More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0796 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0796  GGDEF family protein  100 
 
 
303 aa  630  1e-180  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3488  diguanylate cyclase  81.79 
 
 
302 aa  528  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.464189  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0633  diguanylate cyclase  82.12 
 
 
302 aa  529  1e-149  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.4362  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3320  diguanylate cyclase  81.79 
 
 
302 aa  526  1e-148  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0645  diguanylate cyclase  78.81 
 
 
302 aa  504  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3597  diguanylate cyclase  78.81 
 
 
302 aa  504  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3786  diguanylate cyclase  78.48 
 
 
302 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3663  diguanylate cyclase  79.47 
 
 
302 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1021  diguanylate cyclase  59.4 
 
 
300 aa  387  1e-107  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000548579  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2545  diguanylate cyclase  62.63 
 
 
301 aa  390  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1898  diguanylate cyclase  55.56 
 
 
300 aa  345  5e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.693267 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.59 
 
 
324 aa  193  3e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  37.79 
 
 
325 aa  179  4.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002693  putative GGDEF family protein  34.84 
 
 
306 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  33.79 
 
 
354 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.29 
 
 
718 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0128  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
636 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.308364  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1404  diguanylate cyclase  34.22 
 
 
305 aa  143  5e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  41.14 
 
 
408 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1075  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.86 
 
 
758 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.469487  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.65 
 
 
772 aa  135  9.999999999999999e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.54 
 
 
1000 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0549  GGDEF family protein  29.68 
 
 
324 aa  132  5e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  41.58 
 
 
525 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  42.26 
 
 
302 aa  129  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.61 
 
 
827 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  41.09 
 
 
525 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  36.92 
 
 
405 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  37.22 
 
 
321 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  33.49 
 
 
318 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  41.57 
 
 
422 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.1 
 
 
519 aa  124  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.38 
 
 
771 aa  123  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2016  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.31 
 
 
874 aa  122  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  39.29 
 
 
457 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.72 
 
 
312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.41 
 
 
1037 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  39.88 
 
 
485 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.77 
 
 
305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.44 
 
 
610 aa  120  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.36 
 
 
531 aa  120  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  39.29 
 
 
457 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.42 
 
 
728 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 
322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  39.64 
 
 
457 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  36.53 
 
 
316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  34.21 
 
 
451 aa  119  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.42 
 
 
585 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  41.46 
 
 
517 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.71 
 
 
1466 aa  119  6e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
611 aa  119  6e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  40 
 
 
355 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  38.79 
 
 
466 aa  119  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  41.42 
 
 
486 aa  119  7e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.87 
 
 
710 aa  119  7.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  40.83 
 
 
486 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  33.33 
 
 
455 aa  119  9e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  40.83 
 
 
486 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  40.83 
 
 
486 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  38.79 
 
 
718 aa  118  9.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  40.83 
 
 
486 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  38.6 
 
 
355 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 
424 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  29.55 
 
 
297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  37.36 
 
 
502 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  39.18 
 
 
457 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  35.65 
 
 
422 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.69 
 
 
457 aa  118  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  38.12 
 
 
437 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1933  sensory box protein  30.66 
 
 
692 aa  117  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0364295  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  39.38 
 
 
308 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  37.72 
 
 
638 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  38.69 
 
 
457 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.57 
 
 
505 aa  117  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  40.72 
 
 
243 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  39.39 
 
 
525 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40.48 
 
 
485 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  36.14 
 
 
688 aa  116  5e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.64 
 
 
564 aa  116  5e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  40.74 
 
 
569 aa  116  5e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.04 
 
 
901 aa  116  5e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  40.57 
 
 
291 aa  116  6e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  40 
 
 
308 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.68 
 
 
928 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.42 
 
 
301 aa  115  6.9999999999999995e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  36.63 
 
 
373 aa  115  7.999999999999999e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  38.69 
 
 
457 aa  115  7.999999999999999e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  38.51 
 
 
355 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  39.29 
 
 
485 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  38.24 
 
 
457 aa  115  8.999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  38.51 
 
 
312 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  41.67 
 
 
1637 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.43 
 
 
317 aa  115  1.0000000000000001e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.72 
 
 
309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.35 
 
 
1092 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.29 
 
 
314 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.72 
 
 
416 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.79 
 
 
308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.79 
 
 
308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  39.11 
 
 
295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>