More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1243 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1243  diguanylate cyclase  100 
 
 		 419 aa  863    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1051  diguanylate cyclase  49.75 
 
 		 424 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1386  diguanylate cyclase  47.23 
 
 		 433 aa  387  1e-106  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.904062  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1318  diguanylate cyclase  46.8 
 
 		 424 aa  369  1e-101  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1339  diguanylate cyclase  44.53 
 
 		 436 aa  334  1e-90  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.473224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1078  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 432 aa  328  8e-89  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00831826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0921  diguanylate cyclase  42.79 
 
 		 418 aa  324  1e-87  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 510 aa  157  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  47.27 
 
 		 688 aa  156  7e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 316 aa  155  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.37 
 
 		 686 aa  155  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  49.38 
 
 		 565 aa  155  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 580 aa  154  4e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 314 aa  151  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  44.44 
 
 		 327 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 732 aa  146  8.000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  44.44 
 
 		 347 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 398 aa  144  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  39.42 
 
 		 523 aa  143  5e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  38.94 
 
 		 234 aa  143  7e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4051  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 360 aa  142  8e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  normal  0.825864 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 681 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  44.19 
 
 		 334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.66 
 
 		 356 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 414 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 1099 aa  140  3.9999999999999997e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.56 
 
 		 704 aa  140  6e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 374 aa  140  6e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.56 
 
 		 713 aa  139  7e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 553 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  43.6 
 
 		 334 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  38.73 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 410 aa  137  4e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  42.7 
 
 		 1726 aa  137  4e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 565 aa  136  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 334 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 608 aa  136  7.000000000000001e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  41.67 
 
 		 609 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 343 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2312  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.02 
 
 		 597 aa  135  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  40.76 
 
 		 1637 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  38.15 
 
 		 563 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  41.67 
 
 		 709 aa  135  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 359 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  41.25 
 
 		 563 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 333 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 353 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 439 aa  135  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 334 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2698  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 489 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.100592  normal  0.047662 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.09 
 
 		 355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  38.15 
 
 		 564 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 356 aa  134  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 243 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 345 aa  133  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 377 aa  133  6e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 356 aa  133  6e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  36.45 
 
 		 470 aa  133  6e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  42.86 
 
 		 1644 aa  133  6e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  41.76 
 
 		 335 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  37.57 
 
 		 1034 aa  133  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  40.57 
 
 		 319 aa  132  9e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 334 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  40.88 
 
 		 836 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 323 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  39.77 
 
 		 792 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  42.94 
 
 		 548 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.77 
 
 		 1079 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.64 
 
 		 353 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  41.67 
 
 		 1643 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.88 
 
 		 841 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 494 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  42.51 
 
 		 457 aa  130  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  41.42 
 
 		 460 aa  130  5.0000000000000004e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  41.11 
 
 		 1636 aa  130  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 308 aa  130  5.0000000000000004e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  41.76 
 
 		 335 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 466 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 357 aa  129  7.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 298 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 464 aa  129  9.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.59 
 
 		 797 aa  129  9.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  39.87 
 
 		 334 aa  129  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 638 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 630 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 278 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  40 
 
 		 338 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 369 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  40.1 
 
 		 428 aa  127  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  38.76 
 
 		 317 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 460 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 330 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.32 
 
 		 550 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 494 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 591 aa  127  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  41.34 
 
 		 555 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0634  response regulator  36.5 
 
 		 470 aa  127  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00145352  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>