More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2089 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_2089  diguanylate cyclase  100 
 
 
215 aa  422  1e-117  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0541256  normal  0.0273474 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2230  diguanylate cyclase  90.23 
 
 
215 aa  382  1e-105  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0737618  normal  0.167136 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6905  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48 
 
 
635 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.44 
 
 
921 aa  112  3e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  39.66 
 
 
565 aa  111  9e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.69 
 
 
863 aa  108  5e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.180184 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2835  diguanylate cyclase  41.29 
 
 
231 aa  108  6e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.3 
 
 
905 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.34 
 
 
695 aa  107  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.82 
 
 
694 aa  107  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1078  diguanylate cyclase  40.62 
 
 
283 aa  107  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.239628  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2577  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.12 
 
 
722 aa  106  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0619  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.79 
 
 
574 aa  105  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  36.13 
 
 
518 aa  105  5e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5060  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.9 
 
 
838 aa  104  8e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  46.43 
 
 
423 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1923  diguanylate cyclase  41.33 
 
 
356 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0213654 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  45.83 
 
 
423 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1560  diguanylate cyclase  40.88 
 
 
288 aa  104  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  44.97 
 
 
1245 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.44 
 
 
774 aa  103  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.023979  normal  0.735502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  41.18 
 
 
645 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1693  diguanylate cyclase  48.75 
 
 
527 aa  103  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2248  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.93 
 
 
664 aa  103  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.626967 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.44 
 
 
714 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 
431 aa  103  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  41.51 
 
 
555 aa  103  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.26 
 
 
919 aa  103  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3404  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.16 
 
 
327 aa  103  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.83 
 
 
866 aa  103  2e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.550803  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.33 
 
 
442 aa  103  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.75 
 
 
1098 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.46 
 
 
319 aa  102  3e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  43.75 
 
 
1136 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  45.83 
 
 
423 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.75 
 
 
1098 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7031  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.85 
 
 
1327 aa  102  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153977  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.75 
 
 
1098 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.81 
 
 
917 aa  102  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.15 
 
 
898 aa  102  4e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  44.97 
 
 
1245 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  37.25 
 
 
215 aa  102  4e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1314  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.63 
 
 
712 aa  102  5e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  39.05 
 
 
892 aa  102  5e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4169  diguanylate cyclase  35.35 
 
 
267 aa  102  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1918  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.3 
 
 
769 aa  102  6e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  43.64 
 
 
673 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  39.05 
 
 
892 aa  101  7e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  39.05 
 
 
892 aa  101  7e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  39.05 
 
 
735 aa  101  7e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  43.87 
 
 
436 aa  101  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  39.05 
 
 
892 aa  101  7e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3666  hypothetical protein  42.5 
 
 
733 aa  101  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.611695  normal  0.775877 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1137  diguanylate cyclase  45.73 
 
 
721 aa  101  9e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0306516  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.81 
 
 
826 aa  101  9e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  37.28 
 
 
604 aa  101  9e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.76 
 
 
781 aa  101  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.015368  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1034  diguanylate cyclase  38.22 
 
 
283 aa  100  1e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  42.41 
 
 
792 aa  100  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  41.21 
 
 
645 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1592  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.53 
 
 
823 aa  100  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000214692  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32350  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  43.09 
 
 
628 aa  100  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.32989 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.91 
 
 
904 aa  100  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.145891  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3744  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.17 
 
 
832 aa  100  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.726032  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2300  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.86 
 
 
936 aa  100  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1611  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  46.5 
 
 
946 aa  100  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.319418  normal  0.0964053 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.94 
 
 
1050 aa  100  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2600  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.13 
 
 
978 aa  100  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.861539  normal  0.836089 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  43.64 
 
 
629 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.31 
 
 
883 aa  100  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00209756  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3015  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.58 
 
 
777 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.392311  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0172  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.94 
 
 
685 aa  100  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.31 
 
 
1077 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0105152 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  40.84 
 
 
694 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0128  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.31 
 
 
1077 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.184244 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7582  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.32 
 
 
690 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.961635 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  42.38 
 
 
464 aa  100  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1070  diguanylate cyclase  41.1 
 
 
407 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0137194  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.59 
 
 
685 aa  99.8  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2962  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.91 
 
 
847 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0327422  normal  0.517627 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.73 
 
 
928 aa  99.8  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  45 
 
 
808 aa  99.8  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  40.24 
 
 
814 aa  99.4  3e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.68 
 
 
772 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  37.13 
 
 
499 aa  99.8  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2888  hypothetical protein  41.1 
 
 
407 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00499837  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.31 
 
 
1077 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0355057 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2963  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.6 
 
 
1251 aa  99  4e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.246733 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  40.74 
 
 
696 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3101  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.68 
 
 
772 aa  99.4  4e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.68 
 
 
772 aa  99.4  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.660713 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  40.24 
 
 
735 aa  99  4e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.72 
 
 
884 aa  99  4e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.26 
 
 
1294 aa  99  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.13 
 
 
554 aa  99  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0796  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.23 
 
 
765 aa  98.6  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.341606 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.95 
 
 
1299 aa  98.6  6e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0330  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.89 
 
 
679 aa  98.6  6e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.5 
 
 
568 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179735  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  44.64 
 
 
612 aa  98.6  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>