More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3649 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3649  GGDEF family protein  100 
 
 		 456 aa  954    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  34.6 
 
 		 435 aa  268  1e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  34.4 
 
 		 451 aa  268  2e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  31.8 
 
 		 443 aa  217  2.9999999999999998e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  30.77 
 
 		 443 aa  191  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02031  response regulator  29.97 
 
 		 448 aa  183  6e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003740  GGDEF family protein  30.07 
 
 		 445 aa  181  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.440951  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1271  putative response regulator  29.1 
 
 		 443 aa  176  7e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  42.41 
 
 		 712 aa  139  7e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  41.99 
 
 		 634 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 507 aa  134  5e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 611 aa  133  6e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  35.22 
 
 		 484 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 659 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 507 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  37 
 
 		 738 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 753 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  38.04 
 
 		 689 aa  131  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 490 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 351 aa  129  9.000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 379 aa  129  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 460 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.09 
 
 		 681 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 366 aa  129  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.44 
 
 		 772 aa  128  2.0000000000000002e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 458 aa  127  3e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 452 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  34.35 
 
 		 482 aa  128  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 427 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 490 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2043  GGDEF domain-containing protein  41.24 
 
 		 289 aa  127  6e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 768 aa  126  7e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1758  response regulatory protein (sensory transduction system)  40.1 
 
 		 289 aa  126  7e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.110721  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 569 aa  126  8.000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 482 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 736 aa  126  9e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 454 aa  125  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 476 aa  125  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.94 
 
 		 578 aa  124  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 775 aa  124  3e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 385 aa  124  3e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 227 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 312 aa  123  6e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  37.64 
 
 		 493 aa  123  7e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.78 
 
 		 901 aa  122  9e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  36.84 
 
 		 340 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 487 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 307 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 486 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2879  GGDEF domain-containing protein  24.94 
 
 		 421 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.506111  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  37.78 
 
 		 477 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  33.48 
 
 		 489 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 486 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 486 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  36.23 
 
 		 360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 483 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 485 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 486 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 362 aa  121  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 548 aa  121  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.34 
 
 		 610 aa  121  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  35.68 
 
 		 333 aa  120  3.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 490 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 		 407 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 778 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 172 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 559 aa  120  4.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 485 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 493 aa  120  7e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 369 aa  119  7.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 485 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.11 
 
 		 669 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 414 aa  119  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 342 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 456 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  35.75 
 
 		 292 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 499 aa  119  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  32.51 
 
 		 355 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.33 
 
 		 441 aa  119  9.999999999999999e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 485 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 373 aa  118  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 532 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  34.54 
 
 		 565 aa  118  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 357 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 539 aa  117  3e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 381 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 298 aa  118  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  33 
 
 		 355 aa  118  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.24 
 
 		 463 aa  118  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 407 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 634 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 583 aa  117  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  33.84 
 
 		 320 aa  117  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 459 aa  117  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  36.65 
 
 		 455 aa  117  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 381 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 464 aa  117  6e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>