More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0615 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0615  diguanylate cyclase  100 
 
 		 325 aa  668    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 339 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 347 aa  152  8e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0636  diguanylate cyclase  30.89 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 361 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00649  Putative signal protein with GGDEF domain  33.76 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0817646  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 325 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  30.55 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  30.55 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0892  diguanylate cyclase  31.06 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.501117 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 476 aa  117  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 458 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  40.83 
 
 		 485 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 556 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 485 aa  113  5e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 485 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  37.79 
 
 		 489 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3223  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 343 aa  112  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  33.49 
 
 		 425 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  30.57 
 
 		 370 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 482 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 368 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 388 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 490 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 482 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.42 
 
 		 772 aa  111  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 436 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  29.87 
 
 		 363 aa  110  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 483 aa  110  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1863  diguanylate cyclase  30.62 
 
 		 368 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.150647 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 360 aa  109  5e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1204  GGDEF family protein  39.77 
 
 		 195 aa  109  6e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.040239  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 360 aa  109  6e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 753 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 486 aa  109  6e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 486 aa  109  6e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  36.87 
 
 		 355 aa  109  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 486 aa  109  6e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 414 aa  109  8.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 485 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 507 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3448  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.37 
 
 		 608 aa  108  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838223  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1257  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  36.46 
 
 		 1203 aa  108  1e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 384 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 491 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  33.85 
 
 		 430 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 490 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 366 aa  108  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 485 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 486 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 629 aa  107  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  36.14 
 
 		 493 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 507 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  35.87 
 
 		 460 aa  107  3e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 591 aa  107  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  36.52 
 
 		 418 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2046  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 438 aa  107  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419907  normal  0.30363 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5124  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.37 
 
 		 1015 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.247215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  35.45 
 
 		 346 aa  106  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  30.83 
 
 		 359 aa  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  29.28 
 
 		 480 aa  106  5e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2171  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  40.91 
 
 		 730 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1035  diguanylate cyclase  33.47 
 
 		 313 aa  106  5e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 493 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 423 aa  106  6e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 775 aa  106  6e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1668  GGDEF domain-containing protein  30.19 
 
 		 356 aa  106  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 354 aa  106  6e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 470 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 548 aa  106  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  38.27 
 
 		 308 aa  106  7e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 308 aa  105  7e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 486 aa  105  7e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 359 aa  105  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000814  hypothetical protein  37.58 
 
 		 402 aa  105  7e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 580 aa  105  8e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 520 aa  105  8e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  36.36 
 
 		 484 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  34.02 
 
 		 474 aa  105  9e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.18 
 
 		 901 aa  105  9e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  37.65 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 382 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.46 
 
 		 568 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  37.06 
 
 		 392 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 237 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 559 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  35.24 
 
 		 368 aa  104  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2010  diguanylate cyclase  28.07 
 
 		 351 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  36.31 
 
 		 337 aa  104  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  26.44 
 
 		 569 aa  104  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 384 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 493 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 499 aa  104  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.56 
 
 		 1078 aa  103  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1532  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 		 1450 aa  103  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 794 aa  103  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>