224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0367 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_0367  putative GAF sensor protein  100 
 
 		 322 aa  639    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1149  putative GAF sensor protein  41.05 
 
 		 193 aa  130  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.711322  normal  0.917391 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1064  GAF domain protein  36.26 
 
 		 195 aa  99.8  6e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.665993  normal  0.536092 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2895  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.21 
 
 		 539 aa  76.3  0.0000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.939958  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  31.64 
 
 		 934 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  29.11 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1892  putative GAF sensor protein  35.19 
 
 		 824 aa  73.6  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.397553 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1696  putative phytochrome sensor protein  35.33 
 
 		 830 aa  72.8  0.000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 321 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  27.69 
 
 		 343 aa  69.7  0.00000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  28.42 
 
 		 312 aa  69.7  0.00000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.33 
 
 		 946 aa  69.3  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.21 
 
 		 681 aa  69.3  0.00000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  31.38 
 
 		 874 aa  68.9  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  30.95 
 
 		 1001 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.5 
 
 		 740 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2371  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.28 
 
 		 1171 aa  68.2  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  26.06 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6648  putative phytochrome sensor protein  28.07 
 
 		 805 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.44 
 
 		 640 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3882  putative GAF sensor protein  30.71 
 
 		 782 aa  66.2  0.0000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  30.14 
 
 		 607 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  30.72 
 
 		 364 aa  65.5  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.38 
 
 		 878 aa  64.7  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4144  putative GAF sensor protein  29.37 
 
 		 801 aa  64.7  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3991  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 		 441 aa  65.1  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  28.99 
 
 		 325 aa  63.9  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.66 
 
 		 326 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  29.63 
 
 		 930 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.44 
 
 		 1550 aa  63.5  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.99 
 
 		 326 aa  63.5  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4084  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.28 
 
 		 441 aa  63.5  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3382  putative phytochrome sensor protein  31.35 
 
 		 879 aa  63.9  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164288 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.45 
 
 		 722 aa  63.5  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4221  EAL:GAF  30.14 
 
 		 607 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.98 
 
 		 722 aa  62.8  0.000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  27.78 
 
 		 401 aa  62.8  0.000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  29.66 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  23.66 
 
 		 253 aa  62.4  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.83 
 
 		 323 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.5 
 
 		 348 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.5 
 
 		 348 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  23.66 
 
 		 253 aa  62.4  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  31.54 
 
 		 1428 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.3 
 
 		 1114 aa  62  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3858  PAS sensor protein  29.17 
 
 		 797 aa  61.2  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  30.34 
 
 		 320 aa  61.6  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  29.01 
 
 		 930 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.14 
 
 		 722 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2267  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 		 403 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0108452  hitchhiker  0.000000348318 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  23.64 
 
 		 249 aa  61.6  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.51 
 
 		 321 aa  61.6  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00678  Putative signal protein with GAF, GGDEF and EAL domains  31.87 
 
 		 595 aa  61.2  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0927231  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.79 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.43 
 
 		 680 aa  60.8  0.00000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  23.64 
 
 		 249 aa  60.8  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  28.27 
 
 		 897 aa  60.5  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.1 
 
 		 465 aa  60.5  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.48 
 
 		 322 aa  59.7  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  29.78 
 
 		 1002 aa  59.7  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 		 514 aa  59.3  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.03 
 
 		 327 aa  59.3  0.00000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4158  diguanylate phosphodiesterase  31.73 
 
 		 442 aa  58.9  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.876304 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  23.64 
 
 		 249 aa  58.5  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.7 
 
 		 323 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  29 
 
 		 1016 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  26.9 
 
 		 316 aa  58.5  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.97 
 
 		 321 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.89 
 
 		 837 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.61 
 
 		 943 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  30.22 
 
 		 417 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  28.39 
 
 		 662 aa  58.5  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.66 
 
 		 506 aa  57.4  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  29.65 
 
 		 1041 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  24.1 
 
 		 669 aa  57.4  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3585  putative GAF sensor protein  27.46 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.555714  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3658  putative GAF sensor protein  27.46 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.565782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5220  putative GAF sensor protein  27.72 
 
 		 182 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.583285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3590  putative GAF sensor protein  27.46 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.443077 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0534  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.52 
 
 		 697 aa  57  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.608337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.65 
 
 		 319 aa  57  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.03 
 
 		 780 aa  56.6  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  31.4 
 
 		 929 aa  57  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2746  putative GAF sensor protein  31.36 
 
 		 169 aa  56.6  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  26.09 
 
 		 345 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  27.46 
 
 		 595 aa  56.6  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0099  signal transduction histidine kinase-like protein  30.06 
 
 		 938 aa  55.8  0.0000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.878773 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  29.17 
 
 		 497 aa  55.8  0.0000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4396  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.62 
 
 		 594 aa  55.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.898588 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  25.17 
 
 		 245 aa  55.1  0.000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.05 
 
 		 743 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1854  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.49 
 
 		 579 aa  55.8  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.46631 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  27.42 
 
 		 400 aa  55.1  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  26.9 
 
 		 327 aa  55.5  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5263  putative GAF sensor protein  28.89 
 
 		 238 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.338508 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  33.56 
 
 		 1317 aa  55.5  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1493  putative GAF sensor protein  28.4 
 
 		 233 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  28.14 
 
 		 542 aa  55.5  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.53 
 
 		 1224 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5219  signal transduction histidine kinase  29.93 
 
 		 512 aa  55.1  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.673975 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>