More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal_3516 on replicon NC_009052
Organism: Shewanella baltica OS155



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_3516  diguanylate cyclase  100 
 
 
160 aa  337  5.9999999999999996e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.013928  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  95 
 
 
507 aa  327  4e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  93.75 
 
 
507 aa  324  4.0000000000000003e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  93.75 
 
 
484 aa  322  9e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  67.5 
 
 
489 aa  241  1.9999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  66.04 
 
 
483 aa  233  8e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  65.62 
 
 
482 aa  231  5e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  65.62 
 
 
482 aa  230  6e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  53.75 
 
 
488 aa  191  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  53.46 
 
 
292 aa  187  5e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  41.83 
 
 
427 aa  137  6e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.49 
 
 
669 aa  128  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  37.34 
 
 
458 aa  125  3e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 
772 aa  124  7e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 
416 aa  123  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.49 
 
 
438 aa  122  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  38.61 
 
 
712 aa  121  4e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  40 
 
 
332 aa  121  4e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
409 aa  120  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  38.82 
 
 
374 aa  120  7e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  41.29 
 
 
548 aa  120  8e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  41.06 
 
 
738 aa  120  9e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.52 
 
 
416 aa  120  9e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  38.27 
 
 
493 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  44.52 
 
 
628 aa  119  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  37.91 
 
 
420 aa  118  3.9999999999999996e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  34.42 
 
 
487 aa  117  7e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  38.27 
 
 
493 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  38.27 
 
 
451 aa  116  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  38.46 
 
 
474 aa  116  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.07 
 
 
765 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  38.85 
 
 
464 aa  116  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.14 
 
 
555 aa  116  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  39.76 
 
 
302 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.18 
 
 
610 aa  115  1.9999999999999998e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  35.1 
 
 
775 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  38.27 
 
 
493 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  43.67 
 
 
355 aa  115  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  40 
 
 
439 aa  115  3e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  37.34 
 
 
518 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  37.89 
 
 
578 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  38.71 
 
 
753 aa  114  6e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  41.03 
 
 
351 aa  114  6e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.84 
 
 
419 aa  114  6e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  38.36 
 
 
353 aa  114  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.53 
 
 
1078 aa  113  7.999999999999999e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  41.03 
 
 
368 aa  113  7.999999999999999e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  39.75 
 
 
362 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  36.42 
 
 
458 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  37.18 
 
 
443 aa  113  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  37.33 
 
 
634 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  38.85 
 
 
1008 aa  113  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  35.58 
 
 
458 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  38.41 
 
 
443 aa  113  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.48 
 
 
302 aa  113  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
477 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  36.88 
 
 
532 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  38.61 
 
 
580 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04420  hypothetical protein  40.94 
 
 
376 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.1 
 
 
570 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  40.38 
 
 
384 aa  112  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  37.27 
 
 
237 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  41.03 
 
 
346 aa  111  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  37.33 
 
 
354 aa  112  3e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  33.97 
 
 
539 aa  112  3e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  33.97 
 
 
340 aa  111  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.84 
 
 
505 aa  112  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  36.14 
 
 
298 aa  112  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
477 aa  112  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  36.08 
 
 
530 aa  112  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5901  diguanylate cyclase  34.38 
 
 
386 aa  111  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  34.73 
 
 
371 aa  110  5e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  37.27 
 
 
415 aa  111  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  39.61 
 
 
425 aa  111  5e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  37.74 
 
 
252 aa  111  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.4 
 
 
901 aa  110  5e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  36.71 
 
 
518 aa  111  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  38.55 
 
 
949 aa  110  6e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.49 
 
 
324 aa  110  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  41.03 
 
 
368 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  34.81 
 
 
556 aa  110  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  39.13 
 
 
483 aa  110  7.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  34.38 
 
 
485 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.35 
 
 
301 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  37.13 
 
 
428 aa  110  8.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  39.38 
 
 
320 aa  110  8.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  34.21 
 
 
227 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  34.42 
 
 
432 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  36.48 
 
 
650 aa  109  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  38.12 
 
 
373 aa  110  1.0000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  36.08 
 
 
609 aa  109  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  35.44 
 
 
518 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  35.26 
 
 
659 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  39.05 
 
 
564 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  36.02 
 
 
518 aa  109  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  40.51 
 
 
735 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0431  hypothetical protein  41.61 
 
 
345 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  39.13 
 
 
490 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  36.08 
 
 
709 aa  109  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.94 
 
 
317 aa  109  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>