More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3574 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3574  diguanylate cyclase  100 
 
 		 261 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.319685  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1992  diguanylate cyclase  70.77 
 
 		 284 aa  342  5e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.216528  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 405 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3994  GGDEF  38.66 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000430397  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5143  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.01 
 
 		 643 aa  118  7.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.248831  normal  0.87155 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 386 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2408  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 427 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0023  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 584 aa  116  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0108472 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0945  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 463 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.36887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  40.11 
 
 		 694 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 422 aa  115  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  40 
 
 		 384 aa  115  7.999999999999999e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  40 
 
 		 384 aa  115  8.999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1938  diguanylate cyclase  44.68 
 
 		 391 aa  115  8.999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  40 
 
 		 378 aa  115  8.999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0948  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 401 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 385 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  40.49 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1787  hypothetical protein  41.27 
 
 		 381 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.66 
 
 		 301 aa  112  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3489  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 312 aa  112  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 582 aa  112  6e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 305 aa  112  8.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 411 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.72 
 
 		 550 aa  112  9e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3958  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 349 aa  111  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0131917  normal  0.325854 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 370 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 379 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3305  diguanylate cyclase  38.91 
 
 		 286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.33883 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3979  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.55 
 
 		 567 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000058301  hitchhiker  0.000000371669 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 390 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 357 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  43.29 
 
 		 425 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 753 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  38.29 
 
 		 353 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  37.08 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2731  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 714 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 381 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 362 aa  110  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 623 aa  109  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20820  putative two-component response regulator  42.68 
 
 		 389 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 583 aa  109  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 339 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 521 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 436 aa  109  5e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 370 aa  108  6e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 345 aa  109  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  40.17 
 
 		 347 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 339 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 360 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 410 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  38.19 
 
 		 581 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  33.17 
 
 		 477 aa  107  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 425 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 453 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 409 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 398 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 355 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2060  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 359 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  37.2 
 
 		 422 aa  107  2e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 585 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 398 aa  106  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0825  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 594 aa  106  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  42.44 
 
 		 536 aa  107  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 477 aa  106  3e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  42.33 
 
 		 411 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 366 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 363 aa  106  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1619  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.01 
 
 		 632 aa  107  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.702165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.27 
 
 		 454 aa  107  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  41.76 
 
 		 448 aa  106  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.49 
 
 		 321 aa  106  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 1099 aa  106  4e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 370 aa  106  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 398 aa  106  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 585 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 354 aa  106  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1532  diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 581 aa  106  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.131912 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 435 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.45 
 
 		 421 aa  105  5e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3049  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 287 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.260561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.04 
 
 		 772 aa  105  6e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.38 
 
 		 574 aa  105  6e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 554 aa  105  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 402 aa  105  7e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 411 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 410 aa  105  7e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  40 
 
 		 539 aa  105  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2748  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 651 aa  105  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0199433  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 565 aa  105  8e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 474 aa  105  9e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  34.15 
 
 		 977 aa  105  9e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 610 aa  105  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 351 aa  105  9e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 377 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0513  GGDEF domain-containing protein  37.71 
 
 		 426 aa  105  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 368 aa  104  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 359 aa  104  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>