More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3223 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3223  diguanylate cyclase  100 
 
 		 343 aa  699    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1013  GGDEF family protein  45.06 
 
 		 359 aa  292  7e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  31.68 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  30.84 
 
 		 325 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 325 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  30.96 
 
 		 361 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1668  GGDEF domain-containing protein  29.45 
 
 		 356 aa  127  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 738 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 487 aa  124  3e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 485 aa  123  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0636  diguanylate cyclase  32.94 
 
 		 341 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 540 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.05 
 
 		 485 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 486 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 486 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 486 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 486 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 486 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 569 aa  120  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 485 aa  119  6e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  30.8 
 
 		 339 aa  119  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 569 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3838  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 452 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210475  normal  0.0305933 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 370 aa  116  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 237 aa  115  7.999999999999999e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 620 aa  115  8.999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.67 
 
 		 686 aa  115  8.999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 540 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 485 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 736 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 574 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  37.28 
 
 		 346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.73 
 
 		 791 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 437 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0856  diguanylate cyclase AdrA  30.43 
 
 		 371 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0674918 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  35.83 
 
 		 410 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  35.83 
 
 		 410 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 410 aa  113  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 430 aa  113  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 482 aa  113  5e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 430 aa  113  6e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  37.21 
 
 		 476 aa  113  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 430 aa  113  6e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 430 aa  113  6e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  35.21 
 
 		 491 aa  113  6e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 482 aa  113  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  37.89 
 
 		 1726 aa  112  9e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  36.47 
 
 		 320 aa  112  9e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0636  sensory box/GGDEF family protein  37.91 
 
 		 642 aa  112  9e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 483 aa  112  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 507 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 451 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  38.98 
 
 		 551 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 377 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 556 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 753 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 735 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0615  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  37.7 
 
 		 542 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 491 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  36.52 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  38.42 
 
 		 551 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  29.86 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 452 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2284  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.83 
 
 		 410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 459 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 451 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.57 
 
 		 796 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 637 aa  110  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  37.08 
 
 		 484 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 485 aa  110  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 490 aa  110  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  40.12 
 
 		 448 aa  110  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 638 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 625 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 625 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  34.19 
 
 		 583 aa  109  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  39.38 
 
 		 451 aa  110  5e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 430 aa  109  5e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 253 aa  109  5e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  37.99 
 
 		 542 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 507 aa  109  6e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 388 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1204  GGDEF family protein  34.83 
 
 		 195 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.040239  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  30.61 
 
 		 401 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 517 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  39.13 
 
 		 625 aa  108  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 357 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 396 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  35.33 
 
 		 580 aa  108  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 432 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 625 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 778 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.99 
 
 		 796 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>