More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2173 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2173  diguanylate cyclase  100 
 
 		 416 aa  830    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.355193 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  55.75 
 
 		 411 aa  404  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 261 aa  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6762  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 411 aa  134  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 381 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 620 aa  130  6e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  35.05 
 
 		 413 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 614 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40 
 
 		 467 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3858  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 362 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.870189  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 563 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 184 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1477  GGDEF domain-containing protein  37 
 
 		 407 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  31.83 
 
 		 395 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 563 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 559 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 395 aa  124  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 508 aa  124  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 680 aa  124  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  29.06 
 
 		 380 aa  123  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.61 
 
 		 550 aa  123  5e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  36.49 
 
 		 474 aa  123  6e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 696 aa  122  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 372 aa  122  8e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 482 aa  122  9e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 681 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3663  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 362 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.622797  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0948  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 401 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 360 aa  121  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3874  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 403 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 281 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 352 aa  120  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.78 
 
 		 315 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1198  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 394 aa  120  6e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000754903  normal  0.715416 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 305 aa  120  6e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  38.58 
 
 		 584 aa  119  7.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.17 
 
 		 512 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2046  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 438 aa  119  9e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419907  normal  0.30363 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.76 
 
 		 469 aa  119  9e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2429  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 406 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0271208 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 349 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.68 
 
 		 686 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  42.41 
 
 		 671 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1057  GGDEF domain-containing protein  35.64 
 
 		 264 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  38.83 
 
 		 690 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 507 aa  117  3e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.32 
 
 		 464 aa  117  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 499 aa  117  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1852  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 404 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0317173  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.22 
 
 		 586 aa  117  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2144  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 263 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  37.58 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.35 
 
 		 730 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2009  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 482 aa  117  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.55 
 
 		 797 aa  117  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 316 aa  117  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 791 aa  117  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1199  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 258 aa  117  5e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000341711  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 459 aa  117  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 485 aa  117  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.79 
 
 		 550 aa  116  6e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 532 aa  116  6e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 611 aa  116  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.25 
 
 		 698 aa  116  6e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 794 aa  116  6.9999999999999995e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 507 aa  116  6.9999999999999995e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 638 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 357 aa  116  6.9999999999999995e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3063  diguanylate cyclase  31.81 
 
 		 1003 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 555 aa  116  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 555 aa  116  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 516 aa  116  7.999999999999999e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 342 aa  116  8.999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  34.96 
 
 		 496 aa  116  8.999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1466  diguanylate cyclase  45.16 
 
 		 307 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 346 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 610 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 426 aa  116  8.999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  42.17 
 
 		 551 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3287  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.81 
 
 		 1003 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 492 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 405 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 615 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  41.77 
 
 		 668 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 464 aa  115  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  33.82 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 645 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 366 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1022  GGDEF domain-containing protein  36.02 
 
 		 264 aa  115  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.219718  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 316 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 408 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 477 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.04 
 
 		 438 aa  115  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 485 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  39.64 
 
 		 378 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>