More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2345 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1651  hypothetical protein  99.18 
 
 
366 aa  711    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2867  permease PerM, putative  96.06 
 
 
361 aa  640    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2345  hypothetical protein  100 
 
 
366 aa  716    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000000997744 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2417  hypothetical protein  98.91 
 
 
366 aa  711    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.798484  hitchhiker  0.00111788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1792  hypothetical protein  90.91 
 
 
360 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1829  hypothetical protein  90.91 
 
 
360 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.2453  normal  0.256539 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1785  hypothetical protein  90.91 
 
 
360 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.539102  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2493  protein of unknown function UPF0118  90.91 
 
 
360 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.544644  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1697  hypothetical protein  90.99 
 
 
360 aa  593  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.588209  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1973  hypothetical protein  83.29 
 
 
369 aa  586  1e-166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0953876  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2171  hypothetical protein  81.56 
 
 
366 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.655201  normal  0.719413 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1843  hypothetical protein  79.12 
 
 
366 aa  544  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.633644  normal  0.110752 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1649  hypothetical protein  77.69 
 
 
360 aa  543  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.673436  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1757  hypothetical protein  77.41 
 
 
360 aa  541  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.805933  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2435  hypothetical protein  80.98 
 
 
361 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0011748 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1911  hypothetical protein  78.57 
 
 
372 aa  536  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.24805  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002790  permease PerM  53.61 
 
 
357 aa  366  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0928  permease  52.08 
 
 
361 aa  362  6e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.335153 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3512  hypothetical protein  50.97 
 
 
356 aa  358  8e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.293962  normal  0.922433 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2640  permease PerM  49.86 
 
 
355 aa  352  5e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.419277  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2752  permease PerM  49.86 
 
 
362 aa  352  5.9999999999999994e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2861  permease PerM  49.86 
 
 
362 aa  352  5.9999999999999994e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03191  hypothetical protein  54.72 
 
 
356 aa  352  5.9999999999999994e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2730  permease PerM  49.86 
 
 
362 aa  352  5.9999999999999994e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2688  permease PerM  49.86 
 
 
355 aa  352  8e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1742  putative permease PerM  53.65 
 
 
354 aa  349  4e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2382  membrane protein  53.37 
 
 
355 aa  343  2e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02385  predicted inner membrane protein  49.29 
 
 
353 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0762767  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1176  protein of unknown function UPF0118  49.29 
 
 
353 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.412561  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3715  putative permease, PerM family  49.29 
 
 
353 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02347  hypothetical protein  49.29 
 
 
353 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.106827  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1183  hypothetical protein  49.29 
 
 
353 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2627  PerM family permease  49.29 
 
 
353 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2867  putative permease, PerM family  49.29 
 
 
353 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.697689  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2640  PerM family permease  49.29 
 
 
353 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2775  PerM family permease  49.29 
 
 
353 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0215248  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3187  putative permease  53.74 
 
 
357 aa  340  2.9999999999999998e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295884  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1357  hypothetical protein  49.86 
 
 
354 aa  338  5.9999999999999996e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1240  putative permease PerM  49.86 
 
 
354 aa  338  5.9999999999999996e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00935863  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3128  putative permease PerM  49.86 
 
 
354 aa  338  5.9999999999999996e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00611871  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1003  permease  51.55 
 
 
350 aa  336  3.9999999999999995e-91  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0492002  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2481  hypothetical protein  49.58 
 
 
356 aa  335  7e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.691389  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02140  putative permease  50.55 
 
 
357 aa  325  7e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0913386  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2977  hypothetical protein  49.72 
 
 
353 aa  323  4e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.283703 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0823  protein of unknown function UPF0118  46.65 
 
 
358 aa  313  3.9999999999999997e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.74505  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1990  protein of unknown function UPF0118  44.63 
 
 
372 aa  306  3e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0190  hypothetical protein  46.96 
 
 
356 aa  302  8.000000000000001e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2006  hypothetical protein  45.63 
 
 
363 aa  296  4e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000247505  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2574  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.29 
 
