More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_1333 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013512  Sdel_1333  diguanylate cyclase  100 
 
 
259 aa  523  1e-147  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00918762  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  33.51 
 
 
373 aa  123  3e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.56 
 
 
1665 aa  122  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0545  response regulator  37.7 
 
 
575 aa  122  7e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.49 
 
 
308 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1983  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.23 
 
 
1353 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.103002  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  35.09 
 
 
354 aa  118  7.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  34.86 
 
 
334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  31.25 
 
 
357 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0545  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.13 
 
 
572 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.17 
 
 
572 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0723  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.74 
 
 
1238 aa  116  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.905647  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.29 
 
 
860 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3485  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.13 
 
 
572 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  33 
 
 
370 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  35.2 
 
 
493 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3328  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.7 
 
 
573 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1526  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.57 
 
 
504 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  33.5 
 
 
370 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  31.25 
 
 
551 aa  116  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  33 
 
 
370 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  33 
 
 
370 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  33 
 
 
370 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.47 
 
 
578 aa  115  6e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.69 
 
 
736 aa  115  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.03 
 
 
505 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  37.85 
 
 
523 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  32.44 
 
 
291 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  34.64 
 
 
493 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.3 
 
 
335 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  38.2 
 
 
611 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  36.84 
 
 
477 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.75 
 
 
312 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  36.14 
 
 
470 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  35.63 
 
 
381 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1198  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
394 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000754903  normal  0.715416 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  36.21 
 
 
381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.71 
 
 
754 aa  114  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  34.5 
 
 
555 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
559 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  35.2 
 
 
493 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0142  metal dependent phosphohydrolase  34.01 
 
 
545 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000694732  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  29.84 
 
 
474 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.67 
 
 
860 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.26 
 
 
867 aa  113  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.81451  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  32.65 
 
 
378 aa  113  3e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.67 
 
 
860 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  32.75 
 
 
388 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  33.13 
 
 
470 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.56 
 
 
935 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0882428  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  34.5 
 
 
555 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  32.75 
 
 
388 aa  112  5e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  35.14 
 
 
768 aa  112  5e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2868  diguanylate cyclase  36 
 
 
293 aa  112  5e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.901439  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2637  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.51 
 
 
678 aa  112  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.5465  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  35.14 
 
 
768 aa  112  6e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  29.67 
 
 
496 aa  112  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  30.89 
 
 
345 aa  112  6e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.29 
 
 
637 aa  112  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00518109  normal  0.939284 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  31.98 
 
 
554 aa  112  6e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  33 
 
 
371 aa  112  6e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3406  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.63 
 
 
493 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  34.24 
 
 
390 aa  112  7.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.39 
 
 
648 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.33 
 
 
756 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3481  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.63 
 
 
488 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  33 
 
 
366 aa  112  8.000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  33.5 
 
 
371 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  33.5 
 
 
371 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.94 
 
 
540 aa  112  9e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.96 
 
 
1514 aa  111  9e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.96 
 
 
1514 aa  111  9e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2222  diguanylate cyclase  36.78 
 
 
847 aa  111  9e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.162543  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  33.5 
 
 
371 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  33.5 
 
 
371 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  33.5 
 
 
371 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  33.5 
 
 
371 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.8 
 
 
1466 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.65 
 
 
765 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  33.5 
 
 
371 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.61 
 
 
476 aa  111  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  33.94 
 
 
485 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  30.12 
 
 
414 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1835  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.14 
 
 
654 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0773497  normal  0.315507 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  33.53 
 
 
357 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.78 
 
 
1147 aa  110  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  34.34 
 
 
413 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.94 
 
 
617 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0967  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.29 
 
 
1004 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.35 
 
 
730 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  35.39 
 
 
572 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
492 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  30.98 
 
 
485 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.81 
 
 
1059 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.73 
 
 
547 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  35.06 
 
 
381 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.94 
 
 
557 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.47 
 
 
869 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.33 
 
 
740 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  35.33 
 
 
460 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>