More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2879 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2879  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 421 aa  870    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.506111  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1271  putative response regulator  32.38 
 
 		 443 aa  217  2.9999999999999998e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  30.75 
 
 		 443 aa  200  3.9999999999999996e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02031  response regulator  27.51 
 
 		 448 aa  191  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003740  GGDEF family protein  27.17 
 
 		 445 aa  177  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.440951  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  30.75 
 
 		 443 aa  173  5.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  28.86 
 
 		 435 aa  137  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  28.61 
 
 		 451 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3649  GGDEF family protein  24.94 
 
 		 456 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 485 aa  107  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.41 
 
 		 419 aa  106  6e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  32.43 
 
 		 778 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  37.74 
 
 		 458 aa  105  1e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  35.85 
 
 		 493 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  29.23 
 
 		 502 aa  104  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  32.73 
 
 		 292 aa  105  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 493 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  38.36 
 
 		 458 aa  103  6e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 493 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 432 aa  102  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36 
 
 		 438 aa  102  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  30.54 
 
 		 482 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 775 aa  101  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 476 aa  102  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 411 aa  100  3e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.69 
 
 		 410 aa  100  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  36.08 
 
 		 634 aa  100  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  31.31 
 
 		 474 aa  100  4e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.29 
 
 		 772 aa  100  4e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  31.73 
 
 		 491 aa  100  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 659 aa  100  6e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.64 
 
 		 302 aa  100  6e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  34.42 
 
 		 414 aa  100  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.53 
 
 		 901 aa  99.8  8e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 738 aa  99.8  8e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 357 aa  99.8  9e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 532 aa  99.4  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  29.3 
 
 		 458 aa  99.4  1e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 227 aa  99.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  29.06 
 
 		 483 aa  99.4  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  29.06 
 
 		 482 aa  99.4  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  32.98 
 
 		 722 aa  98.6  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 439 aa  98.2  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  29.83 
 
 		 531 aa  98.2  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 432 aa  97.8  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  34.19 
 
 		 381 aa  97.8  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  32.68 
 
 		 448 aa  98.2  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 362 aa  97.8  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  26.5 
 
 		 343 aa  97.4  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 488 aa  97.4  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 369 aa  97.4  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 360 aa  97.4  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 517 aa  97.8  4e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  33.89 
 
 		 340 aa  97.4  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  32.53 
 
 		 370 aa  97.4  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  31.1 
 
 		 484 aa  96.7  7e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  33.77 
 
 		 529 aa  96.7  7e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 409 aa  96.7  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 354 aa  96.7  7e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  34 
 
 		 362 aa  96.7  8e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  31.1 
 
 		 507 aa  96.3  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  35.85 
 
 		 460 aa  96.3  9e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  31.1 
 
 		 507 aa  96.3  9e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.42 
 
 		 505 aa  96.3  9e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.72 
 
 		 797 aa  95.9  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 628 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 539 aa  96.3  1e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 753 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.51 
 
 		 415 aa  95.9  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  28.08 
 
 		 559 aa  95.5  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.93 
 
 		 686 aa  95.1  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 372 aa  94.7  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 517 aa  94.4  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 312 aa  94.7  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  33.7 
 
 		 355 aa  94.7  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3516  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 160 aa  94.4  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.013928  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 351 aa  94.7  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 339 aa  94.4  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.58 
 
 		 424 aa  94  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  32.48 
 
 		 489 aa  94  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  34.42 
 
 		 418 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 354 aa  94.4  4e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 736 aa  94  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 492 aa  94  5e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  27.67 
 
 		 464 aa  93.6  6e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 354 aa  93.2  7e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.6 
 
 		 332 aa  93.2  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.18 
 
 		 410 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 405 aa  92.8  9e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 492 aa  92.8  9e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  30.73 
 
 		 477 aa  92.8  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.38 
 
 		 820 aa  92.4  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4804  diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 304 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0452209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.95 
 
 		 632 aa  92.4  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4907  diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 308 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0301785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  27.84 
 
 		 532 aa  92.4  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4965  diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 308 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00367568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 368 aa  92.4  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 385 aa  92.8  1e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4872  diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 308 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000065621  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>