More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_3305 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_3305  diguanylate cyclase  100 
 
 		 286 aa  570  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.33883 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3049  diguanylate cyclase  86.41 
 
 		 287 aa  479  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.260561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3471  GGDEF family protein  46.48 
 
 		 242 aa  193  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  40.22 
 
 		 976 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.77 
 
 		 438 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  40.22 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.29 
 
 		 531 aa  116  3.9999999999999997e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 318 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 331 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 508 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 482 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1193  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 415 aa  112  8.000000000000001e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 351 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 612 aa  111  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 482 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 451 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  35.88 
 
 		 431 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  37.39 
 
 		 363 aa  110  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  37.58 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 363 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 483 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  35.92 
 
 		 523 aa  109  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  40 
 
 		 418 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 614 aa  109  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  37.58 
 
 		 722 aa  108  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 532 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 351 aa  108  9.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 		 777 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 391 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 384 aa  108  9.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 623 aa  108  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2222  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0027044  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2298  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.44184  normal  0.652684 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 384 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3574  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 261 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.319685  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 467 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  36.31 
 
 		 613 aa  106  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  40 
 
 		 425 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2731  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 714 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 363 aa  106  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  35 
 
 		 360 aa  106  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.96 
 
 		 464 aa  106  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 581 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 353 aa  105  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 674 aa  105  6e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 381 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  35.68 
 
 		 985 aa  105  6e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 581 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9505  GGDEF domain-containing protein  35.74 
 
 		 245 aa  106  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 581 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 298 aa  106  6e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3489  GGDEF domain-containing protein  36.16 
 
 		 312 aa  105  7e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 581 aa  105  7e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 384 aa  105  7e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 317 aa  105  7e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  36.99 
 
 		 324 aa  105  8e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.84 
 
 		 482 aa  105  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 490 aa  105  8e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 320 aa  105  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 381 aa  105  9e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3603  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 381 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.943579  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 398 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 554 aa  104  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0034  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 433 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523887  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2407  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 364 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4204  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.57 
 
 		 771 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 668 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 329 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  36.67 
 
 		 428 aa  103  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2174  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  33.9 
 
 		 320 aa  103  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0094  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.04 
 
 		 602 aa  104  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.666294  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 362 aa  103  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  33.89 
 
 		 628 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3958  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 349 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0131917  normal  0.325854 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.86 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  33.18 
 
 		 485 aa  103  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0856  diguanylate cyclase AdrA  33.33 
 
 		 371 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  37.21 
 
 		 489 aa  103  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 486 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 577 aa  103  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 427 aa  103  3e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 432 aa  103  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 467 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2483  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 467 aa  103  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 405 aa  103  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 555 aa  103  4e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  31.37 
 
 		 476 aa  103  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  35.57 
 
 		 628 aa  103  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 486 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 460 aa  103  5e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 628 aa  102  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>