More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_1041 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_1041  diguanylate cyclase  100 
 
 
791 aa  1574    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2101  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  41.03 
 
 
849 aa  240  9e-62  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  45.1 
 
 
768 aa  237  7e-61  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  40.28 
 
 
634 aa  203  9e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  38.89 
 
 
893 aa  197  6e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  39.01 
 
 
611 aa  179  2e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33 
 
 
722 aa  167  5e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.307073 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.09 
 
 
461 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.98 
 
 
562 aa  163  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629722  normal  0.285223 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1889  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
562 aa  162  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.969395  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0715  diguanylate cyclase  50.3 
 
 
516 aa  162  3e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.48 
 
 
568 aa  161  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179735  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1949  sensory box protein  35.38 
 
 
654 aa  160  8e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2258  sensory box protein  32.63 
 
 
562 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.202787  normal  0.0243284 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.01 
 
 
419 aa  160  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0876  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.93 
 
 
709 aa  158  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0730078  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  34.41 
 
 
427 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1083  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.52 
 
 
812 aa  153  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.218978 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.54 
 
 
338 aa  153  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.07 
 
 
764 aa  152  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.210593  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1511  diguanylate cyclase  44.64 
 
 
416 aa  151  5e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00199134  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.37 
 
 
314 aa  148  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.56 
 
 
843 aa  148  4.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  32.97 
 
 
420 aa  148  4.0000000000000006e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29 
 
 
481 aa  148  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29 
 
 
481 aa  147  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4673  sensory box/GGDEF family protein  33.56 
 
 
567 aa  147  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  5.6834899999999996e-21 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1203  sensor histidine kinase PAS domain-containing protein  35.14 
 
 
932 aa  145  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00343755  normal  0.259486 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  42.5 
 
 
386 aa  145  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  40.88 
 
 
328 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.26 
 
 
1050 aa  145  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0757  sensory box/GGDEF family protein  33.22 
 
 
567 aa  146  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0601  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.4 
 
 
489 aa  145  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.03 
 
 
465 aa  145  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  33.22 
 
 
568 aa  144  5e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1446  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.33 
 
 
698 aa  144  6e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  41.71 
 
 
523 aa  144  6e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0664  sensory box/GGDEF family protein  33.22 
 
 
567 aa  144  6e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  42.61 
 
 
453 aa  144  6e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.32 
 
 
352 aa  143  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1062  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.73 
 
 
1027 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.782086  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  33.45 
 
 
567 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  33.45 
 
 
567 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  33.45 
 
 
567 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2055  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.4 
 
 
1034 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  40.8 
 
 
498 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.88 
 
 
424 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.2 
 
 
312 aa  142  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.58 
 
 
1010 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.48 
 
 
325 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  42.2 
 
 
503 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.46 
 
 
636 aa  142  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  27.69 
 
 
581 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  30.74 
 
 
638 aa  141  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.92 
 
 
359 aa  141  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1941  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.28 
 
 
861 aa  141  4.999999999999999e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6173  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.62 
 
 
837 aa  141  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5944  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.62 
 
 
745 aa  140  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.05 
 
 
840 aa  140  7e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1202  fused sensor protein/response regulator  37.95 
 
 
934 aa  140  7.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127641  normal  0.087847 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  28.8 
 
 
339 aa  140  8.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1204  sensor histidine kinase PAS domain-containing protein  34.62 
 
 
931 aa  140  8.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.271509 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  40.74 
 
 
494 aa  140  8.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.31 
 
 
310 aa  140  8.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3089  sensory box protein  30.81 
 
 
858 aa  140  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168178  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  39.44 
 
 
489 aa  139  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.34 
 
 
338 aa  140  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  39.44 
 
 
484 aa  140  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.22 
 
 
567 aa  140  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  39.44 
 
 
489 aa  139  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.08 
 
 
960 aa  140  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  39.44 
 
 
499 aa  139  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0029  hypothetical protein  34.07 
 
 
976 aa  139  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  39.44 
 
 
499 aa  139  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  39.44 
 
 
499 aa  139  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  33.76 
 
 
367 aa  139  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.9 
 
 
310 aa  139  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.84 
 
 
962 aa  138  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  33.1 
 
 
567 aa  138  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  33.1 
 
 
567 aa  138  4e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3468  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.75 
 
 
745 aa  138  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0436703 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  38.02 
 
 
555 aa  138  4e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
510 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  42.68 
 
 
510 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  41.32 
 
 
510 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
510 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  40.74 
 
 
347 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.19 
 
 
1144 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
510 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.82 
 
 
582 aa  137  7.000000000000001e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20820  putative two-component response regulator  38.04 
 
 
389 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2771  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.4 
 
 
860 aa  137  7.000000000000001e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  38.89 
 
 
506 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  39.89 
 
 
547 aa  137  8e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1787  hypothetical protein  38.04 
 
 
381 aa  137  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  40.31 
 
 
487 aa  137  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  32.85 
 
 
425 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3261  GGDEF domain-containing protein  35.27 
 
 
702 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.012427  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  38.33 
 
 
506 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1806  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.18 
 
 
574 aa  137  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.55767  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>