More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5582 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_5582  diguanylate cyclase  100 
 
 
241 aa  488  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.503288  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2262  diguanylate cyclase  57.21 
 
 
237 aa  251  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0475991  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3037  diguanylate cyclase  53.11 
 
 
246 aa  226  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.470053 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2926  diguanylate cyclase  54.55 
 
 
250 aa  224  9e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3128  diguanylate cyclase  50.87 
 
 
241 aa  218  6e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2937  diguanylate cyclase  46.96 
 
 
241 aa  207  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0981  diguanylate cyclase  47.39 
 
 
235 aa  207  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.743524  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3329  diguanylate cyclase  46.96 
 
 
235 aa  204  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1435  diguanylate cyclase  41.13 
 
 
247 aa  182  4.0000000000000006e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.674254  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  43.35 
 
 
395 aa  120  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  42.22 
 
 
559 aa  117  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
237 aa  118  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.91 
 
 
540 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.02 
 
 
730 aa  116  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  36.24 
 
 
696 aa  115  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.91 
 
 
668 aa  115  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  42 
 
 
642 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.59 
 
 
668 aa  115  6e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  41.98 
 
 
301 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.93 
 
 
734 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.92876  hitchhiker  0.00384983 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  41.71 
 
 
384 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.17 
 
 
438 aa  114  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
556 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  37.04 
 
 
690 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  43.45 
 
 
410 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  40.66 
 
 
184 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  37 
 
 
398 aa  113  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  39.07 
 
 
668 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  40.32 
 
 
736 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  40.11 
 
 
227 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  41.5 
 
 
645 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  41 
 
 
645 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  32.14 
 
 
451 aa  112  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  39.62 
 
 
532 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.64 
 
 
669 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  40 
 
 
420 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  41.79 
 
 
653 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  32.5 
 
 
252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  38.55 
 
 
364 aa  110  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  40 
 
 
542 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  38.6 
 
 
671 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  38.2 
 
 
470 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  40.88 
 
 
649 aa  109  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  40.88 
 
 
402 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.7 
 
 
740 aa  109  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  38.95 
 
 
628 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  40.76 
 
 
381 aa  109  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
411 aa  108  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  34.78 
 
 
298 aa  109  5e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1650  diguanylate cyclase  35.29 
 
 
472 aa  108  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  34.29 
 
 
386 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  36.2 
 
 
621 aa  108  6e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00967  Putative signal protein with GGDEF domain  38.07 
 
 
990 aa  108  7.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0579558  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06199  Putative signal protein with GGDEF domain  38.07 
 
 
990 aa  108  7.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.368142  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  38.36 
 
 
532 aa  108  7.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.33 
 
 
700 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.133326  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  32.99 
 
 
516 aa  108  8.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  33.67 
 
 
640 aa  108  8.000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  40.61 
 
 
411 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  40.1 
 
 
379 aa  108  8.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.44 
 
 
459 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  39.51 
 
 
684 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.42 
 
 
1021 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  38.79 
 
 
1247 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.49 
 
 
827 aa  107  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  40.88 
 
 
469 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1604  diguanylate cyclase  35.88 
 
 
279 aa  107  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.608459  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.79 
 
 
1247 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  36.02 
 
 
341 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  40.36 
 
 
542 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  43.26 
 
 
580 aa  107  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01479  predicted diguanylate cyclase  35.88 
 
 
315 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2124  diguanylate cyclase  35.29 
 
 
315 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0045948  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  33.5 
 
 
368 aa  107  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  36.93 
 
 
385 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2135  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  35.88 
 
 
472 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.329432  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  41.56 
 
 
383 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  37.21 
 
 
525 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1722  diguanylate cyclase  35.88 
 
 
472 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.396894  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01490  hypothetical protein  35.88 
 
 
315 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  36.93 
 
 
385 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1900  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.27 
 
 
405 aa  107  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.56282  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  43.48 
 
 
385 aa  107  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  36.93 
 
 
385 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0381  diguanylate cyclase  39.66 
 
 
251 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.874327  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.36 
 
 
981 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.687258 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2111  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
392 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  36.92 
 
 
318 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.44 
 
 
304 aa  107  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.79 
 
 
1247 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.36 
 
 
492 aa  107  2e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  39.08 
 
 
323 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  39.57 
 
 
366 aa  106  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0023  diguanylate cyclase  42.69 
 
 
584 aa  106  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0108472 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.17 
 
 
756 aa  106  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  37.57 
 
 
525 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.85 
 
 
308 aa  106  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.51 
 
 
324 aa  106  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  38.37 
 
 
249 aa  106  4e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.85 
 
 
308 aa  106  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>