More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_1339 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_1339  diguanylate cyclase  100 
 
 		 436 aa  899    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.473224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1078  diguanylate cyclase  52.68 
 
 		 432 aa  450  1e-125  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00831826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1051  diguanylate cyclase  47.1 
 
 		 424 aa  377  1e-103  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1386  diguanylate cyclase  45.39 
 
 		 433 aa  373  1e-102  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.904062  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1243  diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 419 aa  335  7.999999999999999e-91  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1318  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 424 aa  332  7.000000000000001e-90  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0921  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 418 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 510 aa  159  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  45.78 
 
 		 688 aa  155  1e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.58 
 
 		 686 aa  153  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 316 aa  152  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 314 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  49.69 
 
 		 565 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  47.47 
 
 		 580 aa  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 681 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 343 aa  141  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 439 aa  139  7.999999999999999e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.45 
 
 		 704 aa  137  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.45 
 
 		 713 aa  137  5e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  43.11 
 
 		 609 aa  136  6.0000000000000005e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 732 aa  136  8e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  43.11 
 
 		 709 aa  136  8e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 334 aa  136  9e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  42.37 
 
 		 327 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.41 
 
 		 353 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2312  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.24 
 
 		 597 aa  135  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 374 aa  134  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 356 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  43.27 
 
 		 335 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  42.37 
 
 		 347 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  42.94 
 
 		 335 aa  133  6.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  44.12 
 
 		 334 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  43.27 
 
 		 334 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 357 aa  132  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  39.77 
 
 		 564 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  40.85 
 
 		 334 aa  132  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 363 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 439 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 356 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  39.77 
 
 		 563 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 650 aa  131  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 414 aa  131  3e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  37.04 
 
 		 563 aa  131  3e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 359 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  40.76 
 
 		 836 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 291 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 353 aa  130  6e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  36.1 
 
 		 342 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.51 
 
 		 841 aa  129  7.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 717 aa  129  7.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 461 aa  129  8.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  42.78 
 
 		 548 aa  129  9.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  42.77 
 
 		 457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  36.63 
 
 		 470 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  38.92 
 
 		 459 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0634  response regulator  37 
 
 		 470 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00145352  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3531  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 385 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 471 aa  128  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.7 
 
 		 550 aa  127  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 452 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 410 aa  127  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 553 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 278 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  37.81 
 
 		 317 aa  127  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  39.24 
 
 		 792 aa  126  6e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.96 
 
 		 710 aa  126  9e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  40 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.51 
 
 		 550 aa  125  1e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.2 
 
 		 916 aa  125  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 1099 aa  125  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 640 aa  125  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.61 
 
 		 355 aa  124  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.26 
 
 		 730 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 565 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  34.85 
 
 		 516 aa  124  3e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  33.57 
 
 		 480 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 764 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 764 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 753 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 636 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  43.64 
 
 		 460 aa  124  4e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3597  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 385 aa  124  4e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  37.77 
 
 		 321 aa  124  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.88 
 
 		 415 aa  123  5e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 395 aa  123  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 758 aa  123  6e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 398 aa  123  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 630 aa  123  7e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 318 aa  123  8e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 764 aa  122  9e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 360 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 377 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>