		 369 aa  95.5  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.120153  normal  0.560864 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1635  hypothetical protein  25.08 
 
 		 357 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.546399  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  23.81 
 
 		 647 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0768  hypothetical protein  25.08 
 
 		 343 aa  93.6  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.011294  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2111  hypothetical protein  26.45 
 
 		 363 aa  93.2  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3116  membrane transporter  25.3 
 
 		 388 aa  92  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4584  protein of unknown function UPF0118  26.78 
 
 		 652 aa  92  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.113593  normal  0.096848 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  30.58 
 
 		 390 aa  92  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2169  hypothetical protein  26.09 
 
 		 368 aa  92  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.215488  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1439  hypothetical protein  25.39 
 
 		 366 aa  91.3  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0335022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  27.78 
 
 		 345 aa  91.7  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3845  hypothetical protein  25.3 
 
 		 406 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3452  hypothetical protein  29.85 
 
 		 394 aa  92  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4214  hypothetical protein  26.78 
 
 		 652 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0784859  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1003  permease  26.95 
 
 		 350 aa  92  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0492002  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3882  putative GAF sensor protein  26.4 
 
 		 782 aa  90.9  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1880  hypothetical protein  26.01 
 
 		 372 aa  90.9  3e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0162246  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02869  transport protein  23.72 
 
 		 338 aa  90.5  4e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3881  hypothetical protein  23.48 
 
 		 349 aa  90.5  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.198688 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4731  protein of unknown function UPF0118  25.9 
 
 		 649 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0106944 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  23.1 
 
 		 385 aa  90.1  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3199  hypothetical protein  24.76 
 
 		 349 aa  89.7  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0020334  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2541  protein of unknown function UPF0118  25.4 
 
 		 392 aa  89.7  7e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.407102  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6242  hypothetical protein  23.02 
 
 		 659 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.253941  normal  0.568466 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1330  protein of unknown function UPF0118  27.16 
 
 		 351 aa  89.4  9e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4144  putative GAF sensor protein  25.16 
 
 		 801 aa  89  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4051  hypothetical protein  23.48 
 
 		 354 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  21.59 
 
 		 679 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1702  permease, putative  22.86 
 
 		 357 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.303674  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2027  protein of unknown function UPF0118  28.71 
 
 		 354 aa  88.2  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.294883  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3575  protein of unknown function UPF0118  24.92 
 
 		 344 aa  87.8  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00192559  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2774  hypothetical protein  25 
 
 		 348 aa  88.6  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1860  permease  27.13 
 
 		 369 aa  88.2  2e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3687  hypothetical protein  23.21 
 
 		 357 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000304887 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1704  hypothetical protein  25.28 
 
 		 650 aa  87.4  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.61682 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1910  putative transport protein  24.47 
 
 		 344 aa  87.4  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  21.59 
 
 		 668 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1347  permease  24.05 
 
 		 393 aa  87.8  3e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0428205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5379  protein of unknown function UPF0118  24.15 
 
 		 650 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.613329  normal  0.237029 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1995  hypothetical protein  24.36 
 
 		 361 aa  87  4e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0255666  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1725  protein of unknown function UPF0118  23.18 
 
 		 680 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1488  hypothetical protein  24.52 
 
 		 341 aa  87.4  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137756  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3520  hypothetical protein  25.27 
 
 		 434 aa  86.7  5e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365519  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4470  hypothetical protein  21.41 
 
 		 355 aa  86.7  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000112475 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  24.3 
 
 		 369 aa  86.7  6e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4286  hypothetical protein  21.41 
 
 		 355 aa  86.7  6e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4123  hypothetical protein  21.41 
 
 		 355 aa  86.7  6e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4134  hypothetical protein  21.41 
 
 		 355 aa  86.7  6e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4618  hypothetical protein  21.41 
 
 		 355 aa  86.7  6e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.569611  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0662  protein of unknown function UPF0118  25.71 
 
 		 372 aa  86.7  6e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1351  permease  25.79 
 
 		 390 aa  86.7  6e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0632  hypothetical protein  23.59 
 
 		 348 aa  86.3  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000226632  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1125  protein of unknown function UPF0118  22.77 
 
 		 359 aa  86.3  7e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2899  hypothetical protein  24.07 
 
 		 344 aa  86.3  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0256984  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1700  hypothetical protein  24.17 
 
 		 359 aa  86.3  8e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.23154  normal  0.0296077 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>