More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0399 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  96.75 
 
 		 400 aa  769    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  78.59 
 
 		 431 aa  677    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  77.99 
 
 		 432 aa  676    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  96.49 
 
 		 425 aa  788    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  92.04 
 
 		 427 aa  767    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  100 
 
 		 427 aa  872    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  81.32 
 
 		 442 aa  630  1e-179  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  64.4 
 
 		 439 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  43.58 
 
 		 426 aa  305  9.000000000000001e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 411 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 412 aa  230  4e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  37.57 
 
 		 393 aa  229  6e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  36.89 
 
 		 411 aa  225  1e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  38.13 
 
 		 410 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  48.77 
 
 		 412 aa  211  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  34.12 
 
 		 412 aa  208  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  50.53 
 
 		 362 aa  206  5e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  44.62 
 
 		 417 aa  203  4e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  47.22 
 
 		 398 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 405 aa  196  6e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  44.53 
 
 		 381 aa  194  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  40.67 
 
 		 396 aa  193  5e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  43.62 
 
 		 396 aa  191  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 412 aa  192  1e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  47.26 
 
 		 410 aa  190  4e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  32.65 
 
 		 413 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  46.89 
 
 		 387 aa  179  1e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  45.07 
 
 		 394 aa  177  4e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 411 aa  176  7e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  50 
 
 		 411 aa  168  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 384 aa  154  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 508 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 1099 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3471  GGDEF family protein  33.48 
 
 		 242 aa  110  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 494 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 610 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.12 
 
 		 638 aa  107  5e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  35.24 
 
 		 405 aa  104  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  31.46 
 
 		 337 aa  104  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  32.56 
 
 		 564 aa  103  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.47 
 
 		 550 aa  104  4e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  36.41 
 
 		 346 aa  103  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  35.45 
 
 		 457 aa  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  35.45 
 
 		 455 aa  103  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  38.98 
 
 		 355 aa  103  9e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 638 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 494 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  36.51 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 696 aa  102  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  36.61 
 
 		 422 aa  102  2e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 451 aa  102  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  38.17 
 
 		 454 aa  102  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0449  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.52 
 
 		 347 aa  102  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  37.77 
 
 		 414 aa  102  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  33.17 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 345 aa  101  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 343 aa  100  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 332 aa  101  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 614 aa  101  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  30.96 
 
 		 603 aa  101  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  38.71 
 
 		 457 aa  101  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  32.24 
 
 		 477 aa  100  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3838  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 452 aa  100  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210475  normal  0.0305933 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1792  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.05 
 
 		 751 aa  100  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.016271  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 454 aa  100  4e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.21 
 
 		 355 aa  100  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2950  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 485 aa  100  5e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0805106  normal  0.172242 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 422 aa  100  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  37.02 
 
 		 337 aa  100  6e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 450 aa  100  6e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000908772  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 374 aa  100  6e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 347 aa  100  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 385 aa  100  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0782  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 450 aa  100  6e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000969424  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 513 aa  100  6e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  34.41 
 
 		 457 aa  100  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 460 aa  100  7e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 385 aa  99.8  9e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 631 aa  99.4  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0410  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 657 aa  99.4  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754716 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.27 
 
 		 665 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1650  sensory box protein  36.73 
 
 		 819 aa  98.6  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00487383  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  35.79 
 
 		 609 aa  98.2  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  35.79 
 
 		 709 aa  98.2  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 352 aa  98.6  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 557 aa  99  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 353 aa  98.2  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1198  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 394 aa  98.6  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000754903  normal  0.715416 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 342 aa  98.6  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.53 
 
 		 557 aa  98.2  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 510 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 466 aa  99  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 510 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 510 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.52 
 
 		 648 aa  98.6  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 388 aa  97.8  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  29.54 
 
 		 569 aa  97.8  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  35.14 
 
 		 311 aa  97.8  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4588  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 613 aa  97.8  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0646445  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>