More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2153 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2153  membrane associated GGDEF protein  100 
 
 		 490 aa  1003    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02934  hypothetical protein  35.67 
 
 		 486 aa  327  3e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002974  GGDEF family protein  34.76 
 
 		 491 aa  307  3e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337461  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0622  GGDEF family protein  29.96 
 
 		 489 aa  273  4.0000000000000004e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.237446  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 526 aa  125  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 526 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 523 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  26.42 
 
 		 564 aa  121  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.93 
 
 		 550 aa  121  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 544 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 384 aa  120  3.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 443 aa  120  7.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  37.74 
 
 		 560 aa  120  7.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 368 aa  118  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.61 
 
 		 769 aa  117  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 411 aa  117  5e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  44.87 
 
 		 524 aa  117  5e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 366 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 532 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.07 
 
 		 901 aa  116  1.0000000000000001e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 603 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  41.92 
 
 		 457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0266  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 1195 aa  114  3e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.83 
 
 		 367 aa  115  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.27 
 
 		 772 aa  114  3e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 477 aa  114  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 523 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 461 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 301 aa  114  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 370 aa  114  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2969  sensory box/GGDEF family protein  38.99 
 
 		 315 aa  114  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 		 675 aa  113  6e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.08 
 
 		 638 aa  113  8.000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  38.76 
 
 		 448 aa  113  8.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 545 aa  113  9e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 505 aa  113  9e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  35.63 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  38.76 
 
 		 422 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 471 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 540 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  38.06 
 
 		 527 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  35.57 
 
 		 476 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 494 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  39.1 
 
 		 351 aa  112  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 470 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  33.33 
 
 		 626 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 585 aa  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 532 aa  111  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  31.17 
 
 		 378 aa  111  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  31.17 
 
 		 384 aa  111  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 385 aa  111  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 557 aa  111  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 405 aa  111  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 259 aa  111  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02711  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.22 
 
 		 605 aa  111  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.407326  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  31.17 
 
 		 384 aa  111  4.0000000000000004e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  32.71 
 
 		 640 aa  110  5e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28880  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  36.46 
 
 		 409 aa  110  5e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.46801 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 516 aa  110  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  40.24 
 
 		 443 aa  110  5e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0414  diguanylate cyclase  28.48 
 
 		 559 aa  110  5e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.761548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 582 aa  110  6e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 393 aa  110  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  31.78 
 
 		 227 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001391  GGDEF domain protein  39.26 
 
 		 327 aa  110  6e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00410317  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  41.29 
 
 		 529 aa  110  7.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 564 aa  110  7.000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 307 aa  110  7.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  36.42 
 
 		 458 aa  110  8.000000000000001e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  40 
 
 		 353 aa  110  8.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  31.78 
 
 		 393 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 517 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  37 
 
 		 684 aa  109  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 585 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 499 aa  109  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  38.79 
 
 		 431 aa  109  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 420 aa  109  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 499 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 408 aa  109  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  32.76 
 
 		 411 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 		 594 aa  109  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 572 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 480 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  34.78 
 
 		 375 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 591 aa  109  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 409 aa  109  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 490 aa  109  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 381 aa  108  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 343 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.65 
 
 		 663 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  38.51 
 
 		 498 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0380  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 563 aa  108  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.620025  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 650 aa  108  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 494 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  35.71 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  35.71 
 
 		 366 aa  108  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  36.02 
 
 		 458 aa  108  3e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  35.71 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 411 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>