More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_1013 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_1013  GGDEF family protein  100 
 
 		 359 aa  739    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3223  diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 343 aa  292  8e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  30.8 
 
 		 325 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 361 aa  137  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  30.8 
 
 		 325 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  30.45 
 
 		 325 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 325 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 487 aa  132  9e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  27.73 
 
 		 347 aa  126  7e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 569 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 427 aa  119  6e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 637 aa  119  9e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 659 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3837  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 452 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0314898  normal  0.0363493 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  28.88 
 
 		 365 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 611 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3838  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 452 aa  117  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210475  normal  0.0305933 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0636  sensory box/GGDEF family protein  36 
 
 		 642 aa  116  5e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 490 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.8 
 
 		 505 aa  114  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.21 
 
 		 570 aa  113  5e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 539 aa  113  6e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  32.89 
 
 		 477 aa  112  7.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  33.69 
 
 		 620 aa  112  7.000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 526 aa  112  9e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 1037 aa  112  9e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  36.47 
 
 		 418 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  37.06 
 
 		 358 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.95 
 
 		 772 aa  111  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 569 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  39.62 
 
 		 634 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  30.45 
 
 		 485 aa  110  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  38.1 
 
 		 358 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 532 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 411 aa  110  3e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  31.6 
 
 		 368 aa  110  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 353 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5414  ggdef family protein  40.12 
 
 		 352 aa  110  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 526 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  28.01 
 
 		 629 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  33.12 
 
 		 346 aa  110  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.13 
 
 		 325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  36.63 
 
 		 355 aa  110  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 306 aa  110  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0702  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 361 aa  109  6e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  32.85 
 
 		 351 aa  109  6e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0881  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 376 aa  110  6e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000228326  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  30 
 
 		 485 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 357 aa  109  8.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 351 aa  109  9.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 477 aa  109  9.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 486 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001599  GGDEF domain protein  35.11 
 
 		 637 aa  109  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.707658  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 432 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 486 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 517 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  34.71 
 
 		 425 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 486 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 486 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2010  diguanylate cyclase  30.59 
 
 		 351 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1023  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  39.74 
 
 		 1104 aa  108  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0903314  normal  0.811378 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5208  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 351 aa  108  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  35.25 
 
 		 360 aa  108  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 458 aa  108  1e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 490 aa  108  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 388 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3966  diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 345 aa  108  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000335389 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0636  diguanylate cyclase  27.76 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.13 
 
 		 686 aa  108  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 507 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5094  hypothetical protein  34.22 
 
 		 351 aa  108  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5111  hypothetical protein  37.5 
 
 		 351 aa  107  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  29.93 
 
 		 609 aa  108  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  38.06 
 
 		 516 aa  108  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  26.79 
 
 		 373 aa  107  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 369 aa  107  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 361 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  34.74 
 
 		 443 aa  107  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  34.57 
 
 		 498 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 227 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5509  GGDEF domain protein  34.22 
 
 		 351 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 492 aa  108  2e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3943  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 495 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 485 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.27 
 
 		 516 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454667 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3854  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.53 
 
 		 516 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.353141  normal  0.927825 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4423  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 516 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0333  GGDEF domain-containing protein  30.96 
 
 		 364 aa  107  2e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  35.9 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 457 aa  107  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  30.98 
 
 		 714 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.53 
 
 		 516 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.44489 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 388 aa  107  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  35.9 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 485 aa  107  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  38.71 
 
 		 516 aa  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 403 aa  107  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  36.14 
 
 		 371 aa  107  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>