 
356 aa  287  2.9999999999999996e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2482  hypothetical protein  45.82 
 
 
359 aa  286  4e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2818  hypothetical protein  47.19 
 
 
363 aa  280  4e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2087  hypothetical protein  44.35 
 
 
353 aa  279  5e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.257402  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0259  protein of unknown function UPF0118  46.13 
 
 
356 aa  278  1e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2201  hypothetical protein  42.66 
 
 
365 aa  276  3e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000750597  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4390  hypothetical protein  49.04 
 
 
357 aa  276  5e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1408  hypothetical protein  48.13 
 
 
372 aa  275  6e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.285024  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51300  hypothetical protein  48.9 
 
 
357 aa  275  7e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000068395 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1545  hypothetical protein  48.17 
 
 
356 aa  275  9e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0842476  normal  0.0322858 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1660  hypothetical protein  47.51 
 
 
356 aa  273  3e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3956  membrane protein, PerM family  47.61 
 
 
356 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1368  hypothetical protein  47.89 
 
 
356 aa  268  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140137  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1693  hypothetical protein  44.7 
 
 
358 aa  266  2.9999999999999995e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.561325  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0662  permease, putative  44.57 
 
 
362 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.531977  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1234  hypothetical protein  47.61 
 
 
356 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.946074 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1264  hypothetical protein  47.61 
 
 
356 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.833636 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4184  hypothetical protein  47.32 
 
 
356 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3978  hypothetical protein  47.04 
 
 
356 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1495  protein of unknown function UPF0118  40.75 
 
 
354 aa  231  2e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0496073  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0764  hypothetical protein  43.02 
 
 
363 aa  223  4.9999999999999996e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0660  riboflavin transporter  43.02 
 
 
363 aa  223  4.9999999999999996e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3470  hypothetical protein  35.52 
 
 
362 aa  186  4e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0768  hypothetical protein  28.41 
 
 
343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.011294  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1194  hypothetical protein  27.27 
 
 
396 aa  120  3.9999999999999996e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0633  hypothetical protein  27.68 
 
 
348 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0451762  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2994  hypothetical protein  29.47 
 
 
360 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00687092 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2922  protein of unknown function UPF0118  25.42 
 
 
357 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.512956  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0492  hypothetical protein  30.18 
 
 
374 aa  111  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1330  protein of unknown function UPF0118  26.02 
 
 
351 aa  110  3e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3575  protein of unknown function UPF0118  27.56 
 
 
344 aa  107  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00192559  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2774  hypothetical protein  28.17 
 
 
348 aa  108  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1860  permease  25.62 
 
 
369 aa  108  2e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2899  hypothetical protein  24.92 
 
 
344 aa  106  7e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0256984  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4510  hypothetical protein  26.75 
 
 
355 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3687  hypothetical protein  28.53 
 
 
357 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000304887 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1635  hypothetical protein  29.52 
 
 
357 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.546399  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0726  hypothetical protein  26.75 
 
 
355 aa  105  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2027  protein of unknown function UPF0118  25.56 
 
 
354 aa  105  1e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.294883  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0858  protein of unknown function UPF0118  27.76 
 
 
402 aa  105  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.640782  normal  0.206541 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1351  permease  27.86 
 
 
390 aa  105  1e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4286  hypothetical protein  25.6 
 
 
355 aa  105  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4123  hypothetical protein  25.6 
 
 
355 aa  105  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4134  hypothetical protein  25.6 
 
 
355 aa  105  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4470  hypothetical protein  25.6 
 
 
355 aa  105  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000112475 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4618  hypothetical protein  25.6 
 
 
355 aa  105  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.569611  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1647  hypothetical protein  28.79 
 
 
345 aa  104  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0171139 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02243  permease  29.11 
 
 
388 aa  104  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41641  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1225  hypothetical protein  30.22 
 
 
357 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.220929  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0728  protein of unknown function UPF0118  26.22 
 
 
363 aa  102  8e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1589  protein of unknown function UPF0118  29.56 
 
 
355 aa  102  8e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4237  hypothetical protein  25.46 
 
 
355 aa  102  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>