More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_00649 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_00649  Putative signal protein with GGDEF domain  100 
 
 		 324 aa  646    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0817646  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 347 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  36.39 
 
 		 339 aa  186  5e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0615  diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 325 aa  139  6e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0636  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0892  diguanylate cyclase  28.39 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.501117 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 380 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1668  GGDEF domain-containing protein  32.95 
 
 		 356 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.14 
 
 		 594 aa  119  6e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1669  hypothetical protein  44.83 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 459 aa  116  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  35.29 
 
 		 477 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.11 
 
 		 1021 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 611 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  38.32 
 
 		 520 aa  113  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.88 
 
 		 407 aa  114  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6208  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 467 aa  113  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.355403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 369 aa  113  5e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  41.26 
 
 		 523 aa  112  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 472 aa  112  6e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  30.4 
 
 		 370 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  33.06 
 
 		 381 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 548 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 384 aa  112  9e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 557 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 361 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  30.04 
 
 		 370 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 574 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  40 
 
 		 353 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  30.04 
 
 		 370 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  30.04 
 
 		 370 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 569 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01390  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 464 aa  111  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.11 
 
 		 669 aa  110  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  34.25 
 
 		 370 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  42.2 
 
 		 474 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.24 
 
 		 901 aa  110  3e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 523 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 365 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 738 aa  110  5e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 532 aa  109  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  34.78 
 
 		 371 aa  109  6e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  47.31 
 
 		 696 aa  109  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  34.78 
 
 		 371 aa  109  6e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 324 aa  109  6e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  37.89 
 
 		 634 aa  109  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1863  diguanylate cyclase  24.92 
 
 		 368 aa  109  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.150647 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 324 aa  109  6e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  37.57 
 
 		 320 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4307  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 350 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.896568  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  34.78 
 
 		 366 aa  109  7.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  39.39 
 
 		 303 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.98 
 
 		 425 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 324 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 366 aa  108  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  40.62 
 
 		 418 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5543  GGDEF domain-containing protein  35.38 
 
 		 352 aa  108  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 536 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  27.42 
 
 		 325 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 508 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  39.38 
 
 		 368 aa  108  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  37.85 
 
 		 280 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 482 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 482 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.46 
 
 		 668 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2010  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 351 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 487 aa  107  2e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 489 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  34.24 
 
 		 371 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.46 
 
 		 668 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  34.82 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 510 aa  107  3e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  34.24 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 499 aa  107  3e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 		 772 aa  107  3e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  34.24 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 351 aa  107  3e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  34.24 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  32.22 
 
 		 381 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2517  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 556 aa  107  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 480 aa  107  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0273  GGDEF family protein  30.89 
 
 		 396 aa  107  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 736 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  27.42 
 
 		 325 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 417 aa  106  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  27.42 
 
 		 325 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  38.46 
 
 		 498 aa  106  5e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  34.56 
 
 		 411 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  27.42 
 
 		 325 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>