More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2262 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2262  diguanylate cyclase  100 
 
 		 237 aa  484  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0475991  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3037  diguanylate cyclase  58.19 
 
 		 246 aa  257  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.470053 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2926  diguanylate cyclase  57.51 
 
 		 250 aa  254  7e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5582  diguanylate cyclase  57.21 
 
 		 241 aa  245  4e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.503288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3329  diguanylate cyclase  50 
 
 		 235 aa  223  3e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0981  diguanylate cyclase  49.57 
 
 		 235 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.743524  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3128  diguanylate cyclase  48.71 
 
 		 241 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2937  diguanylate cyclase  47.81 
 
 		 241 aa  211  9e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1435  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 247 aa  175  6e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.674254  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  43.82 
 
 		 301 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 295 aa  132  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 301 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  37.77 
 
 		 451 aa  124  9e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  37.7 
 
 		 489 aa  123  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  42.44 
 
 		 302 aa  123  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 252 aa  121  8e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  40 
 
 		 426 aa  120  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 227 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 476 aa  120  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 483 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.86 
 
 		 485 aa  120  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 383 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 184 aa  119  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 532 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 470 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 220 aa  119  4.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  41.82 
 
 		 542 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06199  Putative signal protein with GGDEF domain  39.91 
 
 		 990 aa  119  4.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.368142  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00967  Putative signal protein with GGDEF domain  39.91 
 
 		 990 aa  119  4.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0579558  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  41.82 
 
 		 542 aa  118  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  36.15 
 
 		 354 aa  118  7e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 583 aa  118  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 300 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315516  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 532 aa  118  9e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 482 aa  118  9e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 482 aa  118  9e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 559 aa  117  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  41.21 
 
 		 634 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  41.95 
 
 		 523 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 360 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 237 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 485 aa  116  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 298 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 354 aa  115  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 304 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  34 
 
 		 714 aa  115  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5043  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 300 aa  115  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 464 aa  115  5e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.52 
 
 		 791 aa  115  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 485 aa  115  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 530 aa  115  6e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2111  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 392 aa  115  6e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 1037 aa  115  6e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 486 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 300 aa  115  6e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 486 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 486 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 392 aa  115  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  33.9 
 
 		 565 aa  115  7.999999999999999e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 492 aa  114  8.999999999999998e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.51 
 
 		 668 aa  114  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 492 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  36.67 
 
 		 459 aa  114  1.0000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 486 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.07 
 
 		 407 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  37.11 
 
 		 443 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 343 aa  114  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 384 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 608 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 577 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 571 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 485 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.29 
 
 		 610 aa  114  2.0000000000000002e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 611 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  42.33 
 
 		 418 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 459 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 487 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 365 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  39.78 
 
 		 689 aa  113  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.93 
 
 		 668 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  42.68 
 
 		 668 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 384 aa  113  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 420 aa  112  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 548 aa  113  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 519 aa  113  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 317 aa  113  3e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 385 aa  113  3e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 259 aa  113  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  40.36 
 
 		 412 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 540 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1730  diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 407 aa  112  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000615882 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  44.53 
 
 		 353 aa  112  4.0000000000000004e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 370 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 314 aa  112  5e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.42 
 
 		 794 aa  112  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 385 aa  112  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 389 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>