More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3531 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3597  diguanylate cyclase  90.65 
 
 		 385 aa  691    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3531  diguanylate cyclase  100 
 
 		 385 aa  782    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3266  diguanylate cyclase  53.49 
 
 		 355 aa  372  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0492  diguanylate cyclase  50.3 
 
 		 351 aa  338  9.999999999999999e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.874932  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1339  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 436 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.473224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.23 
 
 		 686 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2393  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 455 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.502232  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1566  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 455 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.355183  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  38.76 
 
 		 688 aa  124  4e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 758 aa  124  4e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1471  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 455 aa  124  4e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 247 aa  123  6e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  25.59 
 
 		 345 aa  122  7e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  29.72 
 
 		 493 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  35.23 
 
 		 493 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 354 aa  120  3.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 580 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  32.6 
 
 		 319 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.35 
 
 		 586 aa  119  6e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 471 aa  119  7e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1474  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 465 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.214208 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.95 
 
 		 356 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  30.71 
 
 		 768 aa  117  3e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  30.71 
 
 		 768 aa  117  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 510 aa  116  6e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  38.2 
 
 		 563 aa  116  6.9999999999999995e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  40.74 
 
 		 836 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 316 aa  116  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1051  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 424 aa  116  7.999999999999999e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  30.49 
 
 		 493 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.74 
 
 		 841 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  34.52 
 
 		 1006 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 357 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 513 aa  115  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 		 531 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.2 
 
 		 710 aa  114  3e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 631 aa  114  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.44 
 
 		 557 aa  114  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1982  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.29 
 
 		 676 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0102834  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  37.65 
 
 		 342 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 615 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 		 565 aa  113  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  36.78 
 
 		 756 aa  113  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 446 aa  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1386  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 433 aa  113  6e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.904062  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 414 aa  113  6e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.16 
 
 		 726 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  37.72 
 
 		 474 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 764 aa  113  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 373 aa  113  7.000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0337  EAL/GGDEF domain-containing protein  35.87 
 
 		 490 aa  112  9e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.622356  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.41 
 
 		 796 aa  112  9e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1078  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 432 aa  112  9e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00831826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 764 aa  112  9e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2269  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.29 
 
 		 659 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1243  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 419 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 681 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 764 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1592  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.37 
 
 		 823 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000214692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.42 
 
 		 675 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 714 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.57 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  30.57 
 
 		 303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  34.65 
 
 		 215 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 525 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 		 917 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.91 
 
 		 1078 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1062  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.75 
 
 		 1027 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.782086  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1318  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 424 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  39.62 
 
 		 792 aa  111  3e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0214  diguanylate cyclase  32.53 
 
 		 362 aa  110  3e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  36.9 
 
 		 477 aa  111  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 614 aa  111  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2405  sensory box protein  34.29 
 
 		 751 aa  110  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.547326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 323 aa  111  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  36.04 
 
 		 808 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.26 
 
 		 826 aa  110  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 770 aa  110  3e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000215856  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 319 aa  111  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 718 aa  110  3e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2242  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 961 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.031286  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 322 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  31.96 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 523 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.87 
 
 		 704 aa  110  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.06 
 
 		 355 aa  110  5e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  32.33 
 
 		 385 aa  110  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 753 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 451 aa  110  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.87 
 
 		 713 aa  110  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  35.88 
 
 		 1245 aa  110  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 405 aa  110  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 314 aa  109  6e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1556  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 300 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>